长野县轻井泽町的道祖神
1854年美国佩里将军的舰队在神奈川下田停泊期间，看到了当地人各种奇怪的风俗。在给美国国会提交的《佩里舰队日本远征记》中记录了“下田公众浴场”男女混浴的石版画，指出日本民族是不知羞耻、放荡的民族。混浴风俗引起舰队士官们的嫌恶感，此后日本人混浴风俗在西方传开。图绘是大浴场男女裸体混浴的场面。钱汤(浴池)的男女大浴房之间，悬挂有遮掩男女两界的隔板，隔板距地面留有一个称作“石榴口”的大开口，蒸汽从大开口通过，弥漫男女两界。可是在雾气腾腾浑浊的蒸汽环境中，不良裸人会穿越石榴口闯入彼界，浑水摸鱼扰乱风纪。
日本人的性风俗曾经让初登岛国的西洋人惊叹，传教士曾经留下轻蔑鄙视的感想，“大街上妇人们不掩盖自己的前胸，步行中会露出腿臀。男人们的前部仅掩盖半面，堂而皇之地行走在街上。”“日本是我所见异教国中最淫靡之国。”“由于日本人的和服轻快宽大，里面没有内衣，平常就赤裸地套在身体上，很容易露出身体。”从西洋人文明的视角来看，日本是野蛮的未开化土族，需要接受文明世界的文化洗礼，才能成为文明的国家。
日本传统的“性”自由化从明治维新以后，开始受到政府的全面干涉。为了给西洋人留下文明社会的良好印象，明治四年(1871)政府发布《裸体禁止令》，严厉取缔裸体风俗。明治五年(1872)东京府实施《违式注违条例》，禁止室外裸体暴露和贩卖淫秽物。条例公布后给警察带来了繁重的任务，到处强制撤去店铺和民家悬挂的、象征男性器的“金精神”偶像。政府的反对意见认为：“如果说不能裸脱暴露肌体，那么尊贵的释迦牟尼的裸肌，又该如何解释呢?”“日本人的裸体和性，没有直接的联系，暴露身体并非企图唤起性的兴奋。”公开为本国裸露文化辩护。日本人无顾忌的裸露文化成为外国人好奇和轻蔑的对象，使日本人萌发出对裸体的羞耻心，裸体观开始发生变化。从1869年至1875年，政府连续发布《混浴禁止令》，禁止年龄12岁以上的男女混浴。
日本传统性的裸露文化，是爱知县尾张小牧市田县神社有1500年历史的“丰年祭”。明治以降，“丰年祭”作为日本的传统文化受到重视，每年三月十五日举行祭奠。祭日最令人欢呼瞩目的活动，是众人抬着一尊装载巨型木雕男根的神柜巡游，柜内巨型男根长2.5米，直径50~60厘米，以200~250年树龄的高价木曾丝柏，精密雕刻制作而成。对巨型男根的祭奠，象征五谷丰登、万物育成、子孙繁荣的祈愿。十余名虔诚的男子将巨根神柜担在肩上，伴着洪亮的号子，在男女老少狂热人群的簇拥下，堂皇巡游在大街闹市之间。明治初期，田县神社“丰年祭”的巨型男根上配有雌性神偶，明治十八年(1885)因风俗管制的原因，雌性神偶人形和巨型男根分离，只留下巨型男根木雕。田县神社附近的大县神社还供奉母性象征的守护神“玉姬命”，是恋爱、育子、安产的神。年轻情侣、中年夫妇、盼子盼孙的男女，在这里祈祷许愿。
日本是保留性崇拜风俗的国家，三大性守护神——“双体道祖神”、“金精大明神”、“金魔罗神”，主导了日本性器崇拜的信仰。日本古代对男根崇拜超过对女阴的崇拜，多种多样的男根性神偶像，是男女信徒们疯狂的信仰物。
“双体道祖神”是阴阳双体外形相交的石神，多设置在路旁或十字路口镇邪扶正，具有威震祛邪的魔力，能抵御外来邪恶和疾病，保护旅人的安全。双体道祖神对凡人宽宏慈祥，人们祈祷祂为民招福、除灾、五谷丰登、结缘、夫妇和睦、安产、多产、子孙繁荣、疾病快愈。江户末期，当欧美人登上这个封闭了250年的岛国时，被许多奇异的现象迷惑。在道路、十字路口、田地间、桥栏杆上，经常能看到竖立涂布红色的木刻柱或石雕的男根造型物。当时，这些“双体道祖神”的石像，是为了告诫诸藩参勤交代路过的武士，阻止梅毒性病在江户传播而设立的守护神。
