在台湾，莫拉克台风带来五十年来最严重的水灾，死亡人数一再增加，而军方虽然动员军人救灾，但部分在深山中的村庄道路全毁，直升机也无法降落救人，亲人还在灾区的民众心急如焚，哭喊着要求救难人员救救他们的家人。 自由亚洲电台记者容屹发自台北的报道。
虽然官方公布死亡数字一百多人，但高雄县小林村一大半住户因为土石流而遭到活埋，高雄县长杨秋兴预估将近四百多人遭遇不测，因此死亡人数可能超过五百人，同时，七千多人无家可归，整体财产损失超过新台币500亿元。总统马英九在星期五召集府院党高层召开上任以来第一次的国安会议，马英九说，这次水灾的严重程度超过50年前的八七水灾，必须以总动员方式救灾，将再动员一万名军人加入救灾，马英九在会议中提出九点裁示，要求检讨救灾体系，清楚划分中央与地方救灾权责，设置灾后重建委员会，因地制宜安置灾民，同时因为灾后重建经费过于庞大，希望立法院支持通过重建条例与特别预算案，以协助灾民回复正常生活。
马英九强调，从88水灾看到台湾人的爱心，他相信风雨生信心，多难兴邦，政府和人民将勇于承担。不过在灾害发生将近一个星期后才召开会议，马英九的做法受到舆论的批评，尤其是受害严重的南台湾，对马英九政府的救灾速度表达不满，传媒的民调更显示，南台湾民众对马英九的不满意度超过六成，形成马英九的政治生涯危机。
除此之外，传媒报导，马英九政府在水灾发生后婉拒其他国家的救援力量，虽然马英九否认，但一家传媒在星期五公布外交部在水灾发生后传送给驻外单位的公文明确表示，如果驻在国希望提供物资或派遣救援团队，请予以婉谢，总统府发言人王郁琦表示，马英九与行政院长刘兆玄都不知道外交部婉拒外援的这份公文，将针对这项疏失予以议处。
但这项曾经婉拒国际援助的公文事件曝露后，朝野立委都同声谴责，部分民进党立委要求马英九自行下台，而部分传媒也报道，一些激动的灾民痛骂马英九，甚至扬言罢免马英九。