随着薄熙来的仕途告终，人们都在呼吁平反薄制造的冤案。不过薄熙来最大的冤案应该算是迫害法轮功欠下的血债。据〝追查迫害法轮功国际组织〞的证据显示，从99年中共开始迫害法轮功以来，薄熙来所到之处，都是迫害法轮功最严重、手段最残忍、死亡人数最多的地区。
薄熙来在倒台之前，因迫害法轮功，涉嫌〝群体灭绝〞和〝酷刑罪〞已在全球十二个国家遭到刑事控告和民事起诉，其中澳洲的高等法院已在薄熙来缺庭情况下判决法轮功学员一审胜诉。
根据〝追查国际〞的调查记录显示，薄熙来在辽宁担任省长期间，辽宁成为迫害法轮功重灾区，仅由《明慧网》公布确认的，被迫害致死的法轮功学员就高达406名。
辽宁境内的〝马三家教养院〞、〝大连教养院〞等对法轮功学员的酷刑虐待极其严重；第一个被曝光出来的活摘法轮功器官的集中营，就在辽宁沈阳苏家屯；而王立军获得〝光华创新特别贡献奖〞的所谓〝注射药物后器官受体移植试验〞也是在辽宁锦州。
一名在活摘器官现场持枪警卫的武警向〝追查国际〞举报，王立军下了死命令对法轮功学员〝必须赶尽杀绝〞。
锦州武警：〝不打任何麻药，手术刀在胸脯，一刀下去，血是喷溅出来的。那个女人就嗷..大叫一声，说法轮大法好。这个人身份是一个老师啊，在这之前，她受过的羞辱更大。我们的警察有不少就是变态的那种，给她进行，用钳子、用窥视器，对她进行属于是猥亵，她长的有点姿色，比较漂亮，对她进行强暴……，当时王立军，现在的重庆公安局长，下死命令‘必须斩尽杀绝’。〞
〝追查国际〞负责人汪志远透露，薄熙来在辽宁大连任市长期间，大连市系统性的对法轮功学员进行非法抓捕、关押、毒打、电击及性虐待。
汪志远：〝从活摘器官的调查看来，他们多数涉嫌使用法轮功学员， 进行这方面的试验的， 或者心理研究，从他们现在的报导和证据证明，他们是对试验对像活摘器官和注射药物，猝死过程中，对这些对像进行心理学的、生理学、病理学各方面的观察。〞
沈阳知情人张天意叙述，2003年5月，军方特务要带走几名法轮功学员去王立军管辖的铁岭市，一些学员被直接丢进狮子和老虎笼子里，让猛兽吞食活体而以此取乐寻求剌激，他还说，至少有五千名法轮功学员失踪，下落不明。
汪志远还表示，薄熙来到重庆后，重庆迫害法轮功急速加重，2008年，薄熙来把王立军从锦州空降到重庆担任公安局长，重庆市法轮大法学员被非法抓捕的数量急剧增多，王立军还指示重庆警局要加快〝无创伤解剖〞的实践应用，也就是活体摘除器官和移植实践。
资深法学专家赵远明指出，王立军只是薄熙来使用的工具，薄熙来才是首犯。
赵远明：〝公安、检察系统、法院系统对法轮功的迫害，作为薄熙来也好，作为中共的其他官员也好，只要是在你管辖的范围之内，在你担任的这个时期，出现所有的迫害行为，你都要负责，法理上讲，因为这种有组织的犯罪，它是集团性质的，不是某一个人的，只有上面首肯了、认可了或者默许了，底下的人才可能去做。〞
加拿大前亚太司司长、资深国会议员大卫．乔高在〝关于中共活摘器官的调查报告〞中写道，据我们的女证人说，薄熙来在辽宁任职期间，有两千名法轮功学员的眼角膜被手术摘取。
2004年，加拿大皇家骑警将45名迫害法轮功的中共高官列入监视名单，可以拒绝他们进入加拿大、遣返或起诉等，名单中就有薄熙来。
2010年3月16号，美国国会以412票赞成、一票反对的绝对优势通过了第605号决议案，要求立即结束中共对法轮功学员的迫害、胁迫、监禁及酷刑折磨，释放所有被关押的法轮功学员。
〝追查国际〞呼吁，世界人权组织和中共政府在调查薄熙来、王立军的罪行中，应该把他们犯下的人类所不能容忍的活摘人体器官等酷刑罪放在重要位置。