周恩来主持起草的中共中央《打击反革命破坏活动的指示》的原始文本如今已经很难看到了，不过，若干官方出版物，包括上文提到的《毛建国文稿》中那段“注释”，都有该文件的内容简述。除香港中文大学中国研究服务中心出版的《中国文化大革命文库》光碟收录了原文件全文外，王锐先生查到大陆公开出版物中记叙最详的，是吉林人民出版社1996年出的4卷本《共和国史记》第三卷中的记载，所引文字都打了引号，应是编者直接从这份中共中央档中摘录下来的。
《打击反革命破坏活动的指示》在谈及出台这个档的由来和动机时说：“苏修正在加紧勾结美帝，阴谋对我发动侵略战争；国内的反革命分子也乘机蠢动，遥相呼应，这是当前阶级斗争中值得注意的新动向。这一小撮反革命分子妄图仰赖帝、修、反的武力，复辟他们失去的天堂，加紧进行破坏活动。有的散布战争恐怖，造谣惑众；有的盗窃国家机密，为敌效劳；有的趁机翻案，不服管制；有的秘密串联，阴谋暴乱；有的贪污盗窃，投机倒把，破坏社会主义经济；有的破坏插队、下放，这些人虽然是一小撮，但无恶不做，危害很大。”（引号内的文字完全录自该书，下同）
谈及如何打击所谓反革命破坏活动，《打击反革命破坏活动的指示》明确要求：
“一、要放手发动群众。用战备的观点，观察一切，检查一切，落实一切。使群众认清，打击反革命破坏活动是一场激烈的阶级斗争，是打击帝、修、反‘别动队’的斗争，是打击苏修侵略阴谋的斗争，实际上也是一项重要的战备工作。”
“二、要突出重点。打击的重点是现行的反革命分子。”
“三、要严格区分各类不同性质的矛盾，分清敌我，区别轻重。”“对于那些气焰嚣张、罪恶累累、民愤极大、不杀不足以平民愤的反革命分子，要坚决杀掉。对于那些罪恶虽属严重，但民愤不大者，可分别判以死缓或无期徒刑；罪行较重，必须判刑者，可判以有期徒刑。对于那些罪行较轻者，可交群众严加管制。”
“四、要大张旗鼓地、广泛深入地做好宣传、动员。杀、判之前要交给群众讨论，‘做到家喻户晓，人人明白’。杀、判时要召开群众大会，公开宣判，立即执行。这样才会人心大快，敌人震慑。但是，杀人不可过多，杀的应是极少数，关的亦不应多，管的是大多数。”
“五、要统一掌握批准许可权。按照中央规定杀人由省、市、自治区革命委员会批准，报中央备案。”
“六、要加强领导。必须首长负责，自己动手，具体指导，深入实施。”（以上见《共和国史记》第三卷527页至528页，吉林人民出版社1996年9月）
相比较而言，以上6款内容最重要的是2、3、4、5等4款，第2款规定了“打击的重点是现行反革命分子”。第3款是规定打击手段是关、管、杀，尤其强调“对于那些……不杀不足以平民愤的反革命分子，要坚决杀掉”，为日后的大规模处决行动，开了绿灯。这也是导致遇罗克，及以后的张志新等一大批“文革思想者”被处决的依据。第4款是规定“杀判时要召开群众大会，公开宣判，立即执行”。这是文革中以及其后数十年间普遍实行的对罪犯搞“公判大会”、“游街示众”的由来和政策依据。第5款是将杀人许可权重新交与地方，中央仅是“备案”。这是1960年代中央收回“死刑”判决权以来最重大的变动。（根据王锐《周恩来与“一打三反”运动》整理编写）
在“一打三反”运动中，全国动得比较早也跟得很坚决的是许世友坐镇的江苏省及南京市。1970年2月12日，南京召开数万人参加的“公判大会”，处决了查金华等人。查是著名“文革思想者”之一。杨健在《文化大革命中的地下文学》一书中说：
查金华是南京市“一打三反”运动中头一个被枪毙的人，仅仅因为他自己组织了一个马列主义小组，用马列的观点对现行政策提出了一点怀疑，于是这个认真的年轻人就付出了生命的代价。（杨健《文化大革命中的地下文学》第126页，朝华出版社，1993年1月）。
