1987年，胡耀邦辞去中共总书记职务后，中央曾发布多份文件，批评胡耀邦。根据美国汉学家傅高义所著《邓小平时代》引述当年的中央3号文件，列举了胡耀邦“抵制党为反对精神污染和资产阶级自由化而作出的努力，纵容全盘西化的要求，导致学潮的发生”等6条罪状。在1989年4月胡耀邦的追悼会上，邓小平伸出手去，想跟胡耀邦的遗孀李昭握手，但李拒绝了。她说：“都是因为你们这些人。”
邓小平(中)出席胡耀邦葬礼
胡耀邦下台后，邓小平曾数次邀请胡去他家打桥牌，都被胡婉言谢绝，只有一次例外：1987年12月30日，即胡耀邦得知自己要被解职那天的整整一年后，他接受了邓小平的邀请。邓小平问胡耀邦对自己的问题是不是想通了，胡耀邦没有回答。在1989年4月胡耀邦的追悼会上，邓小平伸出手去，想跟胡耀邦的遗孀李昭握手，但李拒绝了。
她说：“都是因为你们这些人。”
反资产阶级自由化：1987
胡耀邦下台后，邓小平多管齐下，加强他认为在胡耀邦领导时期日益松弛的党内纪律。为了减少胡耀邦的影响力，邓小平公开宣传胡耀邦的“错误”，并把批评中共但一直受到胡耀邦保护的一些追随者撤职。邓小平还意在遏制对人道主义、自由、民主等西方观念日益广泛的渴求，他认为有人利用这些观念来挑战党的最高权威。
邓小平亲自主持的1月16日政治局扩大会议上，宣布了要开展批判资产阶级自由化的运动。邓小平还同时宣布，要继续实行全面改革和对外开放。1月28日过年前夕发布了中央4号文件《关于当前反对资产阶级自由化若干问题的通知》，对即将开展的运动作了说明。受到胡耀邦保护的知识分子——方励之、刘宾雁和王若望——被开除出党;朱厚泽在3月也被撤销了中宣部部长一职。刘宾雁为自己辩解说，他的报告文学批评的是一部分中共干部，并不是在攻击党;但有些高层干部认为，他的批评以及对人道主义理想抱“更高忠诚”的呼吁使人们对党产生了消极印象。还有不少人虽然未在媒体上遭到批判，但受到了内部批评，包括中国社会科学院政治学研究所所长严家其和一些大学行政干部中的党员。为避免在知识分子当中造成严重的消极反应，邓小平宣布运动只限于党内。
很多在胡耀邦手下工作过的有经验的党内高官，如朱厚泽、吴明瑜、于光远和任仲夷，依然坚信方励之、王若水和刘宾雁不会危及社会安定;示威活动能够通过协商加以解决;扩大开放只会加强而不是削弱国家实力;邓小平高估了国家稳定受到的威胁，作出了过度反应。
邓小平试图在主管宣传工作的高层干部中加强纪律，要求他们维护社会主义理想。3月29日中央印发了一个改进报刊与出版工作的文件，然后便出现了一篇又一篇批判资产阶级自由化的文章，广播也在不停地宣传同样的内容，包括批判主张个人主义和腐化堕落的西方思想。媒体还歌颂爱国主义，赞扬中国人民的创造精神和科学成就。邓力群在推动反对资产阶级自由化的运动中扮演了关键角色。相反，赵紫阳设法限制这场运动对经济部门的消极影响。他说，对资产阶级自由化的批判不应干扰经济，群众对政治运动已经感到厌倦。在为推动运动召开的4月6日至12日的宣传工作会议上，邓力群漫无边界地大批资产阶级自由化，引起了很多与会者的愤怒。赵紫阳的助手鲍彤拿到邓力群的讲话文稿后，赵紫阳把它交给了邓小平。邓小平作出了赵紫阳和鲍彤所期望的反应：他同意邓力群走过了头，疏远了过多的知识分子和自由派干部。有些自由派党员担心邓小平可能会考虑让邓力群成为胡耀邦的接班人。邓小平此时的反应标志着运动的一个转折点，也标志着邓小平不再支持邓力群了。
