2014年1月，方舟子首次被中共中央级官媒定性为“不可理喻的偏执”“人格分裂”。（网络图片）
中共江泽民集团在对法轮功长达十七年的迫害中，文攻武打，造成千千万万无辜群众遭受酷刑、歧视，至少数千人丧失生命。当初摇旗呐喊、煽动迫害的除了中国大陆的何祚庥之流，还有美国的方舟子。
方舟子本名方是民，过去二十年来以批宗教、气功、中医成名，因攻击诺奖得主屠呦呦、学者于建嵘、IT人李开复、作家韩寒、作家李承鹏、呼吸道疾病专家锺南山等众多公众人物而活跃在网络上。尽管备受大陆网民诟病，但他最初“发家”却是因为参与了中共江泽民集团对法轮功的迫害。
近年来，随着薄熙来、周永康、李东生一个个落马，“610”特务组织的没落，江泽民集团的要员一个个被铲除，方舟子的命运也在跟着发生变化，各种负面报导接踵而来。
2014年1月17日《人民日报》海外网发专文批方舟子“不可理喻的偏执”、“人格分裂”。同年10月21日晚，方舟子在大陆社交网站上的账号几乎全部被删除。
曾在方舟子创建的新语丝网站上大量发文但之后与方舟子反目的生物学博士“亦明”（原名葛莘）多年来在网络上大揭方舟子的老底。他撰写的《方舟子2014年十大要闻》“用十七万字、二百张图片、七百个链接记录了方舟子在过去一年中的主要行骗、作恶、犯罪事实”。
向何祚庥投怀送抱
文章称，方舟子的第一桶金就是在1999年主动向中科院院士何祚庥投怀送抱，加入后者蓄意挑起的镇压法轮功事件。
1995年5月26日，《北京青年报》发表由何祚庥和他老婆庆承瑞等人撰写的《“奇人”张宝胜败走麦城实录》，1995年6月2日，《北京日报》又发表何祚庥、郭正谊等人的呼吁书：《该揭露伪气功和“特异功能”了》。但这场针对“伪气功”和“人体特异功能”的准政治运动10月份夭折。
据华夏出版社1998年出版的《天惑——特异功能与气功探秘》一书介绍，当时，支持气功的国家体委主任伍绍祖并没有退缩，上书陈述自己的观点，有关领导认真听取并研究了伍绍祖的意见，于10月份制止了不恰当的“大批判”，于年底重新肯定了人体科学工作。
但何祚庥并不罢休，伙同郭正谊等27人上书江泽民，谎称“科技界十分愤怒，反映强烈，情绪激昂”。这封信于2001年9月11日在方舟子的新语丝上首先发表。
1997年，何祚庥通过罗干的关系，在给江泽民的信中就提出要在全国禁止“法轮功”，江泽民给他的回信中说道：“政治家有政治家的难处，事情没有发展到某种程度，是不能下结论的，否则就可能有坏的效果。”
据2008年11月博讯网上发表的《重大揭密：方舟子“打假团伙”的幕后黑手》一文介绍，方舟子的老婆刘菊花打着新华社记者的牌子，带着方舟子一同来采访何祚庥。于是两人成了师徒关系。从他们认识之时，何祚庥就很明确地表示希望方舟子参加到他热衷的打击法轮功的事业中来。
后方舟子因连输了几场官司，为了隐藏住址避免被别人起诉，他不停地换租住房，使得经济上紧张，在其支撑不下去时再找到了何祚庥，答应了专门迫害法轮功的特务机构“610办公室”的要求。
文章说，几年后，“方舟子不但成了北京的名人，还居然成了国家安全部的秘密特工。其幕后的秘密是因为以下三个人：刘菊花、何祚庥、刘京。”
刘菊花是新华社女记者。上文称，刘菊花本人曾对一个闺中密友说：“610办刘京主任是我爸的远亲。”刘京是法轮功学员点名要法办的迫害法轮功的四大恶首“江罗刘周”之一。
1998年5月24日，何祚庥公开在北京电视台污蔑法轮功为“X教”。但在此之前近一个月（1998年4月）方舟子就在他自己的网站上宣称：据说法轮功“在国内已被宣布为非法，以后只能在美国发展了”。
但由罗干指使的将法轮功定性为“X教”的《关于对法轮功开展调查的通知》是在1998年7月发出的，而在那之前，法轮功虽然受到监视和压制，并未被宣布为非法。可见，方舟子三个月前就拿到了消息。
