《明清沿海移民菲律宾和其背后的排华大屠杀历史》说：
菲律宾的华侨大多来自闽粤地区，他们之间所占的比例多少，没有明确的统计数字。其中福建籍约占89%，广杔籍约占10%，其他省市约占1%。明代菲律宾漳州人较多，到了清代，泉州人越来越多，漳州人反而少。
中菲虽早在宋元时期就有贸易往来，但华民较大规模地移居菲律宾，则是在西班牙占领菲律宾以后的事情。明隆庆五年(1571)，西班牙人占取马尼拉，奠定了统治菲律宾的基础。然而菲律宾远离西班牙本国及西属墨西哥，西班牙人占领殖民地所需的的一切物品不得不就近仰仗于中国。
明代移居菲律宾的华民，主要来自漳州地区，由于漳州和同安县以及厦门市联成一片，为此现在马尼拉龙同海同乡会，就由以前的龙溪县、同安县、海澄县的华侨华人组成。
明清时期菲律宾华人中出现了许多名人，许多大权在握之人也与华人移民有关。如菲律宾第一共和国总统荫米溜·亚银那洛将军，其祖母蔡氏的家乡在漳浦县南蔡乡，亚银那洛将军还曾两度回到中国的家乡去。菲律宾第一位女总统科拉松·阿基诺，其祖父也是漳州人。菲华商联总会第一届至第四届理事长杨启泰，祖籍角美杨厝村，也是漳州人。
菲律宾西班牙殖民当局镇压屠杀华民，前两次较大规模的屠杀发生在明万历三十一年(1603)和崇祯十二年(1639)，1603年，万历三十一年(1603)，菲律宾西班牙殖民当局首次屠杀华侨，历时40天，被害华侨2.4万多人，占其时当地华侨的98%，其中有幸而不死者仅剩下约二百名，西班牙人屠杀华侨后，极度恐慌。其一耽心中国政府派兵前来报复。
到了崇祯十一年（1638年），侨居菲律宾的华民总人数约2.5—3万人，逐渐又有所恢复，结果1639年菲律宾当局又发动了第二次排华大屠杀。但此时的大明王朝内有李自成起义，外有东北之患，正处于四面楚歌的境地，根本无力去保护海外华民。
林凤，广东潮州人，嘉靖年间生人。当时明朝实行海禁政策，号曰片帆不得下海，海边人民多迫于生计挺而走陷进行海洋贸易，也就是走私兼职海盗，林凤19岁时参加海上绿林泰老翁队伍，后自己率领一支队伍活跃于海上，最盛时辖舰300余艘，人员4万以上。
隆庆元年（1567年）林凤率部攻占惠来县的神泉港。万历元年（1573年）屯南澳岛的钱澳，十二月进攻澄海，大败官兵。隆庆二年十月遭福建总兵胡守仁官军袭击，转移到魍洪（台湾）的鸡笼（基隆）驻扎。
1556年西班牙侵占马尼拉，随后吕宋岛成为西班牙的殖民地，西班牙改吕宋为菲律宾。西班牙人侵占吕宋后，污辱屠杀当地华人，华人向林凤救助，闻知此事的林凤非常气愤，决定率舰队远征，讨伐西班牙人。
万历二年(1574年)，林凤率领战船六十二艘，武装男丁四千人，妇女一千五百人，从台湾开赴菲律宾，联合当地华人和土著共同驱逐西班牙殖民者。
船队急航两天，到达吕宋边界，立即攻占密雁，西班牙守将撒示洛驾舟逃走，船队乘胜前进，直逼马尼拉。兵贵神速，林凤即命先锋率七百精兵乘夜袭击马尼拉。不料入夜天气骤变，风雨交加，巨浪如山，船只一半沉没，损失二百余人，同时因天黑难航，错登地点，辗转至马尼拉时，天已大亮，西班牙人已有准备。先锋部队不顾疲劳，奋勇进攻，攻入西班牙人的指挥部，杀死总指挥高第，许多西班牙人束手就擒。马尼拉市内的西班牙人见状，紧急集合，进行坚决抵抗，先锋部队没有拿下马尼拉市，撤回船上。林凤又分兵三路发起第二次进攻，第一路直攻马尼拉大街，第二队从海滨进攻，第三队从河边进攻，又未果。林凤改变战略，命令部队向北转移，到彭加钖南驻扎，筑城堡及炮台据守，伺机再战。
西班牙人视林凤为大敌，实行紧急动员，组织了一支数千人的军队，以萨罗塞多为元帅，进行反攻，袭击林凤舰队与驻地。林凤指挥部队击退了西班牙人的多次进攻。
林凤则在班诗兰建立都城。几个月间，他率部众建立城寨，宝塔，并凭险筑垒，设炮台多处，准备对抗西班牙人。林凤被拥为国王，国号汉，在菲律宾华人和土著的支持下，林风率林部众一边战斗，一边乘战隙之机，补充给养，建造战舰，充实战备，以期再战，彻底将西班牙人赶出吕宋。
