后藤新平(网络图片)
日本陆军中将儿玉源太郎与日本内务省卫生局后藤新平(日本岩手县人，须贺医校毕，一八九○年留学德国，一九○三年任日本贵族院议员，一九○六年任南满铁路首任总裁，曾任内相及外相)，在一八九八年二月来台第四任总督的民政局长之职。原本后藤在日清战争(一八九四年)后担任儿玉中将的事务官长。二人非但认识而且是莫逆之交。儿玉源太郎发表为台湾总督很自然的要求后藤新平来担任民政局长。
台湾割让与日本后，对清国留下的台湾阿片(鸦片)问题，引起日本国内的热烈讨论。有人主张“严禁论”，相对的也有人提出“非禁论”。此时后藤以日本内务省卫生局长提出“渐禁论”的主张，深得当局的赏识。在一八九七年一月台湾的乃木希典总督依后藤的主张颁布“台湾阿片令”。建立了世间特有的台湾阿片专卖制度。
阿片渐禁政策与专卖制度，是为了减少吸毒者，同时吸食阿片者必须向有牌照的零售商采购。专卖收入是有极庞大的利益。后藤还将此种有厚利特权的大盘商、零售商规划给各地的御用绅士及协助对付台湾义民军人士以为犒赏。当然首先获得独利的人物便是辜显荣，他总掌管阿片的进口、贩卖、吸食者登记等事宜。如此吸食阿片的人数获得控制，又增加许多想分一杯羹的人，他们唯一能做的是成为义民军的告密者，这样让台湾义民军受到极大的伤害，当然专卖利益也是一大项目。这可谓后藤的如意算盘，一举数得。
儿玉任职台湾总督的时间是自一八九八年二月至一九○六年四月，计有八年有余。但能者多劳于一九○○年十二月又在东京就任第四次伊藤内阁的陆军大臣。一九○三年七月为桂太郎组阁时纳入内阁为内务大臣，并兼任文部大臣。日露(俄)关系恶化时，辞去内务大臣转任军职的参谋本部次长。日露(俄)战争爆发后人就到辽东半岛任满州军总参谋长。在长期的不在台湾的情况下，儿玉成为“缺席的总督”，这段时间实际统治台湾一切委由民政长官后藤新平。
后藤在常对人说道：“治理台湾的方式绝对不是把成功的日本经验套在台湾人民身上。我们以生物学上的比目鱼为例，比目鱼的两眼长在身体的同一边。若你一定要把比目鱼的眼晴改装在身体的两边，那就是违反了生物学的原则。比目鱼眼晴之所以长在同一边是有生物学上的必要才产生的。在政治上亦同，我们必须先了解台湾人的习性，依据其习性定出一套管理办法才有效。”
因此后藤掌权后就根据这个生物学的原理，设立社会科学调查机关的“临时台湾旧惯调查会”并进行地籍调查和人籍调查。再依据所得的报告设计治台方法及相关的法律。这部份发挥在消灭台湾义民军上有极大的帮助。
如此台湾及台湾人民在后藤新平长达八年的实际统治下，逐步将台湾内外环境改造提升成附合现代化的资本主义地区。也将促使台湾财政不用依赖日本的挹注。
