对于中国要求日本道歉和赔偿，日本多方质疑菅直人政府处理事件的整个过程。日本民主党干事长冈田克也25日则批评中国不是民主主义国家。共同社指出，此次日中撞船事件引发的两国对立暴露出曾一度改善的日中关系的信任基础还很脆弱。
日本民主党干事长冈田克也25日谈及中国要求日本就撞船事件道歉和赔偿一事，批评称：“虽然大家都已经知道中国不是民主主义的国家，但此事让这一点体现得更为鲜明。”在此基础上，冈田要求中国冷静对待，指出“对中国而言，这也毫无裨益。我觉得许多日本人已感到失望”。冈田就撞船事件强调“日本依据法律进行了处理”，认为“就此事道歉和赔偿，让人完全无法接受。”冈田在奈良接受记者提问时表达了以上意见。
民主党政调会长、国家战略担当相玄叶光一郎当天在仙台市演讲时指出：“这成了让日本人重新认识日美安保重要性和边远岛屿防卫必要性的契机。”
共同社指出，此次日中撞船事件引发的两国对立暴露出曾一度改善的日中关系的信任基础还很脆弱。虽然日方释放中国渔船船长后事态可能渐趋平静，但是由于历史认识问题和国家制度不同，对立的火种依然存在，类似的摩擦今后甚至有可能进一步增多。日中关系曾因日本前首相小泉纯一郎参拜靖国神社而恶化，2005年4月中国各地爆发了大规模反日游行。继任首相安倍晋三06年10月转向构筑“战略互惠关系”，两国关系自此走上了平稳发展的轨道。然而撞船事件令日中关系骤然紧张