在关键时刻，西班牙与视林凤为心腑大患的明朝勾结，联合进攻林凤舰队。万历三年（1575年）春，明朝调吴慕康率明朝海军，追剿林凤至菲律宾彭加钖湾。明朝朝廷以允许西班牙人在厦门通商为条件，急切地要求西班牙人共同击败林凤。
西班牙人见林凤筑城建国，怕夜长梦多，灭之心切。驻菲总督勒比撤里经过一段时间的准备，调集舰队兵员六千多人，于万历三年(1575年)三月协同明军潮州把总王望高联合围剿林凤。林凤率众抗击，战斗激烈，相持四个月余。在中西两国舰队夹击下，而林凤却孤军作战，粮械不继，林凤海陆作战相继失利，林凤军及吕宋华人土著武装战死者众。
至万历四年（1576年）初，吴慕康率舰队与西班牙殖民者再次共同进攻林凤，林凤终于不敌，率少数部下突围，重返澎湖，后相传远走印度洋，不知所踪。
中国海外第二次大规模的开拓又以内战的形式告终。英国近代向海外开拓，往往以英国海盗为先锋。英国政丵府招抚了著名的海盗德雷克，以对抗西班牙，结果打败了西班牙，取得了海上霸权。而中国却可耻的“以夷制贼”，联合西班牙对付海盗。阶层斗争在中国真可谓源远流长。
在西班牙统治菲律宾时期，数次屠杀华人，菲律宾逃回中国的华人曾向民族英雄郑成功哭诉，郑成功遣使天主教意大利籍神父李科罗到菲律宾向西班牙总督递交国书，谴责其杀戮掠夺华侨的罪行，严令其改邪归正，但西班牙人反而因此在马尼拉进行了第三次对华侨的屠杀。
当时正在生病的郑成功闻讯大怒，气得吐血，决定病好后挥师征讨，为华侨报仇。他一面抚恤安置从菲律宾逃到台湾的华侨，一方面组织筹备军队，派人暗中与在菲律宾的华侨联络，以便到时可里应外合。但尚未出兵，郑成功疾劳成疾，于1662年6月23日病逝。
后来，其子郑经也于1670年和1671年两次派人联络在菲华人，准备派舰队征讨马尼拉，但最终因当时主张反丵攻大陆的部下反对，没有出兵。
《西班牙人在菲屠杀华人郑成功父子三次出兵未成》说：
1604年，中国出兵传闻震动菲律宾
菲律宾与中国华南隔海相望，自古就是华人移居的重要目的地。明初郑和七下西洋后，中国声威所及，菲律宾的吕宋、苏禄等国都时段时续地同明廷保持着朝贡贸易，但直到16世纪70年代移居菲律宾的华人才逐渐增多。当时明王朝部分开放海禁，而刚刚殖民菲律宾的西班牙对商品和人员极为渴求。华侨的增多也令晚期明帝国与西班牙在菲律宾产生碰撞。
殖民者肆意屠杀旅菲华侨
1565年，西班牙殖民者入侵菲律宾，攻占宿务岛，1571年侵占吕宋，建马尼拉城。西班牙人对菲律宾统治初期，对前往菲律宾的华人采取拉拢政策，因为菲律宾当时的经贸发展要仰赖华人的努力和贸易。但随着华人影响的提升，西班牙殖民者与华人的矛盾开始凸显，并最终导致1603年的大屠杀。
1574年，活跃于福建一带的私人武装头领林凤差点攻占马尼拉，让西班牙殖民者对华人大为恐惧。1593年，菲律宾总督达斯马里纳斯远征摩鹿加群岛，由于他强迫华侨充当桨手，引发不满。途中，达斯马里纳斯所在旗舰上的华侨潘和五等人奋起反抗，将船上包括总督在内的西班牙人几乎尽数杀死（仅12名士兵死里逃生），随后驾船远走。这次事件后，马尼拉当局煽动排华浪潮。在这一背景下，1594年初，一支中国船队在福建官员带领下，载着士兵和武器到达马尼拉，接回3000名华人。
1603年，菲律宾岛又出现一则传闻：中国皇帝有意占领菲律宾以获取这里的黄金。这一传闻源自一名在吕宋生活多年的木匠，他称吕宋有一机易山，“其上金豆自生”。万历皇帝信以为真，下令福建官员前去勘查。西班牙人本就对中国颇为忌惮，何况菲岛华侨众多，因此疑心中国想“开疆裂土”。随着排华情绪渐浓，西菲当局欲迫害甚至屠杀华侨的意图越来越明显。
