值得注意的是，虽然周正毅入狱16年已成定局，但有关判决始终未交代他与上海社保基金案、“东八块”土地开发案之间的关系。
《星岛日报》报道，上海市高院对周正毅案二审处理非常低调，21日晨开庭前只在法院外的电子报告牌上公示，而未把有关讯息在高院网站公布。周正毅案一审时聚集在法院外的大批上海拆迁居民，当日均未现身。
整个二审过程约一小时，上海高院指出，原判认定周正毅所犯数罪“事实清楚，证据确实、充分，适用法律正确，量刑适当，审判程序合法”，维持对周正毅监禁16年的判决。但周正毅的大姐夫邵金宝代表家属对这一判决结果表示“很震惊”。他称在上诉前曾请教了近二十位国内司法权威，认为挪用资金罪、虚开增值税发票两项罪名不能成立。
周正毅的姐夫当日表示，“我们肯定要申诉到底，不把周正毅的冤案，弄个水落石出，绝不会罢休”。他又说，周正毅正在狱中绝食抗议，“他没有吃过一顿饭，都是靠吊营养液来维持”。当日开庭时周正毅“瘦了很多、憔悴很多”。目前家属暂未考虑为他申请保外就医。周正毅的代表律师表示，将根据周正毅亲属的要求，起草一份法律申诉书。
据悉，这是周正毅第二次入狱。周正毅虽然已被两次起诉判刑入狱，但两次均没有涉及任何上海主要官员，和外传周正毅涉及不法的情况相差很大。
官方新华社当日上海发稿，指出仔细剖析周正毅案，可以清晰地看到一个“问题富豪”的“资本魔方”。
报道指，1997年12月，周正毅注册成立上海农凯发展（集团）有限公司，担任法定代表人、董事长。从1998年到2003年，农凯集团先后设立、收购了十多家关联企业。为了获取银行贴现资金，周正毅大搞虚构交易。从1999年1月到2003年5月，周正毅安排农凯集团旗下各关联企业虚构购销合同，进行电解铜的循环交易，再用交易之名到银行贴现。
审计报告显示，农凯集团及其关联企业实际购销电解铜14.86万吨，最后形成账面购销的电解铜则达到199.7万余吨。其间，农凯集团旗下企业共计虚开增值税发票4.02万份，形成245个循环。农凯集团用这种手段向银行贴现84.22亿余元，扣除利息后实得82.3亿余元。
此外，周正毅、唐海根、翟世强等人挪用英雄股份的资金2.065亿元，直到案发前都未退还。在案件审理期间，周正毅才退出全部挪用资金。
1997年前后，黄锡熊是上海商品交易所总会计师、上海期货交易所结算部负责人。为了筹措资金进行股票交易，周正毅多次向黄锡熊行贿。2001年，周正毅以“周振毅”的名字购房，一次付款100余万元，“借”给黄锡熊使用。还送给黄锡熊一对“雷达”牌石英电子表、价值2万元港币。黄锡熊对周正毅也是投桃报李。光是2001年5月到8月，上海商品交易所、上海期货交易所的1.7亿元资金转到农凯集团控制的账户上，由周正毅用来炒股。
2001年春节前夕，福建兴业银行上海分行行长助理王沪军应邀来到周正毅办公室，周正毅拿出一个纸袋交给王沪军，其中有40万元人民币现金。当年3月到12月，农凯集团关联企业上海海鸟电子股份有限公司就违规获得银行贷款9亿元，其中4.6亿元被用来炒股。
