“九一三事件”的前后过程以及对黄吴李邱等人的专案审查，叶剑英自始至终都是参与者、知情者。黄吴李邱是否涉及“两谋”，叶剑英应该心知肚明。但是“九一三事件”发生后，叶剑英却积极要求处理黄吴李邱。
1966年1月，叶剑英任中共中央军委副主席。5月15日任中共中央书记处书记、中央军委秘书长，主持军委日常工作
军队直接卷入政治斗争是文革的一大特色。而这正是毛泽东的刻意安排。军中高层人士在文革中或被重用、或被迫靠边站，还有的被打倒，如走马灯般在这个大舞台上扮演着各自的角色，非常值得认真研究。由于众所周知的政治方面的原因，军中一些高层人士在文革中的活动被大大地打了折扣，正面人物个个都是“高大全”，他们在文革中的错误也被掩盖、淡化，甚至根本就从正史上消失了，似乎他们从来都是文革中正确路线的代表，是与“林彪、江青反革命集团”英勇斗争的典范。这显然不是真实的。笔者读罢邱会作的口述回忆，觉得有必要将这些人的文革言行作一番梳理，将那些被官方刻意掩盖的史实展示出来，这对研究那段历史不无助益。
（一）叶剑英
叶剑英是文革期间军队里的重要人物，是“二月逆流”中反对张春桥等文革极左派的先锋，还是粉碎“四人帮”的功臣。因此叶剑英其人成为官方宣传中的正面人物。然而，叶剑英还有其他少为人知的另一方面，从事文革史研究史的海外学者丁抒曾撰有《毛泽东的文革部署与叶剑英的崛起》（载《文化大革命：历史真相和集体记忆》上册，田园书屋2007年3月），对叶剑英文革初期的作用给予分析，值得一读。针对官方所掩盖的叶剑英文革作用，笔者在此作如下一些梳理。
第一，叶剑英是打倒罗瑞卿的“重量级人物”
有关倒罗的准备阶段：据邱会作回忆，1965年6月间，邱会作在京西宾馆正遇叶剑英和聂荣臻谈论罗瑞卿，邱说：“叶帅说：‘那个人（罗瑞卿）身长、脚长、手也长，到处抓权……’聂帅说：‘那个人根本不把我们放在眼里。他对下面的人，凡不进他小‘圈子’的，马上就给他们穿‘小鞋’……’”（页9）8月间叶剑英把邱会作叫到家里说：“罗瑞卿很会往自己腰包里装东西，我在南京发现和总结了郭兴福的军事训练方法，罗瑞卿并不在意。后来毛主席做了很好的批示，罗就打主意了，还在南京召开全军军长会议，兴师动众地抢功，后来又发展成‘大比武’。”邱说：“叶帅说那番话很激动，说了不少罗瑞卿的问题，什么罗瑞卿同贺龙搞到一块啦，大比武冲击政治啦，希望林彪身体不好快死了等等。”（页10）1965年秋，叶剑英按照毛的指示开始向下面打招呼。邱回忆说：“主要是叶剑英找些人谈，有聂荣臻、陈毅、刘伯承几位元帅和军委办公会成员杨成武、肖华和我。后来又有李天佑、吴法宪、李作鹏、许世友、黄永胜、杨得志、陈锡联、韩先楚等。打招呼是叶剑英进行的，他说罗瑞卿把‘宝’押在林总身体上，想早上台；搞自己的‘圈子’，胡子（贺龙）历来喜欢搞山头，罗就帮助他挖林总的老部下。主席叫林总管军队，林总的身体不好，让他们代管一下，就出现这么大的问题！叶帅特别强调‘打招呼’是毛主席的意思和交待这么办的。”（页11）
倒罗的实施阶段：叶剑英是12月上海会议批罗的主要人物。邱会作回忆说：“最高兴的是叶剑英，说：‘他（罗）是看不起我这个‘光杆元帅’的（叶没带过部队），你们受他压制，我也难受，毕竟你们还有工作做嘛，他对你们还客气点。可是我呢？打个电话都不方便。现在搬开尊神，解放元帅啦！’叶帅说的激昂慷慨呀。”（页13）1966年3月军委扩大会议上叶剑英是领导小组的总负责，叶有意把会议分成两阶段，前期揭批罗的资产阶级军事路线，后期揭发罗的“小圈子”。罗跳楼后，叶兴奋地改南宋末辛弃疾词“将军一跳身名裂”（关于叶剑英倒罗问题，可参阅余汝信先生《既非愉悦，更无惋惜——叶剑英“将军一跳身名裂”词意辨》载华夏文摘增刊第662期2008年7月23日）1966年5月16日中共中央批转了中央工作小组关于罗瑞卿错误问题的报告，该报告由叶剑英、肖华、杨成武、刘志坚共同署名。该报告罗列了罗瑞卿的主要错误：第一、敌视和反对毛泽东思想，诽谤和攻击毛泽东同志。第二、推行资产阶级军事路线，反对毛主席军事路线，擅自决定三军大比武，反对突出政治。第三、目无组织纪律，个人专断，搞独立王国，破坏党的民主集中制。第四、品质恶劣，投机取巧，坚持剥削阶级立场，资产阶级个人主义登峰造极。第五、公开向党伸手，逼迫林彪同志“让贤”让权，进行篡军反党的阴谋活动。该报告向中央建议：会议根据罗瑞卿的错误及其自绝于党的事业，向党中央提出如下建议：（一）撤销罗瑞卿在军事系统的各项职务；（二）撤销罗瑞卿的国务院副总理职务；（三）撤销罗瑞卿党中央委员会书记处书记的职务；（四）对罗瑞卿的错误作出政治上和组织上的结论；（五）把中央工作小组的这一报告和小组会议上的几个重要发言传达到适当范围，彻底肃清他在各方面的恶劣影响。罗瑞卿倒台后，贺龙靠边站了，叶剑英取代罗瑞卿出任掌握实权的军委秘书长。这也是叶剑英积极倒罗而得到的一大回报。