到了1999年4月，中共对法轮功的镇压已是山雨欲来。11日，中共政法委书记罗干指使亲戚何祚庥在天津教育学院的《青少年科技博览》杂志上发表文章诽谤法轮功，将明显违背法轮功原则的表现都归罪到法轮功身上，直接导致4月25日法轮功学员的万人和平上访。
在此之前的4月21日，于光远、龚育之、何祚庥在中共科协召集所谓反对伪科学、伪气功的人，在北京召开了一次纪念“五四”运动80周年的会议，会议主旨就是研究反击“法轮功”。于光远做了题为“极严重的现象，极严重的责任”的讲演，其中提到“反科学”20次、“邪恶”18次，并且两次点到法轮功的名字。
法轮功“四二五”和平上访事件发生后不到两周，方舟子就在网上兴冲冲地宣布说：“本来今天我将在美国之音参加一个有关法轮功的辩论会，作为反方批判法轮功。”但六天后，方舟子又沮丧地宣布辩论会推迟。
何祚庥是一个十足的党棍科痞。何的研究是以马列主义、毛思想、邓理论、江代表思想为指导的。毛泽东在世时，何祚庥为捧毛，研究所谓“毛子”（毛泽东粒子），1952年5月21日，何在《人民日报》上发文，提倡把当时国内政治斗争中对所谓唯心主义的批判应用到物理学上。但就是这样的一个不学无术的党棍却凭着其亲戚、正部级高官罗干的关系，顺利地成了中国科学院院士。
2001年，江泽民迫害法轮功不久，何祚庥为捧江，竟提出“通过量子力学发展论证江泽民关于‘三个代表’的理论是科技创新评价体系的根本性标准”，在网上被斥责为“放屁”、“老糊涂”。
第一桶金
在中共宣布镇压法轮功之前，方舟子即卖力撰写污蔑法轮功的系列文章。这些文章被中共体制内于光远、龚育之、何祚庥等别有用心之徒大加利用，成为挑起镇压法轮功的先行舆论。
亦明的文章指出，镇压法轮功事件的前因是何祚庥在中宣部的老上级于光远在上世纪70年代末挑起的否认“人体特异功能”、反对钱学森领导的“人体科学”研究的种种努力的延续。
1999年5月21日，方舟子开始发表《法轮功解剖》系列文章。5月30日，方舟子执笔起草了《声援何祚庥院士批判法轮功宣言》，其中不仅提到“何祚庥院士”8次，而且还把法轮功称为“X教”。有人专门把方舟子的《法轮功解剖》系列文章收集在一起，送交到湖南人民出版社出版成书。所有这些，都成了方舟子在未来十五年闯荡中国江湖的最大资本。
1999年7月13日，就在公开镇压法轮功之前几天，于光远的老部下、何祚庥的老搭档、刚刚从中共中央党校副校长任上退下来不久的龚育之发表了一篇杀气腾腾的攻击法轮功的题为“坚持科学的唯物论和无神论”的报告。文章中对法轮功进行大肆污蔑和攻击，并多次引用方舟子对法轮功的评论和抹黑。
龚育之这篇报告文章出现在很多本书中，如中共中央党校出版社出版的《科学无神论读本》和何祚庥主编的《伪科学再曝光》，甚至还被认为是“党史专家”龚育之的学术代表作之一。
在龚育之死后的一篇纪念文章中专门提到了这篇长篇报告，称其被7月21日当晚的中央电视台新闻联播和第二天的《人民日报》放在头版作了报导。《求是》、《人民政协报》等全国20多家报刊杂志均用大篇幅刊载了报告的主要内容。
龚育之在中共镇压法轮功之际反复推销方舟子，相当于在中共全国党政系统中给方舟子颁发了一个“又红又专的反伪斗士”的认证证书。
江泽民集团开始镇压法轮功之后，由于光远、龚育之、何祚庥等人控制的“两科联盟”（中国科协促进自然科学与社会科学联盟委员会）马上协办了一份《科学与无神论》杂志，第一期的封面是于光远，第一期增刊的封面是何祚庥，而方舟子的一篇抄袭而来的《无神论者是什么》则在这份刊物上以“谁来告诉我？——有神论与无神论的对话”为题连载三期。
据程东红2001年所写的《公众理解科学：2000中国国际科普论坛》一书介绍，2000年11月，方舟子获“有关部门再三邀请”、“会务费和住宿费是杨虚杰交的”——出席“在规模、范围、层次上都属空前”的“2000中国国际科普论坛”。
