另一个与爪哇人相同，常常出现在生物课本里用来强力阐述进化论的例子即为「灰斑蛾与黑蛾」。教科书上通常会展示一组对比图：一只停留于灰色树苔上的灰斑蛾和一只停留在黑色树干上的黑蛾。并且解释这一种类的桦尺蛾主要生活在英美，只在夜间飞行活动，白天时则隐藏于树干上有苔藓的部位，所以一般情况下，灰色的斑纹成了有利的保护色。但是当工业化生产带来的污染熏黑了树干，杀死了树干上的苔藓生物后，灰斑反而使这些蛾暴露无遗，成了飞鸟的美餐，于是黑蛾就因为其保护色的优势而进化成为主要群体。当空气净化法案通过后，灰色的树苔又生长起来了，灰斑蛾重新拥有了保护色的优势，于是又淘汰了黑蛾。就这样爱吃蛾的飞鸟也因为被蛾的保护色施了「障眼法」，理所当然地，飞鸟的捕食就成为这种自然选择的驱动力了。
这个发生在几十年时间里的蛾的颜色的变化成了进化论倡导者非常有力的「完美」的论据。多少代的生物学家们都普遍地接受和相信着这个例证的完美，然而如同前面章节所提到的皮尔当人一例，最近有科学家也发现这是一个类似的缺陷实验，因为这张对比图并不是真实生态图，图中的飞蛾不是活的，而是特意把死去的蛾黏在或钉在树上而拍摄出来的。麻州大学的萨节特博士（T. D. Sargent）认为这个实验实际上是建立了一个人为的环境条件，飞蛾并没有在它们自然选择的环境中，于是实验中的飞鸟很快就意识到它们被提供了一顿免费午餐。而且在真实环境中，这些蛾的栖息模式几乎不曾停留在树干上，而是更喜欢隐藏在高处树冠下的树杈上。
芝加哥大学的康内博士（J. A. Coyne）在一九九八年对《Melanism: Evolution in Action》一书作的评论中写到：「当我得知这张对比图中的飞蛾是刻意安排的，我的失望和悲哀就像六岁时发现每年准备圣诞礼物给我的是我父亲而不是圣诞老人。」
韦尔斯博士（Jonathan Wells）是西雅图的发现学院(Discovery Institute )的生物学和宗教学专家，他认为这个灰斑蛾和黑蛾的例证不应该再写入教科书。他说：进化论生物学家对于这些进化案例是言过其实了。教科书低估了这个例子的复杂程度，虽然无法判定著名的飞蛾对比图是刻意欺骗，但也是误导了读者。
确实，在英美，灰斑蛾被黑蛾所取代正好吻合了人们意识到工业和空气污染严重性的时候，而黑蛾被灰斑蛾所淘汰的时期又恰好同步于空气净化法案的通过。但是在其它一些地区，实际上灰斑蛾在树苔又重新生长起来之前就取代了黑蛾成为主要的种类。也就是说，灰色树苔的保护色作用很可能被夸大了。
因此当我们再仔细思考一下，就会产生更多的疑问：
1. 飞鸟是否仅仅根据颜色来识别捕食飞蛾?
2. 生物学家对这些飞蛾的生活习性能否全盘掌握？
3. 空气净化法案的通过可能减少了工业生产造成的黑烟，但是，那是空气净化的唯一指标吗？
4. 空气、水源和环境的污染目前仍然是人们深深忧虑的大问题。水源的污染，或其它环境因素的破坏和飞蛾不同种类的兴衰没有关系吗？即使是从基因突变的角度来看，有众多的环境因素都可能带来各种各样的突变。
5. 如果飞鸟捕食是这个例子中进化的推动力，空气污染是主要的外在因素，那么在许多环境污染很严重的地区，为什么没有发现其它同样模式的例证？
进化论的三大经典证据现在已经受到广泛的质疑：比较解剖学被认为是逻辑混乱；胚胎重演律被认为是观察错误；古生物学上的新发现也否定了进化时间表。现在，这个现代进化论最引以为荣的灰斑蛾和黑蛾的例子也是阴影重重。
也许将来人们最莫明其妙的是这样一个漏洞百出的假说是如何登堂入室的了。
一些有趣的问题
有一些自然生物现象明显的违背了提倡进化论者提到的「适者生存」、「用进废退」学说，大家看了这些例子，对于进化论，或许也能自己做出正确的判断。
章鱼的大眼睛
生活在深海中的两种动物，章鱼和乌贼，牠们每天待在漆黑的环境中，大部分跟牠们生活在同样环境的鱼类都是盲眼的。奇怪的是，章鱼和乌贼的眼部构造，竟然与人类的眼睛大致相同。依照「用进废退」假设，牠们实在用不着这双大眼睛。按照「适者生存」理论，牠们这双眼睛并不会增加生存竞争力，因此这个例子刚好说明了进化论的假设错误。
毫无竞争力的寄生虫
寄生在羊肝中的肝吸虫，母虫每次产卵约一千五百万个，卵会随着羊只的粪便排出。牠的繁衍方式很特殊，必须有一种蜗牛爬过，卵附着上蜗牛，经由蜗牛移生于植物上，再由羊只吃下植物，回到羊肝中繁殖。在此过程中，一千五百万个卵大约只有十多个卵能存活。这种繁殖过程，在物竞天择中应该不容易与其它物种竞争，但是肝吸虫几百万年来，都是用相同的方法繁殖。
慢吞吞的树獭
生活在澳洲树上的树獭，行动非常缓慢，排泄时必须爬到地上来，虽然它在土地上的排泄有助于增加树木的养份，但是由于它行动缓慢，地面上的捕食者很容易伺机将其捕捉。有很多动植物的繁殖、生存过程，都有类似这样不合理的情况，按照物竞天择的说法，应该很容易被淘汰。但是这些动植物早已生存很久了，而且许多动植物的生理结构在百万年间都没有重大改变。
始祖马的疑问
人们常常引用马的进化作为循序渐进的例子。据说在始新纪的岩层中发现了一种叫做始祖马的小种四蹄兽化石，于是，有科学家宣称它是现代马的祖先，认为它的特征与现代马相符，表示了一种渐进的进化形式。然而，目前发现的考古证据并不完全支持这个观点，由于以下原因，我们还不能肯定始祖马就是现在马的祖先。
1. 有科学家解释说，始祖马的体形比现在马小，可见它是逐渐由小到大，进化到现在马的体形。这种说法显然不合理，因为今天存在的马种仍有大小之分，比如迷你马比一般的马小很多。
2. 始祖马和现代马都同样有十八对肋骨，而人们认为是中间形态的一种马（学名Orohippus）有十五对肋骨，同时另一种中间形态马（学名Pliohippus）却有十九对肋骨。
3. 始祖马的骨骼结构与现代的蹄兔相当类似，这一点人们并没有完全认识到。一些科学家相信，始祖马与马毫无联系，它可能是蹄兔的变种。
总之，化石证据并不能说明生物由低等到高等的进化理论；相反的，许多高等动物的化石往往突然间出现在某个岩层里。生命的起源究竟是怎么回事，多年来仍是许多科学家不解的疑惑。