马新贻被刺时的身份是两江总督。首先搞清楚这是个什么官儿？清末的两江指江南省(包括今天的江苏、安徽两省及上海市)和江西省，两江总督的职能是不仅是这两省的行政最高领导人，而且也统管军政，属于清朝最高级的封疆大吏之一了。 这样一个人物，在当时被刺，可谓举国震惊。试想，今天的一个省长被刺身亡是什么概念？而实际上，当时两江总督的重要地位相当于今天多位省长合一块。 行刺的恐怖分子，名为张汶祥，此人的结局是被处于最残忍的极刑：凌迟，身上的肉被一块块割下，据记载，“张受刑时自始至终没有呻吟呼嚎一声，而且两目圆睁，怒目相向，其桀骜不屈，气得马新贻的弟弟巴新佑直叫：‘挖出他的眼睛’待到四肢己被寸磔完毕，才开始破腹摘心，张文祥始气绝，其受刑之惨，真可谓亘古未有！行刑者事后都不禁佩服张文祥“行刑这么多年，还从没有见过像张文祥这样的硬汉！”时人都认为张文祥是元、明以来六百年间出现的第一位刺客。” 留给世人的迷团是，张文祥跟马新贻之间有什么深仇大恨，对其如此杀之而后快？关于这个“作案动机”到底是什么，因为出现的版本太多，也就成了永远的迷团：
官方公布版本：
案发后，清廷派出了审案阵容强大，最后得出的调查报告却很是不合常理话说张文祥是一河南农民，远走江南做生意，期间先后参加过太平军和浙江海寇团伙，但这些都不是张与马结仇的直接原因，直接原因是张的妻子被一名叫吴炳燮的人占了，张去找马拦轿喊冤，马却当成小事，没有替他办理。张被海寇团伙一激，便允诺要去刺杀马。其后又因张文祥开的押店（高利贷）被政府明令禁止，更加深了张对马的恼恨，开始切实地实施刺杀计划。
可信度分析：这一版本里的杀人动机明显不够充分，如果告状不通就要杀人，似乎说不过去 。如果因为老婆被占而要杀人，那张首先应该杀的是占了他老婆的吴炳燮，而不是马新贻。而如果因为自己从事的营生行当被政府禁止要杀人，就更说不过去了。
清廷官员泄露版本：
当时参与审理的一些官员在其它的言谈与笔记中也无意地揭露了一些细节，可以拼贴成另一个版本的刺马。话说张文祥是一捻军小头目（捻军是当时一支农民起义军队），在一次攻战时，被马新贻包围，马将一百多名捻军战俘全部坑杀，自此张与马结下血海深仇。格外值得注意的是，马新贻及护卫时金彪也曾落入张的战俘之中，但张文祥是个好人，时金彪谎称自己为河南贫民，张见是同乡，又是因为贫民而被迫从军，所以误放了时与马，临行之前，还赠了钱和马匹给二人。据说后来又有一次，时金彪被张的军队抓住，此人故技重演，居然又让张给放了，又给了他钱，可见张真是一个大好人。
张在捻军失势后，找到了结拜兄弟邱材青、龙启云，在浙江沿海结寨。当太平军打到浙江时，张加入了太平军，邱、龙留守石寨，哪知石寨被马新贻围剿，那个吴炳燮在这个版本中变成了寨中的叛徒，当然，他还将张文祥妻子罗氏霸占了，张听说，山寨己失，兄弟被杀，妻子被抢，但发誓一定要报此仇。
可信度分析：这一版本里最重要的细节是，马曾是张的俘虏，据说在张文祥最早的供词里面曾说到“早知当年捉住的就是马，当时就要杀了，绝不会让他活到今朝！”当他说到这一段时，官员们都惊了，因为按清末的法律，当了俘虏的官员会受到很严厉的法律处罚，而马却掩瞒了这一点，当上了大官，为了顾及朝迁的名誉，这一段肯定不能公布出来。
另外，在这一版本里，这个叫吴炳燮的，将张文祥的妻子拐走后献给了马新贻作小妾，所以，马羁占的不是什么二哥的老婆，而就是张文祥的老婆。
这一版本是疑点是，张文祥在把马抓住之后是不是真的只是将他当成一个贫民误放了？如果张真是那么好心的话，那战俘里的贫民企止这俩个人，当兵的多半是穷人出身 ，没有理由只单放时金彪和马。这里面有没有什么其它的原因呢？而民间的版本里，则为这个“放人”找到了更为合理的解释。
民间版本：
民间版本与后来张彻的版本最为接近，稍有出入的是，马依然是被捻军中张文祥所在的这一支俘虏了，因为捻军内部正四分五裂，所以张文祥早就想改换门庭，马趁机遂服张投靠朝庭，当时的张有两个兄弟：曹二虎和石锦标，于是四人一同结拜，投告清军，这之后发生的事情则与张彻版刺马中发生的相差无几，马新贻的官越做越大，对昔日的几位义弟也渐渐看不起，又因为看上了曹二虎妻子，便将曹加害至死，张于是为兄报仇。
可信度分析：很多人认为这一版本很符合大众口味，将一桩案情赋与了情杀的色彩，将官员的形象彻底负面化了。但是很奇怪的是，为什么上面那个版本里，被霸占的是张的老婆，而这一版本里，却是曹二虎的老婆呢？
据说，在马死后不久，马府里一曹姓小妾自缢了，是不是因为这个小妾姓曹，就出现了一个传说中的曹二虎呢？
这一版本的疑点当然更加突出，如果张是马招安的弟兄，那马手下应该有很多人是认识他的，这个人物的底应该是很容易调查出来的，不至于在经过那么多官员的调查后，这个人的身份还如此纵说纷芸。
历史学家推测版本：
这一版本里虽然没有再具体推测张的具体杀人动机，却将这一事件与当时大的政治环境挂靠在一起，张的刺杀成了湘军主使 ，而刺杀马，则是因为以汉人为主的“湘军”要给清廷一个严重的警告。清末因为太平天国等众多农民起义，清廷不得不借助汉族地主的力量，曾国藩领导的湘军便是其中最厉害的一支，但是随着湘军力量的扩大，也打出了“兵为将有”的旗帜，使得清廷对他们充满担心，而将马新贻这样一个并没有太高资历的官员升为两江总督，就是朝廷为了削减曾的地方势力而作出的任命。另外，任命马作两江总督还有一个重要的作用，就让他清查湘军在剿灭太平天国时私吞的巨额库银。这一说法，无疑折射出当时湘军与清廷之间微妙而紧张的关系。而如果真哪历史学家推测的，这是一桩政治谋杀案，那回到第一版本，朝廷对内幕的刻意粉饰，则是有理由的了。
可信性分折：史实上支持这一版本的“可疑点”最多，比如，马在死前曾被慈禧招回京，史书记载，马出来时朝服浸润，大汗淋漓，非常恐慌。马新贻上任前，专门回家省亲，临走时，交待他的两个兄弟，此去赴任吉凶难料，一旦有什么意外，千万不要进京去告状，只求自保。马新贻死后，他的一个兄弟还非常不甘心，进京去了解情况，不料到京不出三天，就暴毙而亡。
另外，审理马案的许多官员在案后也神秘的隐退，这也令人感到非常可疑，更为重要的是，其中一个叫颜士璋的官员，在审完此案后写了一个《南行日记》，其中就清楚提到，马新贻被刺一案，实际上是政治谋杀，清廷让马新贻上任，实际上是给湘军颜色看，而马新贻被刺，则是湘军在给朝廷了一个颜色。