在邱会作“狠斗、狠审、狠专”方针之下，对被关押者进行了各种惨无人道的折磨，仅摧残人身的刑法就达50多种。其中有：车轮战(日夜连续审讯)、坐高低凳、“打反骨”(用棍棒打后颈骨)、打嘴巴、“吃元宵”(集体拳打)、烟斗烧踝骨、逼自己打自己、头顶大碗、烟头烫嘴、限制喝水、逼喝脏水、甚至喝小便、踢坏被关押者生殖器、对被关押者进行电击等等。其惨绝人性之程度，令人触目惊心。本文摘自《中南海人物春秋》一书，作者顾保孜，中共党史出版社出版。
晚年李作鹏与邱会作
邱会作在“文化大革命”初期也曾受过冲击，尝过造反派无法无天的苦头。但是，他在林彪支持下站稳脚跟后，却以加倍的无法无天对反对过他的人进行疯狂的报复。
1968年2月27日，邱会作亲笔规定了总后办案的“三狠”方针：“……光说理是不够的，必须向敌人专政。对那些拒不交代的人就没办法吗?应当是有办法的。……应当狠斗(坚决打击他的反革命态度)，狠审(可以连续多少天进行审讯)，狠专(敌人拒不交代就整他)。”
1968年3月18日，邱会作又在总后专案会上指示：“……心要狠，对敌人要残酷，斗争手段是专政的手段;对敌人要连续审讯，几天几夜地干;必要时手铐脚镣都戴上……我看四斗、五斗、六斗都可以，要死的，不斗他也死;不死的，斗他也不死，十六条并没规定要赔命嘛!”
从1967年到1971年，邱会作在总后私设监狱，刑讯逼供，直接迫害干部群众462人。其中，汤平、周长庚、张树森等8人被迫害至死。
在邱会作“狠斗、狠审、狠专”方针之下，对被关押者进行了各种惨无人道的折磨，仅摧残人身的刑法就达50多种。其中有：车轮战(日夜连续审讯)、坐高低凳、“打反骨”(用棍棒打后颈骨)、打嘴巴、“吃元宵”(集体拳打)、烟斗烧踝骨、逼自己打自己、头顶大碗、烟头烫嘴、限制喝水、逼喝脏水、甚至喝小便、踢坏被关押者生殖器、对被关押者进行电击等等。其惨绝人性之程度，令人触目惊心。
原总后军械部副部长梁冰，因反对邱会作遭到关押。在关押期间，对他用刑竟达23种。在车轮战中，连续审讯最长的一次达17个昼夜，甚至还被逼着吃带粪便的馒头，在种种残酷折磨下，致使梁冰身体致残，半身不遂。看到这些令人惨不忍睹的事实，人们简直难以置信，这样的事竟发生在20世纪60年代的中国。
据统计，邱会作在总后指挥制造了17个“反革命集团”假案，直接迫害诬陷二级部长以下干部群众457人。
邱会作在林彪支持下东山再起后，在总后拉帮结派，与追随他的张池明、陈庞、王希克、戴金川几个人结成一伙，以帮代党，以派划线，任用私朋，排斥异己，迫害无辜，把李聚奎、饶正锡、傅连璋等一批总后的老干部统统打倒。邱会作还直接指挥对总后卫生部副部长傅连璋的迫害。傅连璋在土地革命战争时期参加革命，1934年跟随中央红军参加了二万五千里长征。此后，一直在革命队伍中从事医疗工作。解放后，曾担任卫生部副部长、中华医学会会长、解放军总后勤卫生部副部长等职务，一直负责中央高级干部的医疗保健工作。
1950年朝鲜战争爆发后，林彪即佯装有病，托辞不去朝鲜指挥作战。1953年，傅连璋奉毛泽东指示，组织专家给林彪会诊，会诊前，林彪让叶群出面，暗示傅连璋给林彪开具疾病证明。傅连璋为人正直，没有应允，并劝林彪停止吸毒。检查结果表明，没有发现严重器质性病变。傅连璋将会诊结果和林彪吸毒的事如实向毛泽东作了汇报。林彪从此对傅连璋怀恨在心，一直伺机报复。
