“文化大革命”初期，邱会作着实吃了一些苦头。邱会作生活腐化，名声很臭。“文化大革命”开始，即成为造反派的首要冲击对象，被当作“花花太岁”，遭到关押批斗。1966年10月，总后造反派以“车轮战”对他进行批斗，他支撑不住，在总后礼堂昏厥过去。幸有林彪批示：“没有我和中央军委副主席叶剑英的命令，邱会作不许下西山。”邱会作这才暂时得以脱身暂避西山。
可到1967年1月19日，邱会作接到中央“文革小组”的命令，被迫从西山回到总后机关，结果又被揪斗，遭到罚跪、坐喷气式等刑罚，被打断一根肋骨，肩胛骨骨膜、两片肌肉断裂。邱会作的妻子胡敏几次电话向叶群呼救。叶群最初不愿干预：“邱会作小姘头一大串，现在人家都起来揭他，叫我们怎么说！”
1967年1月24日，邱会作给林彪写呼救信：“向林总求救！今后仍同过去一样，只要还有一口气，就坚决跟着林副主席走！”
林彪接信后，即与陈伯达共同签署一道手令：“立即将邱会作放出来，不得自由拘留。”1月25日凌晨，叶群持此手令到总后大院，将邱会作救出。
对林彪的救命之恩，邱会作感激涕零。他在题为“零点得救”的日记中写道：
“1967年1月25日零点40分，是我新生的时刻，是我一辈子、是我妻子儿女一辈子不能忘记的时刻。
“我听到‘林副主席办公室派人叫我去’，我就知道得救了。抑制不住的感动从内心里像炸弹一样爆发出来。……我用最大的忍耐忍住了眼泪，因为我发过誓了。
“……
“为我事林总亲自挺身而出，并派夫人来接，以我所知全军还是头一份。写到这里，我又不能不感动，不能不流下温暖的热泪。”
1967年3月17日，叶群又在“中央文革小组”会上力捧邱会作，称邱会作“是解放以来四个后勤部长最好的一个”。
（图2）邱会作1980年在“特别法庭”上。