1603年10月3日，不愿坐以待毙的华侨爆发大起义，但由于缺少武器和军事经验，他们仅坚持了41天。起义很快演变成一场大屠杀。在当局的煽动和蒙骗下，包括土著、日侨在内的各方力量都参与到屠杀中。据统计，至少2万华侨被杀。
马尼拉忧心明廷报复
大量屠杀华侨对菲律宾本土经济产生致命影响，物资匮乏、经济萧条。当局财政状况严重恶化，甚至需要借贷度日。西班牙人忧心中国商船不再到来，会令遥远的美洲受到波及。更大的恐惧是，他们担心明朝政府会进行报复。西菲当局紧急加强战备，但军队士气低落，口粮严重不足。殖民者只能心惊肉跳地等待，马尼拉笼罩在绝望和萧条气氛中。1604年6月，一批对前途悲观的富人离开马尼拉，举家迁往墨西哥。
西班牙驻菲律宾总督阿库尼亚一面做些表面工作，如部分发还华侨商人的财产，发动幸存者给国内写信，企图证明西班牙殖民者“清白”；一面派特使奎瓦携带致广东、福建两省巡抚和其他官员的函件，于1603年12月10日乘船前往澳门，并趁机刺探中国有否进攻菲律宾打算的军事情报。考虑到澳门的葡萄牙人对中国比较了解，阿库尼亚还写了几封信，详述华侨起义事件，并附上致中国官员函件的副本，让奎瓦分发给澳门的司令官、主教、在政务方面有着较大发言权的耶稣会教士等。
奎瓦一行因遭遇风暴于1604年2月折返马尼拉，2月25日又由150名西班牙士兵和一名神父陪同再赴澳门。但葡萄牙人出于打击贸易竞争对手的考虑，始终未将函件转交中国方面。
万历王朝做出荒唐决定
奎瓦等抵达澳门的消息传到漳州，有经常往来漳州和马尼拉的中国富商到澳门与其会见，答应把函件转交中国官员，设法动员华侨继续贸易。奎瓦在澳门了解到，明朝政府已获悉屠杀事件，但全国平静，没有集结舰只进攻马尼拉的迹象。获得这个重要情报后，奎瓦购买了一批军事物资，于5月回到马尼拉。
奎瓦带回的消息令西菲当局忧惧大减，但直至1605年5月，西班牙人望眼欲穿的华商船只仍难觅踪影，相反却从澳门传来消息，中国已经集结一支军队，准备前来兴师问罪，一时间又使西班牙人惊惧不已。事实上，尽管明朝当局了解了事件真相，但它一贯把移民国外的华侨视为贱民，因此仅写了一份《谕吕宋檄》，于1605年5月底、6月初由中国贸易船队中一名船主带到马尼拉，分交菲律宾总督、马尼拉最高法院和马尼拉大主教。檄文未对屠杀行为进一步严加追究，只要西班牙殖民当局保证华侨今后生命财产的安全，并宣布对殖民者“不忍加诛”，“其海外戕杀姑不穷治”，要求西班牙方面“当思皇帝浩荡之恩，中国仁义之大”。
明朝未出兵讨伐还有当时现实条件的限制。在西班牙屠杀华人大致同一时期，大明王朝进行了三场大规模战争：在西北的宁夏，西南的播州，特别是从万历二十年（1592）开始的长达7年与日本在朝鲜进行的战争。这三场大战明朝都取得胜利，但国家军事和财政能力损耗极大。
郑氏父子曾欲出兵
明朝的纵容使得殖民者对菲律宾华侨的欺压更加有恃无恐，绝境中的华侨不堪其苦。1639年，华侨再次发动起义，并坚持近4个月。这一次，西班牙殖民者彻底杀红了眼，无数华侨平民包括虔诚的天主教徒死于屠杀。
得知菲律宾华侨的悲惨处境后，1657年，坚持抗清的明朝大臣郑成功致函爪哇岛巴达维亚的一名华侨，要求他停止与西菲当局进行贸易。他还提出要率兵攻取菲律宾，以示惩罚。1662年，郑成功攻下台湾后，派人向菲律宾总督下书，谴责其杀戮掠夺华侨的罪行，严令其改邪归正。
面对郑成功的威胁，西班牙人反而进行了第三次对华侨的集体屠杀。郑成功闻讯大怒，他一面抚恤逃到台湾的华侨，一面组织筹备军队，于是菲律宾岛上再度风声鹤唳，人人自危。当时荷兰人也威胁着西班牙人在菲律宾的地位，岛上菲律宾人反西起义频发，西班牙殖民者感到回天乏术，随时准备撤离。
但郑成功尚未出兵就出现内乱，不久郑成功病逝。他的儿子郑经接着治理台湾，并派人同西班牙殖民当局交涉。据说郑经在1670年和1671年两次准备征讨马尼拉，但因各种因素而未能出兵。
