在经历了1958年的社会主义革命的建设之后,东黄寺荡然无存了,成了如今北京人总说起的“黄寺总政大院”。西黄寺“仅剩下清净化城塔及清净化城塔院”,并且在文革中险些被拆。到了“1987年9月1日,中国藏语系高级佛学院在西黄寺的清净化城塔院正式成立,十世班禅亲自担任第一任院长。”而如今,西黄寺还是“现任班禅喇嘛常居地,由中共中央统战部管理。”