马大龙说，三鹿集团“新一代婴幼儿配方奶粉研究及其配套技术的创新与集成项目”曾获得过2007年度国家科技进步奖，随后相关产品却被查出含有过量三聚氰胺。马大龙称，“这一现象损害了国家科技奖励的尊严，暴露出当前科技奖励制度的某些弊端。”
马大龙剖析，由于我国科技奖励体系依附于行政体制，带有浓厚的行政色彩，难免受到行政干预和部门保护主义的影响。一些科研人员一方面不得不频繁地从事 “ 成果包装”、“人情公关”等事物，另一方面又在拼命追赶科研进度，长期处在这种状态下的科研人员身心疲惫，连专心从事科研活动都难以做到，更别说创造出一流的成果。