尽管不是正式与会人员，但方舟子在大会上作报告并且获奖。据悉，方在北京期间，中国科协的领导还专门接见了方，对方“给予高度评价”。
2000年底，在从北京回美后不久，方舟子在“新语丝之友”上发文称，“这次在北京基本上把十几年来坚持反伪科学的人全都见了一遍（还蒙何院士（注：何祚庥）夫妇请了一顿饭）。这个圈子也就那么大，人就那么几个，都是很正直的人，在伪科学在官方和民间都得势时他们长期受打压，现在也并没有彻底抬起头来。”
2006年11月，何祚庥、司马南等设“科技打假基金筹备组”，面向社会募集捐款，用来资助方舟子“打假”，并申明将公开账目、接受监督。但至今未向社会公布过其基金使用明细，党媒及一些民众也曾质疑此打假基金是黑资金。
方舟子在中共党媒上素以打假著称，他也是新语丝网站的创办人。2013年1月13日，在司马南主持下，对何祚庥这样完全为政治服务的伪科学家，方舟子不只是百般偏袒，还给何颁发“新语丝科学精神奖”，奖金为一万瑞士法郎。
“610”特务机构（新唐人）
“610”特务机构方舟子的最大靠山
“610”办公室是中共内部的重点保密单位。1999年6月，江泽民为“三个月内消灭”法轮功，在其直接操作下，避开宪法和正常的法律程序在中共中央成立了一个专职镇压法轮功的非法机构——“中共中央处理法轮功问题领导小组”，下设办公室，也称“610办公室”。
除了第一任组长由政治局常委、国务院第一副总理李岚清担任之外，组长按惯例由中央政法委书记亲自担任，而“610办公室”主任则是第一副组长，自2001年起都由公安部“正部级副部长”担任。何祚庥则是这个“610”盖世太保机构的顾问。
中央级“610办公室”设立后几个月，其下属分支机构在中国全面成立，上至权力核心层下至乡镇农村基层，“610”形成了严密而独立的体系，建立了和中共政法委紧密联系的指挥系统结构，全方位地组织、指挥、实施对法轮功学员的迫害。
这个隐秘组织至今依然在执行迫害法轮功学员的任务，遭到国际社会的谴责。美国国务院的年度国际宗教自由报告中连续多年写道：“中国共产党继续设立‘防范和处理邪教问题领导小组’及其‘610’办公室（因1999年6月10日设立而得名），以消灭法轮功运动，处理‘邪教组织’。”
根据亦明的文章，方舟子与“610办公室”的关系，迟至2006年才开始显露。该年7月1日，方舟子在其新语丝网站上发表了这样一篇文章：《凯风网编者的话》，这比该文在凯风网上发表早了25天。
凯风网虽然对外谎称是“民间自发揭发和批露法轮功的组织”，但中共政府网站证实它由“610办公室”创办，受“610办公室”控制。凯风网是中共专门造谣攻击法轮功的网站，大部分造谣污蔑法轮功的原创内容都由凯风网炮制，“610办”要求全国转载。
四川泸县人民政府公众信息网的一份政府文件显示，中央“610办公室”以民间的方式开办了凯风网用来攻击法轮功，省、市、县将为凯风网撰稿列入目标考核。而山东滕州政法委网站曾宣布，被凯风网采用刊登的宣传稿件“字数（按版面计数）超过500字的，每篇奖励500元人民币；不足500字的，按400元奖励”。
凯风网对外公开的时间是在2006年7月。当时在凯风网编纂的“专家文集”中，方舟子的文集不仅是最大的，而且是最早上网的。方舟子的文集现有文章133篇，其中有一大半在2006年6月7日上网。而何祚庥的文集有88篇文章，都是在2006年6月26日上网的。外界猜测方舟子参与了凯风网的建设，至少是曾冒充“中文互联网的先驱”担任其顾问。
当时在凯风网开“文集”的15个人之中，有11人与方舟子关系密切，包括于光远、郭正谊、何祚庥、司马南、陶世龙、碧声（王艳红）、自闲（邓子贤）等。
方舟子主导的“新语丝科学精神奖”第一届（2013年）、第二届（2014年），其颁奖消息、新闻图片、录像视频都是由凯风网独家发布的。（未完待续）
