据公开资料显示，受到方舟子攻击的公众人物包括：学者于建嵘、IT人李开复、作家韩寒、深圳大学传播系副教授孙海峰、法律学者贺卫方、作家李承鹏、歌手王菲、呼吸道疾病专家钟南山、杂交水稻之父袁隆平等。
据报导，2005年，当怒江建坝之争正反双方专家相持不下时，被称为“科痞”、中科院物理院士何祚庥与方舟子、司马南等应官方邀请前去当地考察。三人在怒江两岸“访贫问苦”兼观光不到一周，就得出了“怒江建坝是当地脱贫的唯一选择，不仅可行且刻不容缓”的“科学定论”，还顺手给反对建坝的生态环保专家们扣上了“伪环保”、“伪反坝”的大帽子。
方舟子对于各种宗教信仰，以及算不上宗教信仰的都曾进行攻击。他经常在论坛上宣扬科学无神论和批评基督教;他在1999年开始与何祚庥一起批判民间修炼团体法轮功;2011年2月5日，方舟子与歌手王菲在网络上展开了一场对“一尊佛像”的辩论。
方舟子常常对打假的对象进行激烈的人身攻击。法律学者萧瀚称之为“语言暴力”。杂文家鄢烈山称方舟子“一点就炸”，行文用语粗暴，有“文革”红卫兵、红小兵的遗风。
2006年11月，何祚庥、郭正谊、司马南、袁钟成立了“科技打假基金筹备组”，面向社会募集捐款，用来资助方舟子打假(即“打假基金”)。
2012年初，罗永浩发表微博质疑由方舟子的律师发起，并以方舟子为主要受益人的“打假基金”和“安保基金”涉嫌诈捐和漏税的行为，并向公安局经侦科和民政局举报。
2012年3月30日，曾向基金捐款5万元的广东孙先生发出给方舟子和彭剑律师的公开信，提出几点请求，呼吁其使基金运作更公开透明。方舟子随即回应，拒绝了其要求。
方舟子涉薄案被举报要求查处
2012年，有大陆民众制作了一份《2012年中国人渣排行榜》在网络上疯传，这份榜单涉及面极广，其中薄熙来名列榜首，王立军、方滨兴、方舟子、吴法天、司马南、胡锡进、等人紧随其后。
方舟子披着“打假斗士”的外衣，实为中共高级五毛。2012年10月，大陆微博有千人联署上书，呼吁政府调查惩处方舟子的消息在网络疯传。
同时方舟子攻击中共国家副主席习近平的“假文凭”事件引起外界的关注。尽管在薄熙来倒台后，方舟子迅速否认此事，但有网民在微博以图文并茂的证据揭露方舟子撒谎造谣。
重庆市前市委书记薄熙来落马后，中纪委对薄熙来为推广、宣传重庆模式大肆收买海内外舆论、雇用文人、学者包装宣传的做法进行调查。
如今，中南海通过各种渠道升级“反腐打虎”的力度，前中共政法委书记周永康已是“死棋”，薄党、毛左见势纷纷紧急转向献媚表忠。