第二，毛泽东文革倒刘部署的积极追随者
叶剑英配合毛泽东的倒刘部署在军队中打招呼。邱会作回忆说：大约是在1966年初夏，“叶剑英在他家中和我和李天佑、陈锡联三个人闲聊，说毛主席最近讲了古书记载有两头蛇的故事，说有一种蛇有两个头，有的长在一边、有的长在两边。这种蛇一定很苦，两个头长在一边的还好办些，可以协调活动，而长在两边的就无法协调了，一个要往东，一个要往西，总是扯皮。叶剑英讲：‘主席说这种两头蛇总有一天会变成一头蛇的。他这个时候说这个故事，用意很清楚。’我知道这是在影射刘少奇。6月份，中央军委开会学习《五一六通知》，叶剑英说：毛主席决心发动文化革命是被逼出来的，是一场被动的反击战。苏联变修，因为有赫鲁晓夫，中国也有‘晓夫’，现在是‘山雨欲来风满楼’，别人磨刀要动手杀人了。”（页26）
“五月政治局会议”上，叶剑英是军队一方的重要代表，在会上叶狠批“彭罗陆杨”，邱会作因军务方面的急事电话找叶都不可得。邱回忆说：“散会时，叶帅知道我在等他，就叫工作人员来通知我跟他一起走，我上了他的车，我的车跟在后面。叶帅在车里还很激动，有些言犹未尽的样子。他对严慰冰写匿名信和陆定一说他不知道严的事特别气愤；对彭真，叶帅是极其鄙视的态度，一路上说个不停。”（《邱会作回忆录》新世纪出版社2011年版页439）此外，叶剑英对毛泽东要打倒刘少奇心领神会。叶剑英也参加了政治局常委扩大会，还直接与军委一线工作的干部们谈党内问题，对他们进行思想教育。
八届十一中全会召开后，刘少奇下台成了定论，6月份叶剑英向军委常委扩大会传达中央精神。叶说：“毛主席决心发动文化革命是被逼出来的，是一场被动的反击战。苏联变修，因为有赫鲁晓夫，中国也有‘晓夫’，现在是‘山雨欲来风满楼’，别人磨刀要动手杀人了。”（页26）不仅如此，叶剑英还向军队干部介绍了党内的政治状况。邱会作回忆说：“叶剑英就党内的政治状况介绍了一些情况，说最近有人给毛主席写了一封人民来信，是中央组织部做实际工作的人写的。信一开头就提出一个问题，我们的党是一派还是两派？我们都是‘共产党派’，是一派。但事实上两个主席各管一摊。那封信还用了几个数字和例子来说明，不仅政治路线是，组织路线也是。党的八次代表大会军队干部在中央委员会里是少数，而且大部分是候补委员。中央和国务院的部长，很多都是白区党的，有些人自称是‘建国牌’。各省市委第一书记，很大一部分是参加过白区工作的。”（页26）由此可以看出，叶剑英主持的军队系统的传达是有针对性的，是真正能够把握精神实质的。
与此同时，叶剑英还身体力行地参与毛泽东的针对刘少奇“中央”的战略部署。1966年春在毛泽东的授意下，中央成立了“首都工作组”。这个工作组由叶剑英为组长，下有杨成武、谢富治、刘志坚、汪东兴等人，邱会作也参与了其中的工作。这个工作组实际上只对毛泽东一个人负责，相关的活动并不向刘少奇的“党中央”汇报。这个工作组一项最主要的工作就是调兵遣将。经过调动，北京地区的机动部队多达十万人。邱会作说：“我们多在京西宾馆八楼叶剑英住处旁边的几间房子里办公，由叶剑英或杨成武口头召集我们到一起，商办有关事宜，当场拍板，分头办理。参加者心照不宣、很默契，所办的事情，该让谁知道，不让谁知道，该怎么办，心里都明白。”（页25）显而易见，叶剑英确实是毛泽东发动文革运动时军内的重要力量。
第三，林彪的大力支持者
历史上叶剑英和林彪并没有很深的关系。彭德怀主军时期，叶剑英基本在家赋闲。1959年庐山会议，叶剑英也是批判彭德怀的积极分子之一，又是林彪上台的拥护者。林彪上台后注重军队正规化建设，把制定全军新条例的任务给了叶剑英，叶搞出的解放军团级《合成兵战斗条例》，得到林彪的高度赞扬。但是贺龙、罗瑞卿主军时，叶剑英依然受到冷落，叶剑英心存怨愤，因此叶在倒罗斗争发挥了重要作用，后来更成为新一任的军委秘书长，并成为林彪的最重要支持者之一。军内传达八届十一中全会精神时，叶剑英卖力地赞扬林彪。邱会作回忆说：“他从军委常委扩大会学习十一中全会精神时开始，到后来的文化大革命动员，讲了不少赞扬林彪的话，他是从战功、能力、忠诚来说为什么林彪要当接班人的，调子非常高呀！”
