上任不足两年的北京大学前校长王恩哥调任中科院后，外界传言颇多。日前有海外媒体披露，王因利用出售专利的方式，从旗下企业北大方正集团获利高达上亿元而被撤职。另有消息指，北大方正数名高层近日因涉中央统战部原部长令计划贪腐案而被查，身为校长的王或同涉令案。另有指，原政治局常委、中纪委书记贺国强的两个儿子亦卷入北大方正贪腐案。
王恩哥2015年2月被免去北京大学校长职务，另有任用，接任者为浙江大学校长林建华，王的去向及撤职原因一直成谜。王当日曾向传媒透露，将调任中科院工作。
北大方正博雅酒店一度吸引很多媒体的眼球
现年58岁的王恩哥籍贯上海，曾任中科院物理研究所所长、副秘书长等职；2009年调任北京大学研究生院院长、物理学院院长；2011年升任北大副校长；前年三月任北大校长，未满两年就已经被撤职，成为北大近年“最短命”校长。
媒体报道称，王恩哥被撤职的原因是他以出售专利的方式，从北大校办企业北大方正获利上亿元。英国广播公司（BBC）亦报道，北大方正前董事长魏新、前行政总裁李友，以及前执行总裁兼财务长余丽等五名高层，近日因涉令计划贪腐案而被调查，身为校长的王也难免受影响。另有消息指，王恩哥被免职是因北大方正贪腐案被问责。
北大方正卷入大陆校办机构前所未有的政治风波，案件至今仍在调查，然而有关李友向令计划输送利益等丑闻不绝于耳。早前有报道指，令妻谷丽萍是“西山会”的主要管理者，而李友则是主要资助者之一；谷去年底于北大博雅酒店与李友开会时被公安抓捕。另李友曾以日本豪宅行贿令家；而令计划之子令谷2012年车祸身亡时，所驾的法拉利亦为李友所赠。
此外报道指，北大前党委书记闵维方也曾从北大方正获取暴利，包括贺国强之子亦卷入北大方正案，令该案变得更加错综复杂。
