1977年起，中国研究人员以「青蒿素结构研究协作组」的名义，发表了青蒿素化学结构等的多篇论文，但在发表前并没有申请国际专利。实际上，中国的知识产权制度1985年才建立，既无专利保护概念，也不熟悉国际知识产权规则，更要为了「集体荣誉」、不突出个人贡献而选择联合署名。
美国对外关系委员会全球卫生高级研究员黄严忠在福布斯中文网撰文指，中国的军事医学科学院拥有复方药物「蒿甲醚-苯芴醇」专利，1994年与跨国制药巨头瑞士诺华公司(Novartis)签署开发许可协议，诺华同意从军事医学科学院的合作伙伴——昆明制药厂(现昆药集团)采购原料药，并且每年向其支付该药海外销售收入4%。
2001年，世卫组织(WHO)建议以复方青蒿素抗疟药物代替单方青蒿素药物，诺华是当时唯一合格的供应商，同时又形成了自身的复方青蒿素衍生专利，现时诺华供应的青蒿素药物佔全球80%。随着中国卫生医疗技术援助非洲，中国向非洲国家赠送了一批国产青蒿素药物，藉此打开了国产药知名度，但直至2007年才拿到世卫标准认证，因而难以进入世卫和政府采购视线，成本上也与诺华不相上下，因而在国际竞争中并无优势，只能在私人药品市场流通。
北京知干知识产权信息谘询有限公司总经理华冰前日在其博客中称，青蒿素专利本来可以为国家和屠呦呦个人创造财富，再反馈科研发展，但因为历史因素，错失的是几十亿美元的专利市场。她唿吁要汲取青蒿素的教训，在后续的创新技术保护中亡羊补牢。
