西方媒体认为，胡锦涛对新武器进行试飞确实不知情，并接连报道称，这意味着中国领导层对军部的掌控力度减弱。相反，大多数华人媒体和专家则分析认为，根据共产党领导机构的从属关系，胡锦涛主席不会事先不知情。

当天下午，美国国防部长罗伯特-盖茨和胡锦涛举行会晤后，对随行记者们透露说：“当我向胡锦涛求证试飞一事时，他似乎非常惊讶。这让人不免产生怀疑，中国军部领导有时未必与政治领导人‘行动一致’。”正是这番话引起了这场争论。由于这翻话是出自曾担任美国中央情报局（CIA）局长，在国防部长职位上已做满四年的资深情报通盖茨之口，所以难免引发轩然大波。对此，美国《华盛顿邮报》12日分析说：“这意味着中国军方对盖茨访中以及美国对加深两国军事交流方面的努力表示强烈不满。”《纽约时报》也指出，陪同胡锦涛出席的中国官员显然也是对歼20试飞一事并不知情。这未免让人怀疑中国文官领导层对军部的掌控程度。

中国领导层与军部之间有矛盾的说法也出现过数次。有传闻说，2008年四川汶川发生大地震时，中国国务院总理温家宝曾指示“让军队进入震源附近救援幸存者”，但遭到部拒。另外，中国解放军副总参谋长马晓天去年7月对有美国核动力航母“华盛顿号”参与的韩美联合军演表示强烈反对时，西方媒体分析指出：“这种政治性发言不是由政府，而是由军队人士做出，可见文官领导层对军队的掌控力量有所减弱。”

但是，华人圈却提出相反的主张。据歼20试飞目击者记述，这次试飞当初计划在盖茨访中前的7日进行，但因气象恶化而推迟。某目击者在网上留言说：“当时机场内连试飞观览台都搭设好了，但是因气象恶化，试飞被推迟。”台湾中央社当天也援引香港分析人士的话报道说，胡锦涛不知情是不可能的事。西方不了解中国国情。

北京外交界也普遍认为，即使胡锦涛事先不知试飞一事，也不能认为他对军队掌控减弱。某消息人士说：“在研发阶段，试飞日期会经常变更，难道每一次都向领导汇报？把这次试飞视为中国军队的越权，在逻辑上没有说服力。”