2015年7月20日，令计划被“双开”。官方公布的罪名中有两项前所未见，分别是“严重违反政治规矩”、“违法获取党和国家大量核心机密”。据港媒报道，令计划曾精心毁灭一批绝密文件。令计划一案被高层认为是中共建政以来，最错综复杂、政治影响最严重的案件之一。
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据《动向》杂志报导，令计划在接获中央政治局命令调离中办等候另用时，被给予十天交班工作时间。但令要求增加一周时问，被批准。同年12月中旬，新任中办主任栗战书、中组部部长赵乐际提出和令计划核校交班，清点有关文件、资料。令计划十分抗拒，指：“已交接清点完毕，总书记胡锦涛和新届政治局常委、中央书记处常务书记刘云山已签署，确认无误。”
令计划还精心毁灭一批绝密文件。消息指，2013年9月、2014年4月及同年10月，中纪委、中央书记处和中组部三次和令计划谈话，甚至亮出底牌指：有70多份文件失落，20多份文件外泄，令的工作日志本有漏上交和作假情况。
据知，在令计划2003年主持中办工作后，中央政治局、中央书记处、中纪委先后接到120多件举报，多是有关对令计划涉及违纪违法活动及家属在经济领域中的违法犯罪活动，全部被打入冷宫，不少举报原件被令计划亲自毁灭。
据高层消息，令计划毁灭文件是利用调离中办前的交接期，在夜间值班时亲自处理的。令计划用化学溶剂毁掉文件，溶剂残余物质留在制服上。制服是由中办后勤处统一洗涤的，在洗涤时发现情况向上级作出报告，才发现令计划有意销毁绝密文件。
