中华民国军方七月一日早8点15分发射雄风三型飞弹发射离架事件，国民党政策会执行长蔡正元8点54分就在他个人脸书揭露这件事，外界猜测，军方内部可能有人通风报信。一日下午他在接受媒体访问时更语出惊人地说，这枚误射的飞弹，是瞄准厦门，从台湾看是打中渔船，从大陆看是被渔船挡住，否则被打中的是厦门，如果大陆反击系统自动启动，高雄恐已毁于战火。
「目标瞄准厦门」的说法虽然耸动，但是否真的误射仍然疑点重重，海军131舰队长胡志政在记者会说明误射的原因是，当时，飞弹中士高嘉骏执行装备测试，在测试程序完成后，却立即进入到发射程序，期间，他又误选了作战模式，以及装弹攻击模式，造成雄风飞弹发射离架，这是事件的主因。
胡志政也指出，雄风三型飞弹的实弹射击，须由干部在场督导，但这次是装备测试，高嘉骏却自行进入射击程序，因此当时并没有干部在场督导。
媒体也追问，如果是测试或操演，应该将飞弹控制系统维持在「训练」模式，而非切换到「作战」模式，为什么切换？海军参谋长梅家树说，这也是目前他最急着想弄清楚的事。
大陆国台办主任张志军一日下午表示，这件事影响非常严重，台湾必须提出负责任的说明。被问到陆委会是否已经通报大陆，张志军说，他没有得到这个消息。
一日晚间，台湾陆委会表示，事件纯属意外，一日下午已授权海基会通报海协会，请海协会通知相关部门，陆委会也同步通报了大陆国台办。晚间，国台办发言人马晓光响应媒体查询是否收到台湾陆委会的通报时并没有证实，只说：「关于两岸联系沟通机制问题，此前国台办发言人已多次作出了说明。」
前往抢救渔船的台湾海巡署官员表示，从翔利升号船舱遭贯穿的破损口分析，飞弹是贴着海平面3至4公尺高度飞行，贯穿了在渔船顶层的驾驶舱，当时驾驶舱内只有黄姓船长一人在掌舵，头部被飞弹削破，伤重不治。飞弹以超音速贯穿渔船后并没有爆炸，弹头落入海中，中华民国军方正在研究是否需要打捞上来，以防止泄密。
