2016年7月12日，因应国际法庭仲裁后新情势，台湾第一时间派出海巡舰前往南沙太平岛巡戈。（锺广政摄）
台湾对海牙国际法庭的仲裁亦作出强烈反应，认为将台湾拥有的南沙太平岛定义为礁，严重影响台湾的权益。行政院长林全指不会接受，台湾决定周四（14日）派军舰前往太平岛保卫主权。（锺广政台北报道）
针对国际法庭判定南沙太平岛属礁而非岛屿，总统府周二晚举行记者会，发言人黄重谚指，总统蔡英文事先对仲裁案举行过五次国家安全会议研究。
黄重谚表示，仲裁庭于审理过程中，并未正式邀请台湾参与仲裁程序，也从未徵询台方意见。相关仲裁判断，尤其对太平岛的认定，已经严重损及台湾南海诸岛及其相关海域之权利。总统府强调，绝不接受，也主张此仲裁判断对中华民国不具法律拘束力。
黄重谚说：中华民国对南海诸岛及其相关海域享有国际法及海洋法上的权利，本案仲裁庭于审理过程中，并未正式邀请中华民国参举仲裁程序，也从未徵询我方意见。现在相关仲裁判断，尤其对太平岛的认定己经严重损及我南海诸岛及其相关海域之权利。我们在此郑重表示，我们绝不接受。
总统府表示，海军康定级驱逐舰，将提前周四出发执行巡弋任务。而海巡署亦先派出2千吨级伟星舰前往太平岛巡逻。
行政院长林全接受传媒访问重申，国际法庭仲裁对台湾没有拘束力。
林全说：对于南海诸岛，包含太平岛在内的主权，我们非常坚定的表示，我们拥有这些主权。我想这部份（国际法庭仲裁）对我们没有约束，我们的立场也没有改变。SB
根据联合国海洋法公约，拥礁国家属地只能主张12里领海，而岛领海则可延伸至200里经济海域。国际法庭裁定太平岛属礁，使台湾在这个区域渔获大量减少。
在仲裁法庭作出裁决前，大陆国台办发布声明，呼吁台湾了解大陆立场，并予以支持与呼应，别在立场上倒退。声明中指，南海诸岛及其附近海域是大陆的固有领土，维护老祖宗给我们留下的祖产，维护中华民族的整体根本利益，是两岸同胞共同责任。
至于仲裁案的结果，国台办重申，菲律宾单方面提及仲裁案是一场闹剧，是无效的、没有约束力的，中方不会接受也不会承认。国台办强调，中国在南海领土的主权和海洋权益，在任何情况下都不会受到仲裁裁决影响，且反对与不接受任何基于仲裁案的主张和行动。