《西班牙为何会屠杀近10万华人？》说：
1602年西班牙人曾于菲律宾之大仑山（San Pablo del Monte）一举屠杀华侨两万四千余人；1603年到1820年，西班牙屠杀菲律宾华人约10万人，西属东印度菲律宾西班牙殖民者以种种借口对在菲华人六次大屠杀，近10万人中国人罹难。
西班牙殖民者看到了中国政府对自己侨民的毫不关心，便把比他们更早来到菲律宾的华人，当做了下蛋的鸡。当需要贸易时，就让这只金鸡下蛋；当需要安全时，就立即宰了它。林凤开拓菲律宾殖民地的努力，虽然成为泡影，但他给西班牙人的心里留下了浓重的阴影。将中国人作为最有力的竞争对手，防范中国人，便成了西班牙的菲律宾殖民政府的首要工作之一。
但是，此时他们还需要中国的大量贸易及劳动力，在林凤战败之后的20年间，尤其在1585年和1590年，菲律宾殖民政府从广东、福建招募大批华工，「华人既多诣吕宋，往往久住不归，名为压冬，聚居涧内生活，渐至数万，间有削发长子孙焉」（《东西洋考》），到了17世纪初期，在菲律宾的华人至少超过了25000人，这令西班牙日益不安。他们担心在菲律宾的数万华人，将成为响应中国军队入侵的内应。
于是，他们开始了行动。第一步，是收去华人手中可做兵刃的铁器，第二步，「酋（西班牙人）乃下令录华人姓名，分三百人为一院，入即歼之」。这300人一批的分批屠杀，完全类似日后纳粹对犹太人的「最终解决」及苏联屠杀波兰军官的「卡廷惨案」。惊醒了的华人「群走菜园」，奋起反抗，但是，手无寸铁，又没经过战斗训练，死伤惨重，便躲入了大仑山，与西班牙军队打起了游击战，「众殊死斗，蛮兵少挫」。
当时的总督阿古纳Pedro Bravo de Acua向西班牙国王报告说：「中国人推有一个信教的商人任领袖，在对岸集合有一万至一万二千人，但还留有许多人在原中国区防守。」「他们在烧了几间房屋之后，进入上尉马奎纳的果园，杀死其夫妇，四个小孩和四个仆人。」西班牙人手腕相当灵活，「酋旋悔，遣使议和」，但是，华人们「疑其伪，扑杀之」。西班牙人大怒，收兵回城，却设伏城旁。华人「饥甚，悉下山攻城。伏发，众大败，先后死者二万五千人」。
为避免激怒中国政府，引来战争，总督下令将所有掠夺来的华人资产，「悉封识贮库」，致信福建巡抚徐学聚，说：「华人将谋乱，不得已先之，请令死者家属往取其孥与帑。」面对这一惨剧，万历皇帝得悉消息后「惊悼」，立即逮捕首倡到吕宋淘金的阎应龙、张嶷，万历皇帝说：「嶷等欺诳朝廷，生衅海外，致二万商民尽膏锋刃，损威辱国，死有余辜，即枭首传示海上。
从1603年的大屠杀中，西班牙殖民者看到了中国政府对自己侨民的毫不关心，比他们更早来到菲律宾的华人，便被当作了下蛋的鸡。当需要贸易时，就让这只金鸡下蛋；当需要安全时，就立即宰了它。同样的大悲剧在36年后（崇祯十二年，1639年)再度发生，菲律宾华人被屠杀多达22000人之众。康熙元年(1622年)，郑成功收复台湾，菲律宾华人再度被屠杀，西班牙人甚至动用了大炮轰击华人居住区，死者多达5000人，这大大激怒了郑成功，准备出兵菲律宾报仇雪恨。
侨，无非过客而已，华人在此却居然无处为家。西班牙人所创造的对华政策，世代相传，至今犹然。平时充当母鸡、非常时充当替罪羊，伸头一刀、缩头也是一刀，就成为全球华人的宿命定位。
在西班牙，多少人没被阿人调戏过和欺负过，我走在大街上，垃圾人过来要求亲吻，西班牙的留学生很多都有被抢包的经历，而本土的西班牙人表面礼貌骨子里面却歧视中国人，在海外的中国人我们要团结在一起！
······
谢选骏指出：华人内讧不仅造成上面三文所述的菲律宾屠杀，而且招致更为广泛的内忧外患。中国亡于满清不说，一百年来遭受“内战”折磨，也是由于汉奸太多——不仅有伪满、汪伪，还有“中华苏维埃共和国”最先成立、为虎作伥、分裂中国，使得中国至今不能获得统一和独立。
