上个世纪八十年代以后，由于中日开始围绕历史认识纠纷，日本增加了不少研究南京大屠杀的学者，有关书籍也应运而生。
中国国务委员杨洁篪本周访日两天举行三个重要政治会谈中，至少两次遭遇日本就中国申遗南京大屠杀(日本称南京事件)问题的抗议和遗憾之意：日本国家安全保障局长谷内正太郎提出抗议、首相安倍晋三表示遗憾。
就在安倍10月14日与杨洁篪会谈中表示“遗憾”时，安倍领导的执政自民党通过了一项《有关中国申请‘南京事件’资料的联合国记忆遗产登录的决议》，内容既有“自民党绝不容忍中国把单方面主张申遗，政治利用联合国教科文组织这种国际机构的行动”，也有“强烈抗议联合国教科文组织本来对成员国之间的问题应持中立、公平立场，像这次案件这样基于中国单方面主张，也不听有关的我国意见就登录的做法”。《决议》还要求联合国教科文组织撤回登录、重返创立时的本来目的和宗旨，发挥促进有关国家之间友好与相互理解，改善记忆遗产制度。《决议》也建议日本政府应尽快修订与联合国教科文组织的关系，停止或暂停向联合国教科文组织提供的分担金、拨款。
自民党内首个公开提出应修订对联合国教科文组织分担金看法的总务会长二阶俊博，这次也与杨洁篪会谈过，二阶在中日都是鲜明的“亲中”色彩政客。
安倍政权和自民党为什么如此强烈反弹联合国教科文组织登录南京大屠杀的决定，内阁官房长官菅义伟10月12日晚在富士电视台的直播政论节目中解释说：“我们不是否认存在旧日本军杀害了包括非战斗人员在内和掠夺等行为的(南京大虐杀)历史，但是关于数字，有那么多意见，在这些意见还没有统一共识的时候，本来应该持着公平、公正立场的联合国教科文组织，不顾日本提出的意见，仅仅按中国的单方面主张就登录”。
数字焦点
“南京大屠杀”是日本怀疑或指责中国纪录日本侵华历史的典型个案，主要理由是中国主张30万人被杀的数字显著有疑点。
都留文科大学名誉教授笠原十九司说：“1937年12月南京在日军进攻下沦陷的消息传到日本时，屠杀行为被封锁，大家都欢呼打胜仗。大部分国民最初知道存在南京大虐杀是战后东京裁判和南京军事法庭裁判，两裁判处决5名前日本军人，说明事件的残酷程度令国民震惊，也令不少日本人不敢正视这个历史，而且日本当时的记录都让军方和外务省、内务省烧毁了，研究非常困难”。
72年中日建交以后，日本研究南京大屠杀的学者增加并纷纷到中国收集资料，虽然存在显著数字争议，但在日本听不到、看不到相信南京大屠杀死亡人数有30万的看法。只是喜欢中国悠久文化和历史的人觉得不要去争论，因为会伤害中国人感情，杀了人本来该认错、道歉，何况是杀了很多人;不喜欢中国的人则认为默认国民党捏造的数字，会助长中国捏造历史并利用历史牵制日本的野心，而且中国会得寸进尺;专门研究南京大屠杀历史的学者们各自论证着死亡人数。
日文维基百科“南京事件论争”也说明，日本没有研究者认为南京大屠杀死亡人数有30万;笠原十九司等9名研究者认为死亡人数为10几万至20万;前日本大学教授秦郁彦等8名研究者认为死亡人数约4万和4万以下，其中立命馆大学教授北村稔认为死者都是脱下军装的国民党军人，没有平民百姓;上智大学名誉教授渡部升一等9名研究者认为根本不存在南京大屠杀事件，所以死亡人数为零。
国民党宣传
政客中否认南京大屠杀的人不少，2009年名古屋市长河村也因涉嫌否认南京大屠杀令名古屋与南京姐妹城市关系差点崩溃。
2007年北村稔在东京外国记者俱乐部的记者会上说明他的南京大屠杀论证时指出，南京大屠杀30万人的数字是中国国民党捏造，并基于1937年以后国民党中宣部积极展开对外宣传，尤其邀请欧美国家的人出任国民党中宣部顾问等策略，使得30万这个数字渐成定论。
日本指责国民党捏造的其中一个常见证据是1938年国民政府军士委员会政治部发行的《日寇暴行实录》中使用的一张照片，说明是“江南农村妇女被一批一批的押送到寇军司令部去凌辱!轮奸!枪杀!”，但后来日本发现这张照片是1937年11月《朝日俱乐部》发行的刊物中使用的照片，说明是“被我们的兵士护送从工作处返回日之丸(日本)部落的妇女儿童们”。
但日本广泛不信30万这个数字的最大理由，还是根据当时国民政府文件、国际红十字会南京委员会委员路易斯•史迈斯(Lewis S.C. Smythe)报告、南京安全区(难民区)国际委员会委员长约翰•拉贝(John H. D. Rabe)日记等推测，1937年12月南京城内发生大屠杀前夕中国居民和难民约20万至25万，投入南京战的国民党军约15万人，基于这个数字再根据各自收集的统计资料计算。以笠原的论证为例，他除了史迈斯、拉贝的报告外，还在南京研究期间根据当时南京埋葬尸体团体报告的18万8674尸体等数字得出结论。
舆论分歧
日本主流传媒对南京大屠杀历史本来有争议，基于这些争议现在对联合国教科文组织登录南京大屠杀作为世界记忆遗产的看法也分歧。除了《读卖新闻》社论说“不能容忍”、《产经新闻》社论说“不容歪曲历史的‘反日遗产’”外，一向主张反省、道歉侵略历史的《朝日新闻》社论说，“自民党内最近发出不存在南京事件的发言，这种展示拒绝国际社会广泛认知的历史事实、欠缺冷静的反应，只会被视为‘日本没反省过去’。但同时，中国不断政治利用历史，露骨地以此向日本施压也是事实。这次说不是那样，那就该努力更深刻地说明。新华社报道，登录了的记录中，还有事件死者超过30万人的文件。死者人数的背后缺乏用功，在中国也是有很多历史学者怀疑的数字，但是没有公然议论的自由空气。”
《朝日新闻》对日本反弹激烈的行动解释说，“这次中国也申遗了有关慰安妇的历史资料，韩国政府支援的前慰安妇援助团体也有意申遗，中国政府显示了对合作的关切。为此日本政府内生出‘不管的话，就会不断发生类似问题’的焦虑。为此，作为实际上支撑联合国教科文组织财政基础的日本态度强硬。”
统计文化
日本是继美国之后分担联合国教科文组织财政的第二大国，以去年为例，美国分担22%，日本分担约11%、为1.05亿美元，中国排在第六位，约分担5%。
笠原对日本酝酿停止或减少分担金说：“安倍政权没有国际感觉，世界负遗产一向就有，而且很重要，让世人记住历史教训。如果日本真的停止对联合国教科文组织的分担金，对日本国家的国际形象只有负面”。他说，“作为研究南京大屠杀的学者，我所接触的研究历史的中国学者没一个人相信南京大屠杀死者有30万人之多，这个数字被认为太夸张了”。
对记者问：“那你认为，中国国民党当时为什么会提出30万这个数字呢?是计算错误还是故意夸大”?笠原叹口气说：“大概是中国文化特色吧，统计数字总是不用功。另一方面，也有夸张谴责日军暴行的意图”。
笠原的话倒是意外地与论证不同的秦郁彦看法一致，秦郁彦在他的书《南京事件》中说，“中国人有古语‘白发三千丈’，但谁见过白发三千丈了”?!
