正如郑振铎、夏鼐等考古学家所担忧的那样,文物的保护技术和发掘意识成为了最大的隐忧。有些工作人员急于求成,仓促打开大门,致使深藏于地下三百多年的众多名贵字画、丝织品暴露在空气中后,迅速氧化,造成了不可逆转的破坏。其中,丝织品一动便成了粉末。1968年3月,吴晗双腿瘫痪的妻子袁震,离开人世。八个月之后,吴晗被迫害致死。死前,头发被全部拔光。1976年9月23日,他们的养女、22岁的吴小彦在狱中自杀。