据吴法宪回忆录披露，“文革”中，中共高层很多人被打倒，中央成立了14个专案组，这些专案组实际都由周恩来掌控。回忆录还谈到刘少奇被定案的情况。有学者认为，周恩来是刘少奇这个假案的亲手制造者。最可怕的是他完全知道这是个冤案。周恩来是毛泽东大搞文革运动的“总参谋长”，是保障文革顺利进行的“总后勤部长”。
1966年文革开始，周恩来、刘少奇、邓小平在天安门城楼上交谈（网络图片）
中共高级将领吴法宪在其回忆录《岁月艰难》中指出，“文革”开始后，包括刘少奇在内的许多中共中央领导人被打倒了，从1967年9月到1971年9月24日他被捕为止，中央共成立了14个中央专案组。
当时，决定成立什么专案组、由谁来分管、选派专案组工作人员等，都是在中央文革碰头会上由周恩来亲自提出，经大家讨论同意，再由周恩来签名报毛泽东、林彪批准。
其中，中央军委专案组下设三个办公室。第一办公室下有刘少奇、王光美、“薄一波等六十一个叛徒”、陶铸、陆定一、张闻天、彭真等人的七个专案组；第二办公室下有彭德怀、贺龙、罗瑞卿三个专案组；第三办公室办下有“五一六”、抓叛徒、叶向真等人的几个专案组。实际掌握中央专案组工作的是周恩来、江青、陈伯达、康生，主管刘少奇专案的也是他们。
专案组的具体工作人员和负责人，是由军委办事组根据中央文革碰头会的决定从部队抽调的一批军、师级干部。每个专案组少则十几人、多则几十人。在北京集合后，由周恩来带领中央文革碰头会成员召集他们开会，布置工作。周恩来每半个月就主持召开一次四、五百人的专案组全体工作人员会议。
到1971年9月吴法宪被捕时为止，整个专案组的进展都不大。这时上面就来压，批评工作人员“右倾”，要求他们严格审查、快作结论。
回忆录谈到刘少奇被定案的情况。1968年10月，中共八届十二中全会前夕，汪东兴突然拿了一份材料到中央文革碰头会上，说是专案组的工作人员从武汉一个外国领馆搞来的。然后凭著这份材料，就给刘少奇安上了“叛徒、内奸、工贼”等一大堆帽子。
最后，由专案组的工作人员写了一个报告，经中央文革碰头会讨论通过，并由周恩来签署，上报毛泽东、林彪批准。后来，据此“证据”在八届十二中全会上给刘少奇定了案，开除了刘的党籍。
学者赵越胜在今年7月接受法广的采访时表示，“所以严格说，周恩来是刘少奇这个假案的亲手制造者。最可怕的是他完全知道这是个冤案。从周的行为，我们可以深刻地认知到列宁式政党在道德上的彻底堕落。在这个组织系统内，不存在真理和个人内心道德冲突，只有盲从、残忍、谎言。周这个人给人的外表形象可谓完美、儒雅，但在需要下狠手的时候，他也不怕手上沾血。这并不是说周本人是个天生恶棍，而是因为他献身于一种信仰，而这个信仰本身就是反人性的。高文谦先生总说周“相忍为党”，这话没错，但更要指出这个“党”其实就是独裁者本人，周不过是为丧失良心找到借口，以党性为一切凶残行为辩护。”
赵越胜还评价，“如果要概括一下周对文革的态度，可以说是被动地发动，主动地投入。我们只要读读周在文革中的大量讲话，就可以看出，他基本上是跟毛走。只要毛想干的事，无论多么伤天害理，周都能找出办法来让它圆满实现。就连贺龙、陈毅这些和他关系密切的人，只要毛想下手整治，他总是立即跟上。他最爱说的话就是“保持晚节”。仔细分析起来，这是极其自私的追求，置天下苍生于不顾。同彭德怀所讲“我为人民鼓与呼”相比，要自私、势利得多。所以在庐山会议上，彭曾当面说周“老奸巨猾”。”
由此可知，周恩来在文革中绝不是“抵制”和“反对”了文革运动，相反，周恩来是积极参与和大力支持文革的，没有周恩来所起的关键作用，文革运动很难这么声势浩大、如火如荼地展开。周恩来积极配合了中央文革小组，起了江青等人起不到的作用。周恩来也绝非“说了违心话，做了违心事”这么简单，这一说法无非就是为周恩来的文革所为作开脱。用一句形象的话来说，周恩来是毛泽东大搞文革运动的“总参谋长”，是保障文革顺利进行的“总后勤部长”。
