文革开始后，梅汝璈遭到了更严重的批判。据《南京大屠杀在公众记忆中的消失》记述，在高中历史课本都不记入南京大屠杀的前提下，当时他写的《关于谷寿夫、松井石根和南京大屠杀事件》遭到了莫须有的指责，被扣上煽动“民族仇恨”、“鼓吹战争报复”，还有人甚至从截然相反的方面指责文章夸耀侵略者的勇猛，为军国主义张目，近乎“汉奸”、“卖国贼”等。他也因此被强制要求在外交部内扫厕所，写外调材料，并被造反派抄家。 当外交部造反派抄家时搜出了梅汝璈在东京大审判时穿过的法袍，以为抓住了他有反动历史问题的确切证据，并试图将其烧毁。但在梅汝璈的抗争下，法袍被保存下来。