在确认了邓小平对自己的支持后，赵紫阳在1987年5月13日发表讲话，含蓄地批评了邓力群，实际上也标志着反对资产阶级自由化运动的结束。几周后的7月7日，赵紫阳解散了过去邓力群维护正统思想的根据地——中央书记处研究室，邓小平并未对此表示反对。政治气氛的这种变化加强了赵紫阳的地位，削弱了邓力群的影响，为赵紫阳在十三大提出更开明的工作计划铺平了道路。7月10日，曾在1950年代短期担任过毛泽东秘书的李锐交给邓小平一封信，信中含有详细的批评邓力群的内容。李锐说，邓力群在延安时代曾滥用职权调查李锐，并不断找李的妻子谈话，随后又引诱她。李锐还批评邓力群也整过一些好干部。当邓力群受到攻击时，赵紫阳也感到了来自保守派的压力，后者将赵视为对保守的经济政治方针的威胁。赵紫阳后来回忆说，他之前还与保守派维持着比较不错的关系，但是在他撤掉了邓力群的根据地(中央书记处研究室)之后，他与陈云和李先念的关系受到了伤害。赵紫阳还说，十三大之后这些保守派领导人担心他会利用自己的领导地位在党的代表大会上推动“政治体制改革”。
中共十三大：赵紫阳主政
邓小平很清楚，毛泽东像皇帝一样至死不退造成了极大危害。所以他决心建立一种新的模式，对高层领导人的任期要有限制，到期就退休。然而就邓小平本人而言，退休是有附加条件的。赵紫阳在1989年5月向戈巴卓夫透露说，中共的十三大有一个内部约定，即使邓小平已退出中央委员会和政治局常委，但在大事上他仍保留着最后拍板的权力。
与邓小平同龄的那一代老干部知道，只要邓小平决定退休，他们也只能跟着退。1985年邓小平开始提出他可能退休的问题时，有些老干部请求他留任。就像其他对权力交接的时间和过程并无明确规定的国家中的集权统治者一样，邓小平及其同事有理由怀疑一些没有耐心的年轻干部甚至在老干部还不打算退休时就开始为他们的退休作准备，或至少热切期盼他们退休。1986年11月11日，在为筹备一年后的十三大而召开的小型会议上，胡启立就提到过邓小平和一大批老干部将要退休的事。薄一波听到这话脸都气红了，问胡启立：“你是不是盼着我们都早点死啊?”胡启立客气地回答说，他希望他们继续干下去。从来不知隐瞒情绪的王震也曾在中央党校大骂胡耀邦在为老干部退休作准备，他其实说出了其他老干部的心声。在1987年10月25日到11月1日召开的中共十三大上，邓小平辞去了所有党政职务，退出了中共中央委员会、政治局和政治局常务委员会，但保留了中央军委主席和国家军委主席的职务。其他老干部别无选择，也只好从正式职务上退下。陈云获准取代邓小平成为中顾委主任，第一线的工作则交给了赵紫阳。
党的十三大是赵紫阳的大会。邓小平知道，为了使接班人有效行使领导权，必须给他相当大的活动空间。除非邓小平认为事态紧急，赵紫阳就是当家人。把胡耀邦解职后，邓小平让赵紫阳放手筹备并领导了十三大。赵紫阳在5月13日的报告不但标志着反对资产阶级自由化运动的结束，也是赵紫阳为期半年的全力以赴地领导十三大筹备工作的开始。为使西方民众对此变化有所准备，赵紫阳在1987年9月25日接受了美国电视节目主持人汤姆·布罗考(Tom Brokaw)的采访。在聚光灯下，赵紫阳对自己将在一个月后的党代会上正式成为新的第一线领导人显得踌躇满志。赵紫阳虽然成了当家人，但他仍是在邓小平划定的范围内做事。他坚持四项基本原则，反对资产阶级自由化，表明自己对进一步推动对外开放和经济改革的信念。邓小平长久以来一直赞成党政分家，赵紫阳也紧跟这一路线。尽管如此，赵紫阳还是获得了相当大的活动空间，因为邓小平甚至陈云都清楚，在赵紫阳的领导下经济和政治体制都会继续发生变化。
1987年5月29日，在绿灯亮起的两周以后，赵紫阳对新加坡总理吴作栋说，他正在为十三大准备一个政治改革纲领，改革的长期目标是“建设高度民主的社会主义”。赵紫阳说，这个过程需要保持政治稳定，也将经过很长时间才能成功。改革要循序渐进，一个省一个省地进行。赵紫阳说，将来党不会再插手政府事务，党内将会有高度的民主。
为了反映各级干部的意见，文件总共修改了八稿。9月27日邓小平看过文件后决定不再作任何修改，只是简单地批示说：“看了，没意见，写得好。”
