北京两会开幕前，有更多机构改革方案的消息传出，港澳办传出将脱离国务院体系，直属中共中央，将由政治局常委王沪宁或丁薛祥主管。
评论表示，港澳办若非国务院部门，可摆脱《基本法》对中央和港澳管辖的限制，党能更灵活介入意识形态和金融等香港内部部署，也为日后两岸关系再恶化做好事前准备。
中共全国两会在本周末开幕，多家亲北京的香港媒体引述不同消息，指港澳系统也纳入机构改革方案的范围，港澳办有可能脱离国务院，直属于中共中央。
《星岛日报》表示，中共二中全会强调，深化机构改革是重要部署，以加强党中央集中统一领导为统领，全会通过的《党和国家机构改革方案》，范围涉及港澳，港澳办有可能变成"中共中央港澳办公室"，能强化中央对港工作的全面领导，属升格扩权的安排。
《南华早报》引述不同消息，指港澳办直属中共中央的方案，将会在周日提交人大全体会议审议，又说，港澳事务由中央直接决策和管理，显示北京对港澳事务的重视，港澳办和中联办同为北京对港桥梁的分工会更明确，又引述亲北京学者分析，政治局常委王沪宁或丁薛祥将最有机会接替韩正主管港澳事务。
评论：港澳事务归中央可摆脱《基本法》限制更灵活介入香港内部管治
熟悉中港情况的时事评论员程翔对本台表示，把港澳办脱离国务院直属中央的方案，早在5年前的换届时已有传闻，没有落实的原因与当时中共总书记习近平还未全面掌权有关，5年后重推方案，能收党强政弱的效果，有利习近平集权，同时，也能摆脱《基本法》约束，中央能更直接管治香港。
程翔："过去几年，习近平经常提倡毛泽东的一句话：'工农商学兵，东西南北中，党是领导一切"，那么他现在第三届连任，权力全往他一个人集中，中央会更加直接参与香港的事务。因为过去受《基本法》的约束，国务院对香港事务是不能够随意管，不能管例如教育和报纸等意识形态的范畴，但如果是由中央来管的话，因为不受《基本法》的限制，可能比较灵活，更方便他随意来管。"
程翔表示，香港事务多年来已是由中央港澳事务领导小组负责，由政治局常委主管和做决策，按目前看，改革后的港澳办，可能采取"一套人马，两个招牌"的方式运作，不算是升格扩权。
评论：港澳办从国务院转移至中央管理 为两岸关系未来关系再恶化做准备
时事评论员刘锐绍表示，香港的事务早在2003年开始，由政治局常委主管和决策，港澳办扮演执行的角色，这次机构改革若把港澳办转移到中央之下，是把地下的安排地面化，与两岸关系有机会再恶化有关。
刘锐绍："两岸问题已经成为一个国际问题，未来两岸的局势不容乐观，如果两岸发生军事的摩擦，香港跟台湾的关系，是两岸关系里面最活跃，从北京的角度看，肯定会想到香港必然牵连在内，所以现在把香港拉入中共的管理下，以更好调度或者控制香港。"
评论：若由党直接管港澳事务显示“一国两制”已名存实亡
时事评论员桑普表示，由党直接管理香港，等同废除“一国两制”，又说，在保护党和国安全为重的前提下，新安排反映香港还有特殊的价值可以被利用。
桑普："香港当然还有小部分的剩余利用价值，尤其在金融的融通方面，科技的突破锁喉的角色方面，存在一些灰色地带的角色。我不认为一国两制还是继续存在，早就已经名存实亡，香港的剩余价值，只能够是在保证党国安全下，能够好好赚钱。"
桑普表示，如果由王沪宁主管港澳事务，有可能再加强对港意识形态的管理，使管治香港的方向再推向左，专制独裁的风气会进一步侵蚀香港。
