鄱阳湖严重干涸问题闹得满城风雨，矛头直指祸因三峡工程。早在三峡工程尚在设计之初，已有不少国内外专家警告三峡工程会给下游地区带来严重的生态灾难。多年以来，地质学家、生物学家及环境学家都警告，在人口稠密、拥有诸多珍稀物种的长江地区兴建三峡工程，更遑论附近还有地质断层通过，实属不智之举。
国外有研究长江流域二十多年的专家戴维斯直言「说到环境改变，兴建三峡大坝以及蓄水库是所有变异的源头。」诸多教授及学者们如刘建国、雷亨顺、谢平等都在三峡工程的整个时期，向中国政府表达反对及关注，列举多项弊处。
雷亨顺指三峡库区消落带因工程关系，无法正常净化污染物，会严重污染环境。社科院学者刘建国曾指三峡地区的生物多样性将因自然栖息地遭淹没、水流方向、气候型态改变而受波及，三峡大坝将进一步淹没这些物种所在地还有其他四百多种动植物的天然栖息地。武汉大学学者谢平亦于二○○三年时直言一旦大坝完工、下游氾滥减少，长江中段的湖泊水路系统将消失，而鱼群将因长江水位下降难以存活。