根据赵紫阳的指示，文件以《建立健全社会主义民主政治》作为标题提交给十三大。邓小平在大会前夕发表简短讲话，表明他完全支持这个报告。像邓小平一样，赵紫阳也力图回避会引起争议的观点。十三大的文件既支持继续改革开放，也避开了容易引起争议的具体问题。赵紫阳选择了“社会主义初级阶段”作为主题，这是这个概念第一次被党的代表大会所采用。它的好处是既可以让那些社会主义意识形态的拥护者继续坚持中国最终将走向社会主义的信念，又给予了那些相信市场的人发展生产力所必需的自由空间。当有人问到这个初级阶段会持续多长时间时，赵紫阳说：“社会主义现代化的大体实现……至少需要上百年时间。”
实际上，赵紫阳是将社会主义高级阶段无限期地拖后，他要让那些希望经过短期整顿后党会再次迈向社会主义高级阶段的人打消这种念头。十三大为经济体制提出了“有计划的市场经济”这一新说法，反映了市场正在变得更加重要，这与过去宣称计划优先的文件相反。国家调节市场、市场引导企业、详细硬性计划的作用将持续下降。要建立劳动力、技术、信息和房地产市场。赵紫阳说，长远目标“是建立高度民主、法制完备、富有效率、充满活力的社会主义政治体制”。报告为进一步改革提供了方向：
(1)实行党政分开，减少党在领导政府事务中的作用。各级党委不再设立不在政府任职但又分管政府工作的全职书记。
(2)进一步下放权力。
(3)政府各单位要明确职责，减少职权的重叠。
(4)提拔、降职和奖惩要以工作表现作为依据，培训、工资、福利和退休的权利都要有法律加以保障。
(5)在关系到地方群体的问题上，政府要与地方干部进行协商并向群众告知结果。
(6)加强“社会主义民主”，要允许各种群众组织，如妇女、工会和其他团体，表达他们所代表的群众的意见。
要加强民族区域自治，大力培养少数民族干部。
(7)加强社会主义法制。大会还批准了一些程序上的改革。为了能更及时地了解情况，中央委员会全体会议将从一年一次改为一年两次。
政治局会议的重要决定将不再保密，而要在媒体上公布。对工厂、学校、医院、企业的党组织进行精简，使这些单位能够更加自主地作出有关自身工作的决定。在十三大召开前的几个月里，赵紫阳全面负责人事上的变动，但在选拔过程中老干部其实仍发挥着重要作用。政治局的新常委赵紫阳、李鹏、胡启立、乔石和姚依林都不是极端派。姚依林被公认是精明能干的管理者，得到陈云的强烈支持。好在胡启立和乔石都坚定地支持改革，这就保证了赵紫阳在常委中能成为改革的多数派。和两年前党的全国代表大会一样，选拔标准强调教育背景、领导业绩和相对年轻。经过这次人事变动后，政治局委员的平均年龄降低了五岁。
另外，十三大的中央委员会的产生，是在中共历史上第一次实行了差额选举，因此就排除了最不受欢迎的候选人，保证了当选者至少拥有其他人最低限度的支持。大会第一轮投票时，候选人比实际名额多出十人，因此得票最少的十人落选。邓力群便是落选的十人之一。这反映着邓力群受到普遍排斥，也表明胡耀邦得到普遍同情。随着邓力群离开中央委员会，兼之他的主要工作单位书记处研究室被解散，赵紫阳不像胡耀邦，他不会再被这个中国最执着的保守派揪住不放了。
十三大避免了害怕改革的保守派和担心停滞的改革派之间的尖锐分歧。两个最具争议、作为对立两派代表的干部——总书记胡耀邦和他的批评者邓力群——都被撤职，这使中间派更容易齐心协力继续推动市场改革和温和的政治体制改革。实际上，保守派和改革派所争论的关键问题在十三大之前的几年里就已经转向更开放、更多的言论自由和更多的市场改革。赵紫阳在十三大上进一步推进了这一转向，尽管斗争仍在继续。邓小平把他认为过于宽容的胡耀邦成功搞下了台，并没有破坏中共上层的团结。赵紫阳坚持邓的四项基本原则，推进邓的经济和政治设想，邓有理由希望在自己退出之后，赵将有效引导中国走向改革的下一阶段。
