鼠疫出现后，清政府下令各处严防。1910年12月，指派天津北洋陆军医学院副监督伍连德为全权总医官赴哈尔滨，开始了大规模的鼠疫防疫工作，随后抽调所能调动的陆军军医学堂、北洋医学堂和协和医学院的医护人员以及直隶、山东等地方的一些医生，陆续前往东北。在伍连德等专家的建议下，清政府及各地方当局对疫情采取了科学而有效的防疫措施，比如组建各级防疫组织、颁布各种防疫法规，以及采取了隔断交通、对病人及疑似病人实施隔离、焚化尸体、对疫区严格消毒等具体防疫措施。
在这期间，清政府无论是中央还是地方，在整个华北和东北都按伍连德的建议进行防疫，成功地控制鼠疫的扩散。俄国方面也积极配合，在阻止鼠疫在俄人居住区流行的同时，控制鼠疫经西伯利亚铁路的传播。在华的外国医生和医学生，更是义无反顾志愿去疫区参与防疫工作，多人殉职。当地的中医也勇敢地主动医治鼠疫病人，伍连德组建的防疫队伍也付出巨大牺牲，直接接触病人的护理和救护人员将近一半人员殉职。
由于各种防疫措施处理得当，在当时疫情严重的局势下，不到4个月就成功扑灭了这场死亡人数达６万之多、震惊世界的烈性传染病，指挥这次防疫的伍连德也因此名扬世界，而清政府在这次鼠疫大流行中尽管在初期存在缺乏应急措施、个别官员渎职等问题，但在其后的措施处理可圈可点，不但尊重专家建议，为防治疫病提供了强有力的组织保证，甚至在冲破世俗偏见上所表现出的开明，在今天看来也令人钦佩。
1911年4月3日至28日，清政府在奉天组织召开了“万国鼠疫研究会”，这是近代在中国本土举办的第一次真正意义上的世界学术会议。出席会议的有来自英、美、法等11个国家的34位医学代表，伍连德当选为会长。各国专家对东北抗鼠疫行动给予了极高的评价，伍连德被冠以“鼠疫斗士”称号。
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冬季的哈尔滨,疫区的中心。
隔离区内的情景
满洲铁岭，阻断交通后，被临时隔离的人们。
防疫病院门前
防疫医院的医护人员对隔离的疑似患者进行检查。
满洲奉天，防疫医院的解剖室。图中正在进行消毒。
运尸队搬运鼠疫死者的尸体
运尸队搬运鼠疫死者的尸体
载满尸体的运尸车
门前堆积的死者棺材
准备集中焚烧死者棺木
集中焚烧的死者棺木
集中焚烧的棺木
参与防疫工作的俄国医生。
“鼠疫斗士”伍连德的肖像照（民国时期）
1919年的伍连德（当时哈尔滨发生霍乱，伍连德参加防疫工作）
1911年在奉天举行的“万国鼠疫研究会”，伍连德（右二）任大会主席。
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