“文化大革命”给林彪提供了乘乱排斥异己的好时机。邱会作秉承林彪意旨，充当了迫害傅连璋的打手。1966年8月下旬，邱会作在总后勤部党委常委会上声称：“傅连璋是条毒蛇，这个人的党籍是长征时捡来的，卫生部不烧傅连璋就是没有党性”。
傅连璋对遭受的这种迫害实在难以忍受。他给毛泽东写信，报告了自己的境况，并请求主席救助。1966年9月3日，毛泽东主席批示：“此人非当权派，又无大罪，似应予保护。”
但邱会作一伙人既不让傅连璋本人知道毛泽东的批示，又对一般干部群众保密，并继续组织对傅连璋的批斗。批斗中，傅连璋肋骨被打断，头也被打破。
1967年11月，邱会作又在总后秘密成立“傅连璋专案组”。在邱会作授意下，专案组起草了《关于批判傅连璋三反言行的请示报告》及“罪行材料”。而后以此为基础，以总后党委名义写成一个《彻底批判傅连璋三反言行的报告》送交军委。12月18日，邱会作以军委办事组成员的身份，在这个报告上批示，军委办事组同意批斗傅连璋，望即组织这一工作。“以我看主要批他三点，(1)三反言行，(2)黑线关系，(3)斗志衰退。”
此后，对傅连璋的迫害进一步升级。在康生、江青的插手下，傅连璋又被打成“特务”。1968年3月14日，在邱会作亲自坐阵指挥下，对傅连璋再次进行抄家，并将他逮捕，投入监狱。
傅连璋此时已74岁高龄，并患有严重的胃病。在狱中，他要求吃一点稀饭，竟不被允许。在饥饿、打骂和连续审讯的折磨下，傅连璋精神失常了。在他入狱的第15天，这位为党和军队的医疗事业奉献了一生的老人，躺在冰冷的水泥地上，悲惨地停止了呼吸。
在对军队老一辈领导人进行诬陷迫害上，邱会作也不甘落后。
“文化大革命”前夕，邱会作就参与了对罗瑞卿大将的陷害。“文化大革命”开始，邱会作仍不肯放过罗瑞卿。在罗瑞卿腿伤住院期间，仍向上写报告要求斗罗。1967年1月，在北京工人体育馆召开万人大会，批斗彭真、罗瑞卿、陆定一、杨尚昆和其他一些高级干部。罗瑞卿当时左腿骨折，伤口未愈，缠着纱布，脖子被挂上一米见方的大牌子，用大箩筐抬到会场进行批斗。
叶剑英元帅是军委副主席，也是邱会作的老上级。长征时期，邱会作就在叶剑英身边工作。50年代初，叶剑英任华南军区司令员时，邱会作任军区政治部主任。“文化大革命”之初，邱会作受冲击时，叶剑英曾保护过他。他在西山躲避时，叶剑英有时一天去看望他两三次。
但是，邱会作为了进一步投靠林彪，竟置信义、良心于不顾，把攻击矛头指向叶剑英。1968年3月，黄永胜布置整理叶剑英的材料，并成立了专门的材料组，邱会作则负责召集材料组开会，直接批准材料组整理叶剑英的黑材料。可邱会作仍嫌不足，又在总后指使其亲信陈庞、王希克等人组织班子，整理叶剑英的所谓罪行，妄图借机陷害叶剑英。
1967年10月，邱会作指使他在总后的亲信编写关于贺龙的揭发材料，并把材料批给贺龙专案组，用于对贺龙的诬陷迫害。
在中共八届十二中全会上，邱会作又当面攻击徐向前元帅。
对于功勋卓著、又长期卧病的徐海东大将，邱会作也不放过，竟利用手中职权，在医疗上对徐海东进行迫害，致使徐海东病情恶化，于1970年3月病逝。
解放军总政治部是军队思想政治工作的最高领导机关。总政领导对于林彪在军队中推行的一套“左”的做法，一直有所抵制，因而被林彪认为是对他不顺从的地方。1967年7月25日，林彪下令：“你们要战斗，要突击，要彻底砸烂总政的。