“金精大明神”起源于十六世纪初，神体是用金属、石材、木材做成的男根，属于男根信仰的神。金精男根神外表金色耀目，能保佑五谷丰登、结缘、安产、防治性病。江户时代娼家的神棚上都供奉金精大明神，以求好运、生意兴隆。“金精大明神”传说是铁挺阴茎、肾强阳壮的性神，信奉此神阳根无病者精力补足，阳根萎靡者充精壮势。
“金魔罗神”是金山神社的神，分布在日本全国各地，是保佑结缘、安产、除厄运、医治性病的神。每年一月二十八日山梨县北巨摩郡双叶町金刚地，举行例年一度的祭典。金魔罗神拥有一副巨大的男根，祭日中，信奉者用面粉做成男根女阴形状的大饼，在仪式中进行阴阳交合祈祷神灵保佑。
日本人性器崇拜的起源和古代农耕稻作的背景有关。七世纪后半叶，大和朝廷每年阴历二月四日举办“祈稔祭”，祈祷五谷丰登。当时一些农家男女在稻田间特意安排交合性事，他们相信在稻田间的性事会感应稻谷孕穗，促进大地的生产能力，祈祷丰收多产的祭典因此和性关系发生了关联。农家到了插秧的季节，会请来漂亮的处女，面向田神举行插秧开奠仪式。姑娘唱着田神情爱的民歌，农家哼着男女交欢的小调，祈祷五谷丰登。祈祷五谷丰登的祭典逐渐成为一种娱乐形式在民间信仰中展开。
爱知县西尾市热池的八幡社，每年一月三日举行御田植祭。祭日里，信奉者三人身穿红色和服，臀股后部悬挂一具用大萝卜雕刻的男根，随着鼓点跳跃旋转，缓缓向神社方向移动。到达神社后，神职寺人宣读祝词三唱万岁，全体合唱田植歌。信奉者身上佩戴的萝卜男根，据说是祭典仪式中最神圣的崇拜物。男根埋在田地里，可防御蝗虫毁坏稻谷;男根祭放在家中，可防雷击损害房屋;男根做成菜肴食下，可治疟疾不患夏病。
日本人在女阴崇拜的“神视观”中，也流传很多象征女性器夸示的文化，在各地都有女阴崇拜的民俗遗迹，如青森“石户缘结石”、山形汤殿山“母阴神体岩”、福岛“女形石”、松川“女泣石”、枥木“抚石”、那须“御前岩”、馆林“山王大权现”、奥多摩“姬石观音”、镰仓“政子石”、修善寺“玉门石”、三重穴川“自然女阴石”、奈良水谷神社“女阴石”、九州小仓“迁岩样阴石”、宫崎“天岩户洞窟”，等等。神户附近的一间神社，在巨大的石坛上耸立一尊1.3米高的男根，旁边竖立一具大型处女的阴门。日光汤元湖的金精岬男根祭坛，宇治山田的伊势神宫男根女阴祭坛，横须贺波止场的男根神社，镰仓寺院的男根基础石等地的性神形物，都留下许多扑朔迷离的神秘传说。各地神社祭典的金精大明神祭坛下，摆放着很多信者的供牌，上面写着“腰下万病灵验”、“长生不老”、“孕妇有效”、“母子健康平安”的祈愿。在神社的祭坛箱内，还堆放很多木刻的男根，信者带回家中摆在祭坛上。据说其神力可以治愈性病，解除阳痿阴冷的痛苦。
在日本人性崇拜的世界观里，性器作为一种信仰，能给人的精神境界增添强大的内续力;性器作为一种性爱介质，能给性行为带来无限至上的欢愉。性器在神秘之物、魅惑之物、神圣之物的精神感觉中，激发出人类潜在意识和空想，成为男女信徒神圣的偶像。明治时代，民间神道传承的“性”信仰文化，被解释成褊狭、愚昧、蛊惑人心的说教，被视为低俗文化和迷信思想而遭到否定，民间流传的很多民俗祭事也被禁止和破坏。政府强行转换国民的精神信仰，把天皇树立为日本人精神世界的新“神”。日本人为造就国家“神”的意识形态，中断了太古以来日本人《古记事》、《日本书纪》、《古语拾遗》、《宣命》信仰的神典。明治维新推行民间信仰政策的结果，使民众失去了对本民族自古以来文化和神明信仰的传承，一代新概念的天皇之神诞生。
