到了十年文化大革命期间,曾经的大右派向达,自然在劫难逃。向达是文革爆发后第二批被揪出批斗的“牛鬼蛇神”。向达躺在床上对夫人说:“我恐怕是过不了这一关了。”夫人哭问:“你要是死了,我怎么办?”向达指着地上的书说:“我一生的积蓄都在书上,我死后你就卖书度日吧。”向达去世不久,他留给夫人的书,全部被中央文革小组的人偷走了,一本不剩。其中很多书极为珍贵,不乏善本。
第一个炮轰他的是北京大学副校长、被称为中国著名马克思主义史学家的翦伯赞。翦伯赞在长篇发言中,揭露了向达一贯的“反共反社会主义罪行”。他揭发说,向达攻击党的领导,把中国科学院一些行政干部比喻成“张宗昌带兵”,“既是外行又不信任人”;形容中国的“科学家是街头流浪者,呼之则来,挥之即去”;“现在的史学界之所以奄奄一息,是和范文澜的宗派主义分不开的”。