破译日军密码。据军统局军事情报处原少将处长鲍志鸿回忆,美国空军击落日本海军大将山本五十六的座机,就有中美合作所的军统局人员在电讯侦测和密码破译方面的功劳。提供气象情报。中美合作所建立起了若干为美国海、空军提供气象情报的气象工作站、观测哨等,这些气象情报在美军对太平洋上日占岛屿展开逐岛进攻和轰炸日本本土的军事行动中,都起到了重要作用。
早在1941年12月初,国民党军统局就破译出日本海军将偷袭珍珠港的密电,并交给美方,但因美方怀疑是中国有意挑拨美日关系,故未引起重视。中共建政后,曾在1950年发行的《如此中美特种技术合作所》称:中美合作所是“美国特务指挥国民党特务如何监视、拘禁和屠杀中国人民的训练所和司令台”,里面的渣滓洞和白公馆,是国民党“囚禁中国人民的最大牢狱”,甚至称“中美合作所的本身,就是一个举世罕见、骇人听闻的人间魔窟”。