管轶站在科学之前，不留情面揭示禽流感病毒病源隐藏在中国大陆，并指摘内地有关部门监控和防疫能力不足，矛头直指掌管禽畜的农业部。他的报告得到国际高度关注，但却令他和农业部的关系十分紧张，农业部因为他披露青海湖的候鸟带病毒，曾指摘他「泄露国家机密」，甚至要关闭他在内地的实验室。
管轶曾表示，农业部「尝试阻止我及我的研究」，农业部兽医局长贾幼陵亦非首次批评管轶，曾指管轶于青海禽流感研究样本受到污染。
管轶在《美国科学院院报》披露在南中国的家禽，带有变种福建型病毒，担心疫苗对新病毒无效，并造成全球流感大爆发危机。
讨厌政治干涉科学
他早前接受本报访问时透露，估计报告发表后，农业部一定会向他反击。但说他：「我只是把真实的科学数据向公众展示，真心为人类福祉谋幸福。」管轶手上尚有大量的数据未完成分析，他说，研究不会停止，仍会为遏止禽流感大爆发尽科学家的责任。
管轶很讨厌政治干涉科学，曾批评世卫的官员耍政治把戏，没有派出最适当的专家到各地对抗疫情。《时代》杂志选他为「禽流感猎人」时，管轶说：「我做这些事，是为了全世界。第一次，人类有能力阻止一场大瘟疫，究竟我们可以拯救多少生命？」
力促屠宰果子狸遏止SARS
83 年在江西省医学院毕业的管轶，至93年加入港大，96年与港大前任教授邵力殊研究中国地区猪流感。在97年本港爆发全球首宗H5N1后，他便专职禽流感研究。在03年SARS期间，管轶率先在深圳出售的果子狸、貉和獾身上，找到SARS病毒，找出播毒元凶，力促屠宰果子狸以遏止疫症。
管轶的研究文章多次获国际权威学术杂志《刺针》及《自然》刊登。
研究刊于权威期刊
刊出港大微生物学系教授管轶今次受争议的研究的《美国国家科学院院报》属于学术界权威，刊载的文章常被学者引用，根据反映学术期刊地位的ISI Essential Science Indicators，该刊载文章在94至04年间被学术界引用的次数排名第二，约134万次，在《自然》及《科学》之上。
《院报》于1914年创刊，属多学科期刊，专攻实验研究，包括生物、物理、社会学科，当中以生物医学为多。《院报》的主编是Randy Schekman，是加州柏克莱大学分子细胞生物学教授。
投稿程序方面，编辑委员会、美国科学院会员等人选出11名有关范畴的专家，投稿者须经当中部分人审阅评论，最后由编辑委员决定是否刊载。
港大实验室地位受损
港大医学院微生物学系自97香港爆发全球首宗禽流感后，一直钻研禽流感病毒的特性和变种趋势，该学系的实验室更是目前世卫组织在全球指定的7个专责确认人类感染H5禽流感病毒个案参考实验室的其中之一。是次国家农业部和卫生部高调批评港大微生物学系的研究理据和科学性和可信性，实验室的国际声誉及国家对其信任亦受影响。
中国代表陈冯富珍刚当选世卫组织总干事，据了解，中国的医学科研单位会否被推荐成为推行世卫工作的协作中心(Collaborating Centre)，除了世卫的邀请外，亦很视乎中央政府是否的批准，香港与中国虽然一国两制，但在世卫的名单中乃隶属中国之下，故香港的医学科研单位能否获批准成为世卫的协作中心，仍要中央支持。
有消息指，是次港大微生物学系的研究被国家农业部及卫生部高调反驳，狠批其不科学、无理据、不真实，一定程度削弱了国家对此实验室的信任，「或者较难获国家支持成为世卫协作中心」，其国际声誉亦受一定影响。
至于此事会否影响内地跟港大「新发传染性疾病国家重点实验室」的合作，熟悉北京政情人士表示，「应该不会」，因为自SARS爆发后，无论是广东省或中央卫生部与港大的合作都十分良好，而今次的回应主要是针对管轶。
