据台湾媒体报道，准阁揆刘兆玄公布第二波内阁名单，总共十八位阁员好几匹大黑马出现，其中最大黑马则是陆委会主委由台独色彩浓厚的前台联立委赖幸媛接掌，引起深蓝支持者的激烈反弹。蓝营立委丘毅说:"这无疑是在回教徒面前吃猪肉"，大骂出主意的人脑袋不清楚，而在大陆经营的台商更是感觉错愕。
出掌陆委会的赖幸媛是李前总统幕僚出身，因此外界揣测马英九的两岸关系将延续李登辉路线。
才刚结束大陆访问行程，听到海基会的上级陆委会主委将由台联立委出任，江丙昆表示看好，他说:"个人的想法每个人都有，但如何完成整个行政院或者是马先生的两岸政策才是关键。"此话表示赖幸媛将在某种程度上作出妥协，陆委、海基两会可能一个扮黑脸一个扮白脸分工合作。
不过这样的安排让在大陆经营的台商很错愕，怕两岸之间的波澜影响自己的经营，但同时也不认为赖婞媛上台两岸政策会有大变动。
可能看到争议过大，马英九本人今天亲自为赖幸媛背书，说台独色彩浓厚的赖幸媛现在支持"一中各表"，而赖幸媛自己则表示"要用实践来证明一切"。
有分析认为马英九让赖幸媛出掌陆委会主委一职，是有意为蓝营一面倒的"中国热"踩煞车，才亲自向李登辉借爱将。而面对现在对大陆"多头马车"的谈判管道，到底谁说了算?马英九也亲定规则说:"代表政府的只有陆委会和海基会，这点是非常清楚的。海基会也要在它授权范围内(陆委会)才能代表政府。"
至于有人批评赖幸媛的独派色彩，马英九亲自为她背书:"她过去是台联的党员，但她并不支持法理台独，他也可以接受‘一中各表’，而且这各表就是‘中华民国’。