担心香港民主抗议运动影响 大陆，中共加大维稳力度，宗教团体被中共视作危险因素遭到严厉打压。
在香港反送中运动中，许多香港基督徒走上街头，帮助、支持抗议者，并谴责警方的暴力，基督徒与追求民主自由的人们都被中共视为敌对势力。为了遏制香港民众争取民主的精神对大陆产生影响，中共对其认为「不稳定」的领域加大了管控和打压力度，宗教团体首当其冲，甚至一些官方管控的三自教堂也难逃整治。
多处三自教堂的许可证被没收
「你还想办证，我们昨天刚开会，上面有规定，全部教堂都要停止聚会，要关门。」10月28日，江西省赣州市安远县宗教局一官员告诉一名试图申请办证的三自聚会点负责人无法给他办证。该官员还称香港有很多基督徒参与「暴乱」，基督教是西方国家传过来的，怕大陆信徒跟香港、美国有联繫，所以教堂不可以聚会。
10月底，该县孔田镇一处三自教堂的《宗教活动场所登记证》被政府没收，随后，该教堂门口被贴上了停止聚会的通告。
与此同时，该县天心镇、凤山乡、车头镇的三处三自教堂的《宗教活动场所登记证》也被政府以「重新审核」为由没收，并贴上停止聚会的通告。
孔田镇一处三自教堂被停止聚会的通告
天心镇三自教堂被停止聚会的通告
车头镇三自教堂停止聚会的通告
10月下旬，湖南省沅江市一处有合法证件的真耶稣教会也遭当地政府打击。一名当地派出所所长称真耶稣教会的总部在美国，现在美国与中共不和，并以香港为例，称美国会煽动信徒与中共政府对着干，因此要加大力度管控教会。
之后，当地政府人员将该教会聚会所外牆上的「真耶稣教会」几个字强行拆毁，并禁止该教会与美国联系。
10月29日，江西省九江市武宁县宗教局的人以香港「暴乱」有基督徒参与为由强行将一处三自聚会点的十字架、「基督教堂」的字和所有宗教标志全部拆除。事后，只剩一面五星红旗高耸在教堂顶端。
教堂的十字架、「基督教堂」的字被拆前后
严禁信徒赴香港听道
为防止大陆宗教人士通过宗教交流等途径受到香港民主运动影响，持有港澳通行证的宗教人士也遭到政府管控和打击。
8月下旬，湖北省襄阳市一名家庭教会牧师突遭警方拘捕、关押。据知情人透露，该牧师被抓跟香港事件有关，而且他有出境证、护照，曾去香港参加过宗教聚会。该牧师被捕后，其家属前往探视遭拒绝，家属表示对他的健康十分担忧。
9月底，江西省赣州市一处家庭教会传道人和一名该教会负责人遭到国保局传唤，国保人员勒令他们签署不去香港的保证书，并没收了他们的港澳通行证。
江苏省徐州市两名家庭教会信徒办理了港澳通行证，计划于国庆期间赴香港听道。10月1日，这两名信徒遭到警察威胁称「只要去香港，立马取消一切福利待遇，还得蹲监」，并强调一旦去香港就是与共产党作对，属「反共势力」。