为强化运动声势，江苏省革委会机关报《新华日报》，破例于当天出了“下午版”，在报导公判大会实况同时，发表“大号黑体字”排印的极带杀气的社论《坚决镇压反革命》。没料，此举引来“反弹”，引出著名的南京“2．12反革命案件”，让更多的“文革思想者”被处决。
查金华被处决及预示大恐怖开始的《新华日报》“2．12”社论，引起一些民众尤其与查金华一样具有点独立意识的年轻人的不满乃至愤怒，并以行动表达自己的愤怒和反抗。南京市8中已下乡苏北的高中生陈卓然及安姓同学，当天用剪刀剪下社论上的一些字，用这些字再组成表达不满抗议的类似“我们要真正的马列主义”、“查金华烈士永垂不朽！”等60多条“标语”贴于纸上，于夜间张贴于南京主要街道。
标语出现，轰动南京，省市公安机关忙成一团，作要案侦查。“排查几乎落到每一个人头上，尤其是回城知识青年。”两个月后，因某位知情者告密而案破。时年仅20岁的南京8中学生陈卓然于1970年4月28日在五台山体育场万人公判大会后被处决，同时被处决另有10余人。同案的安姓同学判刑15年。（以上见《文化大革命中的地下文学》）
1970年3月19日，“文革思想者”张坤豪等在河北省保定市“三皇庙”体育场公判大会后被处决（张2月25日被捕，从逮捕到处决仅22天）。
1970年4月14日，同是“文革思想者”的毛应星等，在甘肃被处决。49岁的女教师毛应星，其兄毛应斗曾就职于著名的西南联大图书馆，与时在联大附中任教的诺奖获得者杨振甯是挚友，二人同住一屋。其间，曾参加西南联大组织的假期旅行活动，与扬振宁等一起受到过国民政府地方军政首脑接待并合影。毛又喜欢集邮、收藏有一些国家领导人肖像邮票。毛应斗后来与杨振宁、李政道一同赴美留学。赴美前，曾将自己部分私人物品（包括照片和邮票）交妹妹毛应星保管。没想到这些照片和邮票竟成了文革中将妹妹送上断头台的“罪证”之一。
毛应星1969年7月1日被判刑5年，关押于甘肃省第四监狱，其在狱中对文革现实及中国革命等问题作了深入思考，写下30多万字笔记。“一打三反”运动开展后，对其“罪行”的认定升级，甘肃省革委会4月3日讨论该案时，省革委会主要负责人表态说：“杀！很坏，家庭是反动家庭。”（指其兄毛应斗在海外，其丈夫李如璋文革中亦判刑12年）。6天后的4月9日，当局派人于狱中向毛应星宣布死刑判决。4月14日押赴刑场处决前，上午9时，有关人员与之在监室中有这样一段颇意味深长的对话：“今天将要执行，你有什么话要说？”毛答：“我没有说的话，我认为我的问题只有到中央才能解决。这个执行如果是中央指示，我没有意见。”可悲可叹的是，毛应星至死恐怕都不曾想到，致她于死命的这个运动恰恰是来自中央！这正是文革中许多人难以逃脱的“误区”之一，认为所有的“坏事”都是在中央不知情、被蒙蔽的情况下，地方上搞出来的。而不管毛泽东代表的中央，还是周恩来实际主持的中央，始终是“英明、伟大、正确”的。
5月8日，“文革思想者”，24岁的女知青丁祖晓被处决。
5月30日，“文革思想者”忻元华等，在新疆被处决。……
总之，全国各地都紧跟在北京市之后，大张旗鼓，大造声势地展开宣判处决“反革命”行动，惟恐落后或开展不力。
那么，声势浩大的“一打三反”运动到底捕了多少人杀了多少人？已故的文革学者王年一先生在《大动乱的年代》中提供了相关资料：“据统计，1970年2月到11月共十个月挖出了‘叛徒’、‘特务’、‘反革命分子’184万多名，捕了28.48万多名，杀了数以千计的人。”（王年一《大动乱的年代》第333页，河南人民出版社，1988年）不过，海外文革学者王友琴女士认为，从运动中各地都大批枪毙人的密度来看，全国被枪毙的人的数字不可能只是数千。”（根据王锐《周恩来与“一打三反”运动》整理编写）
