文革爆发后,高崇民被划入由“彭真、林枫和吕正操等阴谋策划叛党投敌集团案”引发的“东北叛党集团”,被列入这个集团的还有张学良的弟弟张学思等。高崇民等人先后被关押审查,1968年10月,高被抓进监狱,被诬陷为是“军统特务”,他拒不承认。1971年7月,81岁的高崇民在狱中被迫害致死,这是中共卸磨杀驴的又一典型例证。