“焚书坑儒”可以说是秦始皇被称为“暴君”的重要罪行之一，一直以来关于“坑儒”中的儒生，到底是指儒士，还是术士，目前仍有争论，更为要命的是，《史记》关于此段的记载，并未准确指出坑杀目标。因此，要搞清秦始皇坑杀的到底是什么人，我们目前只能根据秦始皇“坑儒”的原因进行推测。
秦始皇“坑儒”的原因，术士逃走后非议朝政
秦始皇为何要“坑儒”，这件事情还得从秦始皇“焚书”事件讲起。彼时，由于秦国推行中央集权统治，地方官员直接由中央朝廷派遣，而当时又没有诞生出配套的官员选拔制度，因此便等于断送了法家以外学子的上升通道，自然引起了大量知识分子的反对。
秦始皇为了解决这个问题，秦始皇设立了“博士”职位，以各学派声望卓着的士子充任，虽不具有实权，却可以参议朝政。不过，此举虽然一定程度上缓解了矛盾，但显然无法令各学派士子满意，因此虽有不少人充任博士，但态度却极为怠慢，参议朝政时一言不发，却又在私下对朝政议论纷纷。
秦始皇三十四年（前213年），秦始皇在咸阳宫摆酒设宴，七十余位官吏、博士上前献酒颂祝寿词。在仆射周青臣上前歌颂了一番秦始皇的功德后，齐人淳于越上前，然而他非但没有称颂之意，反而对秦始皇的中央集权制再次展开抨击，并重提分封制。
博士齐人淳于越进曰：“臣闻殷周之王千馀岁，封子弟功臣，自为枝辅。今陛下有海内，而子弟为匹夫，卒有田常、六卿之臣，无辅拂，何以相救哉？事不师古而能长久者，非所闻也。今青臣又面谀以重陛下之过，非忠臣。”《史记·秦始皇本纪》
秦始皇虽然对于淳于越的言论极为反感，但却未当场斥责，而是交由朝臣廷议，结果丞相李斯上前不但对淳于越的言论予以了驳斥，同时提出了着名的“焚书”建议，即将除秦国史书之外的列国史书，以及除博士官保留的《诗经》、《书经》及诸子百家之书全部焚毁，医药、卜筮、农业等技术类书籍不在焚毁之列。李斯的这个建议其实就是以暴力手段达到思想的统一，从而防止这些知识分子随意在街头巷尾非议朝政，而面对这个提议，秦始皇最终表示了同意。
然而，就在秦始皇下令焚书的次年，颇受秦始皇重用的侯生、卢生两位术士，不仅逃走了，而且在逃跑之余，还说了一大堆非议秦始皇的话，结果再度触怒秦始皇，“于是使御史悉案问诸生，诸生传相告引，乃自除犯禁者四百六十馀人，皆阬之咸阳，使天下知之，以惩后。”（《秦始皇本纪》）
关于秦始皇下令坑杀犯禁者四百六十余人的原因，《秦始皇本纪》中有着明确记载，“卢生等吾尊赐之甚厚，今乃诽谤我，以重吾不德也。诸生在咸阳者，吾使人廉问，或为訞言以乱黔首”，也就是说促使秦始皇动了杀心的，并非术士的逃跑，而是他们再度对朝政尤其是自己本人的非议，这才诛杀犯禁者以儆效尤。
秦始皇坑杀的犯禁者，到底是儒生还是术士？
从以上记载不难看出，“坑儒”事件虽然是因侯生、卢生两位术士的逃亡所引发的，不过这个“犯禁者”到底是指儒生还是术士，至今却仍然存在着争议。
一种观点认为，秦始皇坑杀的就是方士。这种观点认为，既然“坑儒”事件是因侯生、卢生的逃跑引发的，那么秦始皇一怒之下，坑杀当时还在咸阳的所有术士，也就在情理之中了。毕竟，当时秦始皇为寻找长生不老药，不仅花费了大量金银钱财，且对这些术士极为礼遇，如今这些术士不仅逃跑，还敢非议朝政，自然会惹怒秦始皇，且《史记·儒林列传》中明确有“坑术士”的记载。例如着名文化学者王立群便是持这种观点。
第二种观点则认为，秦始皇坑杀的乃是儒士。而这种观点同样分为两派，其中一派认为术士的“术”乃是通假字，“术”通“述”，而古代学者遵从孔子的“信而好古，述而不作”的信条，学述（学术）而不自造作（创作），因此儒生也可以被称为“述士”。另外一派则认为，犯禁者显然是指那些违反了前一年“焚书”制度，私下抨击朝政和私藏书籍者，而这些人主要便是以儒家学派为主的知识分子，因而虽然引发事件的是术士，但被诛杀的却是儒生。
第三种观点则认为，术士和儒生皆有。这种观点认为，既然秦始皇诛杀的是“犯禁者”，那么自然不会太过重视学派划分，而是以其是否违反禁令为标准，因此不论认为坑杀术士还是坑杀儒生都太过绝对，因而认为秦始皇坑杀的既有儒生，也有术士。例如《大秦帝国》作者孙皓晖，便持这种观点。
而在以上三种观点中，个人认为第三种观点最为合理，“坑儒”事件虽然是由术士引发，但其实“坑儒”事件可以看作是“焚书”事件的延续，且让秦始皇做出坑杀决定的，仍然是违反“焚书”制度者，因此应该是既有术士，也有儒生。
