图：1921年，金陵女子大学的毕业生，中为校长德本康夫人。
民国时，中国曾拥有一流的16所教会大学，其中13所是基督新教教会大学，分别是燕京大学、齐鲁大学、圣约翰大学、沪江大学、金陵大学、金陵女子大学、东吴大学、之江大学、华中大学、福建协和大学、华南女子大学、华西协合大学、岭南大学；还有3所天主教教会大学为震旦大学、辅仁大学、津沽大学。这16所教会大学遍布北京、济南、上海、南京、苏州、杭州、武汉、福州、广州、天津等中心城市，阵容强大。
这16所教会大学对中国现代文明的发展做出了巨大贡献。据研究中国教会大学历史的权威美国卢茨教授统计，“到20世纪30年代，16所被公认为高等学校的教会大学招收了占全中国大学生总数的10%到15%的学生。”也就是说在近百年前，这16所教会大学培养了中国十分之一到六分之一的大学生。他们中还涌现了众多的杰出人才，许多人物在中国现代史上都能看到他们的身影。
然而中共建政后，这16所教会大学却迎来了厄运，被当成文化思想、教育领域的“西方势力”和“帝国主义侵华工具”遭到清算，在1952年的“院系调整”中全部被分拆被合并被撤销。
1950年12月29日，时任中共政务院副总理的郭沫若在《关于处理接受美国津贴的文化教育救济机关及宗教团体的方针的决定》报告中，开篇就定调：“百余年来，美帝国主义对我国除了进行政治、经济和武装侵略外，在很长的时期中，尤其注重文化侵略活动。这种侵略活动方式，主要是通过以巨额款项津贴宗教、教育、文化、医疗、出版、救济等各项事业，加以控制，来进行对中国人民的欺骗、麻醉和灌输洋奴化思想，以图从精神上来奴役中国人民。”
民国的基督教大学再次被推上历史的审判台，被以“帝国主义侵华的文化工具”而盖棺定论，被判决，被清算，尽管在刚刚过去不久的抗日战争中，基督教大学是如何坚贞不屈的证明了自己患难与共的中国气节与担当，尽管他们在抗战中的牺牲与奉献曾经如何令中国感动与热爱，但这些贡献仿佛都失去了价值。
首先到来的是暴风骤雨般的“思想改造”政治运动。
“被告别”的并不只是燕京大学的老校长司徒雷登，而是所有基督教大学的校长，这些曾经在中国抗战中为国担当办学重任的华人校长们，这些在国难中被锻造出的中国卓越教育家们，不仅就此离开了他们的舞台，而且被作为“肃清美帝国主义对我国文化教育侵略”的“活靶子”，被大加批判，进而彻底“批倒”、“批臭”。
当回到美国的燕京大学老校长司徒雷登中风倒在医院治疗时，他的接班人燕京大学陆志韦校长正在发生巨变的环境中，写作揭露“司徒雷登同反动势力勾结，把持燕大校政的历史”，但即使这样对老校长“反戈一击”的揭露都被主管当局视为“轻描淡写”，作为“中国基督教教会大学之首”的燕京大学与陆志韦校长，随后就被作为中国基督教大学进行“思想改造”的示范典型，迅速被推入暴风骤雨的改造中心，由此拉开对“旧社会知识分子改造”的经典一幕，以昭告天下，以推动其他大学的“思想改造”运动。
1952年1月，陆志韦被罗织有“五大罪状”，在“全校师生员工大会”上遭到“彻底地”、“无情地”批判和揭露其把持校政、忠实执行“美帝国主义文化侵略”的“罪行”。昔日的同事、教授、学生与员工，在有关组织安排下都化身为控诉的斗士，批判的最高潮是陆志韦信赖的三个人——燕大国文系主任高明凯（陆志韦多年亲手培养提拔的教授）、燕大英语系副教授吴兴华（陆志韦最为欣赏的人才）、燕大生物系学生陆瑶华（陆志韦的女儿）登台控诉。
一幕荒诞而在中国特殊的时代特别熟悉的场景登场了，陆志韦的女儿陆瑶华“义愤填膺”地在台上控诉到：“我现在要控诉我的父亲陆志韦，他如何蒙蔽我，使我在这次运动中丧失了人民立场，欺骗了群众……”
在众叛亲离的批判风暴中，陆志韦不仅没有任何辩解的机会，反而写了一份坦白书，向组织和群众坦白自己的“罪证”：“对美帝的文化侵略，我从前只看到片面，没有认识全貌……一切痛恨的我的罪都是应当的，我承认了我的罪……我要否定我的过去，我要重新做人，望群众继续帮助我……”
陆志韦被彻底“击垮”了，陪同他一起被批判的燕京大学知名教授张东荪（燕大哲学系教授）与赵紫宸（燕大宗教学院院长）也彻底被“击垮”了。同样是这些燕京大学的教授在1941年被捕进入日本宪兵队的监牢时，都怀着坚定的信念，没有屈服，但在“思想改造”的暴风骤雨批判中屈服了，在昔日同事、教授、学生与自己儿女的“众叛亲离”全面控诉中屈服了。他们必须离开自己的舞台，从而被“思想改造”政治运动中更积极的人们所取代。
这一幕仿佛是10多年后文革的预演，直到那些批判他们的人们也被批判被“击垮”，没有人能从暴风骤雨般的“政治运动”中幸免于难。
陆志韦就此离开了燕京大学校长的位置，被调入中国科学院语言所，其他基督教大学的校长步其后尘，彻底离开了自己的舞台，而1947年就因病辞职的华西协合大学原校长张凌高，却因卷入四川民社党案在1951年被捕入狱，这位曾经为华西协和大学的发展贡献卓越的校长于1954年又以“反革命罪”判处无期徒刑，这位曾经在抗战中作为东道主建立五所基督教联合大学丰碑的校长于1955年因心力衰竭而病死于狱中。悲哉！
紧随暴风骤雨般的“思想改造”运动之后，全国大学“院系调整”登场。此时，曾经沐浴欧风美雨的中国知识分子已经被“教育”和“改造”的在“欧美资产阶级思想意识残余”的“原罪”中瑟瑟发抖，默不作声，没有任何力量去抵制任何院系的调整了。
这场学习苏联经验的所谓大学“院系调整”运动，主要是加强工科，压缩文科，理科（纯自然科学）服从工科的需要，就在1952年在全国大规模的展开了。
就是在这样的“院系调整”中，民国16所基督教大学整体被分拆，被合并，从此消失于中国现代史，被遮蔽，被遗忘。
