“反右运动”开始后,穆旦因为在《人民日报》发表了《九十九家争鸣记》再一次被监视居住,隔离审查。1958年12月,穆旦因参加远征军和出任“中校英文翻译”的历史,被中共法院以“历史反革命分子”的罪名判处三年劳改,“接受机关管制”。文革的风暴掀起,穆旦自然首当其冲,被红卫兵抄家、批斗,并被关进“牛棚”。1977年2月,穆旦因心脏病发作去世。1979年,穆旦被中共“平反”,1981年,他的译作《唐璜》出版。