卡玫基台风造成台湾中南部地区严重水患，瞬间累计庞大雨量高达500多公厘，创下10年来罕见的记录，平原地区则有一半以上的乡镇市变成了水乡泽国，也创下10年来罕见的水患。根据中央灾害应变中心统计，到目前为止至少已有13个人死亡，8人受伤，8人失踪。农委会初步估计，农业损失已经突破3亿 1千多万元新台币。

因为豪雨，中部的南投、台中市的中区和北区、台中县的太平东势等乡镇，及高雄美浓都发生数十万户停电状况。南化水库和高屏拦河堰，因为水质太过混浊，台南有50万户、高雄有16万户被迫停水。省道、市区道路、原住民部落替代道路至少47条仍未恢复抢通。

农委会发布“红色警戒”土石流潜势溪流达304条，其中以南投县104条溪流最多。高雄县甲仙乡东安村油矿巷33之2号的土石流，造成2人死亡、6人失踪。台中市共有618处灾情，其中堤防溃决9件、土石崩落11件、路桥断裂4件、道路坍方37件。台南新营市急水溪溃堤，造成一名尼姑受困溺毙；南彰化清水岩山区爆发土石流围困约50户民宅。

另外政府出动消、警、军、民等人员计59,637人，车辆3,695辆次，抽水机等机具219台。空中救援勤务执行4件，载送伤患及灾民人数共7人，出动空中救灾人员30人次，各式航空器6架次。

马英九总统18日下午前往台南县灾情较为严重的东山乡急水溪堤防、及左镇乡菜寮溪河段勘灾。马英九对水灾造成民众罹难感到难过，他已指示陆军八军团司令要调派军力，协助抢修工作。

马英九表示，台湾每年因水患造成的损失高达新台币128亿元。地方管的河川在三年前已编列了新台币1,160元的预算加以整治，但中央管的河川编列的整治经费不算充裕，他指示爱台12建设应将治水列为优先项目，预算一到位就必须马上动工。

行政院长刘兆玄18日下午率领各部会首长前往彰化县勘灾后，承诺将补助约8千7百万经费协助疏浚、辟建疏洪道，彻底解决长年的水患问题。

刘兆玄18日下午抵南投视察了解南投市小溪桥淹水及中寮乡樟平溪毁损灾情，指示水利署及县府等单位，在最短时间内全力抢修，以保障附近居民生命财产的安全。

民进党主席蔡英文希望行政团队动起来，站到第一线，在最短时间内掌握灾情，做好救灾工作，毕竟闻声救苦是政府的责任。

民进党立法院党团副干事长潘孟安18日表示，当初水患治理特别条例及水患治理特别预算案都是在野的国民党杯葛，才延迟通过，现在国民党反过来批评治水预算执行不力，人民已淹水受苦，大家不要互相责怪，朝野应协力救灾。

根据农委会的最新统计，截至18日下午4时止，光是农作物损失金额就高达2亿2千多万，其中光是云林县的农损就高达9,836万元，台南县5,956万元，高雄县4,029万元，是农损最多的前3名县市。

卡玫基台风来袭，中南部豪雨成灾，让历经6月豪雨灾害，复耕蔬菜才刚刚可以采收，现在又全毁了。台北农产运销公司指出，彰化、云林、嘉义等叶菜类产区和高屏等花果类产区农损至少三成，菜价恐将居高不下。

此外，台企银也将推出“中小企业灾害复旧贷款”，急需资金的中小企业主可以在3个月内，检附受灾证明，向台企银提出申请，额度最高3千万，资本支出贷款期限最长15年，周转性支出最长2年，利率最高不会超过4.665%。