抗日战争时期，江西省政府主席熊式辉为了发展地方教育创办中正大学，为此蒋介石拨出200万元作开办经费。起初，熊式辉想请晏阳、蒋廷黻或吴有训担任校长，最后因为籍贯等原因，才选择了胡先骕。
对于这件事，胡先骕在1952年思想改造运动中交待说：“那时陈立夫本来是想任命吴副院长（吴有训）去做校长的，而我却是蒋介石所特别赏识的人，我对于做官没有兴趣，此次却做了第一任纪念国民党领袖的大学校长，我是引以为荣的，所以我便毫无迟疑地接受了这个任务。”
中正大学是1940年10月31日正式成立的。据中正大学的学生回忆，开学那一天，胡先骕“身着马褂长袍的中装礼服，鼻梁架著一副宽边玳瑁眼镜，上唇还蓄着一小撮希特勒式髭须”。
一周以后，他在周会上对大家说：“在国外的知名大学，如牛津、剑桥，学生们是很难见到校长的，在校四年，一般可能只有两次见到校长的机会；一次是始业典礼，一次是毕业典礼。今天，诸生能够如此轻易地见到我，这是你们毕生的荣幸。”
周会结束以后大家议论纷纷。有人说：“哇！好大的口气！”有人说：“从来没见过这么自负的人！”也有人说：“我们的校长率性得可爱！”
胡先骕说过：“英国有句格言，牛津大学拔了刀，全国跟着跑。我要做到中正大学拔了刀，全国跟着跑。”为了实现“名人名校”的办学理念，他先后请来蔡方荫、俞调梅、戴良谟、张闻骏、周拾禄、叶青、雷洁琼、王易、欧阳祖经、姚名达、王宗和、刘干才、潘大逵、卢润孚等人担任教授。有一位名叫郭善洵的学生后来赴美国留学，最终成为知名的电脑专家。1978年他应邀回国讲学，留在国内的老同学问他改行有没有困难，他不假思索地说：“当年正大有那么棒的老师，使我大学四年学到的专业基础理论很扎实，后来虽一再改行，毫无困难。”
中正大学建校之初，拥有三院九系，即文法学院的经济系、政治系、社会教育系，工学院的土木系、化工系、机电工程系，农学院的农艺系、畜牧兽医系、森林系，另外还有一个研究部。第二年，文法学院增设文史学系，农学院增设生物系。胡先骕是生物学家，他本人有深厚的文史修养，因此非常重视文史研究。可惜在52年院系调整的时候，被肢解得四分五裂。
胡先骕认为，中国在物质生产方面远远不如日本，之所以能够长期坚持抗战，完全是因为有一种同仇敌忾的精神。为了赢得胜利，他向学生们提出五点要求：
一、尽管我们周围有许多不法奸商和贪官污吏还过着纸醉金迷的生活，但无论对国家还是对自己，那都是一条自取灭亡的道路。因此醉生梦死的生活方式必须改正。
二、为了抗战胜利，我们在心理方面要养成坚忍不拔的自信心和奋发图强的进取心，在生理方面在养成整齐清洁、守时守信的作风。
三、人总有一死，与其默默无闻地生，不如轰轰烈烈的死。因此，苟且偷生的习惯必须革除。
四、不要贪图过分奢侈的生活，更不要以不正当的手段获取非法报酬。汪精卫、周佛海等人都是为了追求名利、贪图享受才沦为汉奸的。因此，自私自利的企图必须打破。
五、好高骛远、向往革命是青年的通病。因此，那种纷歧错杂的思想必须纠正。
另外，他在《如何获得丰富快乐之人生》的演讲中对学生们说，“物质享受是一种低级趣味”，现在许多人求学的目的不是为了精神的需要，而是为了找到一份好工作。这种人的志向未免太低了，将来也很难获得丰富快乐的人生。
胡先骕指出：“古今中外名人乐于过简朴生活的，不胜枚举。”中国古代圣贤所谓“一箪食，一瓢饮”，所谓“朝闻道，夕死可矣”，与古希腊人追求真善美的精神是一致的。所谓真，就是真理，它包括精神上的真理和自然界的真理。前者有中外先哲留给我们的遗产，足够一生去研究；后者的范围广阔无垠，也足够我们毕生去探求。至于美的欣赏和善的修养，也完全可以充实每一个人的生活，使人生充满快乐。
1943年上半年，中正大学爆发学生围攻报馆和省党部事件，迫使省党部主任越墙而逃。蒋介石闻讯后非常生气，责令严肃查处此事。为此，陈立夫和朱家骅先后来到中正大学，正在重庆的胡先骕也赶回学校。
在详细了解情况以后，胡先骕以“教育无方，责任在我”为由提出辞职。为此学生感动地说：“校长不惜以崇隆名位作了牺牲，来保全一群该受到严厉的、甚至开除学籍处分的学生；就像一只慈爱的老母鸡不顾自己的安危去庇护一群小鸡仔一样。”
胡先骕辞职以后仍然非常关心教育。他认为“大学教育，既贵专精，尤贵宏通”。但是如今的“大学教育在过度专业化积习之下，遂造成无数未受宏通教育之专家”。这些人的专门学问也许还不错，但是“高等常识，一般学术上之修养，则太嫌不足”，其中又“尤以学应用科学如农工医商者为甚”。
他还指出：“今日医学界之专业化，实为人类之灾难。”他告诫大家：欧美大学之所以重视“自由教育”，就是基于这个道理。为此他提出：“将专业课程之修习时间大为减少，而将自由选课之时间加多，……以收‘自由教育’之效。”
与此同时，他还抨击“速成”教育的思想。他说求学不仅仅限于大学四年，而是一辈子的事。只有“愿献身数十年潜修学问，以谋国利民福者”，才能充当政府的首脑或顾问。胡先骕的这些思想，无论在当时还是现在，都具有重要的指导意义。
2021-11-1
