1937年7月17日，蒋介石在庐山发表著名的“最后关头”演说和严正声明，指出“再没有妥协的机会，如果放弃尺寸土地与主权，便是中华民族的千古罪人”
从日本所著侵华战争相关著作中不难发现，国共争议最激烈的抗战领导权问题对日本根本就不是问题。对于日本来说，中国唯一的合法政府是国民政府，其首领就是蒋介石。即使日本人在战争后期意识到蒋介石领导的国军也许并不是唯一的对手，日本仍是初心不改的将蒋介石视为战与和的对象。
得益于满洲事变的轻易解决与华北事变中蒋政府的退让，日本政府相信卢沟桥事变后，稍微“膺惩中国军队的暴戾”，中国方面就会像过去一贯那样，马上变得服服帖帖。(《大东亚战争全史》)
虽然日军在上海遭到了抵抗，而且“中国军的抗战意志和步兵的战斗力，完全超出三宅坂(即陆军省部)的预料。”(《大本营陆军部》)日本军部仍是相信“以中国军队的主力兵团为目标，给此等主力兵团以大打击，借以动摇中国军队的全局，进而导致蒋政权的崩溃，促进新中央政权的建立。”(《中国事变陆军作战史》)陆相杉山元更是在淞沪会战后，对即将前往上海就职的华中方面军司令官松井石根授意：“无论如何要攻打南京，使国民政府屈服，这是膺惩支那的特殊使命决定的。”(《亚细亚的日本军》)
只有经过了一个月的交战经验和考察了当地政情与民心动向的华北方面军持有不同看法：必须想到南京政府将长期抵抗……即使蒋介石政权失败，继之而来的，在最坏的情况下很可能是以苏联势力为靠山的具有浓厚的共产色彩的势力掌握政权……必须有这样的精神准备，不要几年将出现的事态是，我们将不得不以比过去更加厉害的排日的中国为对手。(《中国事变陆军作战史》)
在攻下南京后，果如华北军所说，蒋介石政府仍然坚持抵抗，日本军部视蒋为中国抗日核心。
1939年春，第十一军司令官冈村宁次中将如是说：“看来敌军抗日力量的中心，不是四亿中国民众，不是政府要人的意志，也不是各类杂牌军混合而成的二百万军队，乃是以蒋介石为核心，以黄埔军校系统青年军官阶层为主体的中央军。”
日本并不愿陷入持久战的泥沼中，针对蒋介石的诱降工作与进攻中国几乎同时展开，并贯穿整个战争期间。在《日本外交史》、《大本营陆军部》、《桐工作圆桌会议的经过概要》、《今井武夫回忆录》等书中详细的记述了陶德曼调停、萧振瀛工作、桐工作以及各期《实施对重庆政治工作方案》，最为成功的是使汪精卫脱出重庆。然而诱降蒋介石并不顺利，在蒋介石暂时答应承认满洲国独立的基础上，因日本军部不断以前线胜利而加价导致功亏一篑。
到了战争后期，时任外相的重光葵考虑过放弃底线与重庆和谈，然而他发觉“重庆国民政府已与英美发生友好的关系，中国既不能违反英美的意见而与日本单独协商媾和……且蒋介石先生已经决心抗战到底。”(《日军侵华内幕》)
此时，有些日本人则认为“中国共产党领导的抗日力量的壮大已成为建立和平的主要障碍”(1944年1月15日《朝日新闻》)。他们比国民党更为坚定，“对于中共，只有排除任何妥协，必须从各方面都采取彻底的对抗政策。就中共的信念而言，他们声称是要一直战斗到日军完全从中国撤退为止的。”(《华北治安战》)
1943年，松本铃吉在《中日事变解决的要谛》中说：“再当考察大东亚战争和抗日意识的关系时，所不能忘却或看过的是中共政权。在中国民众抗日意识的源泉点上，中共政权在重庆的上位。”日方主办的《同盟世界周报》指出：“如果有人以为只要和重庆能够谈判成功，就可以解决中国事变，那是很大的错误。根据我们的见解，真正的抗日势力，始终一贯的是中国共产党。”
然而时任中国派遣军总司令的冈村宁次以“重庆已成为美国的傀儡，且在全面战局对轴心国不利的情况下，解决中国问题不能单靠外交谋略手段”只能“进攻四川，摧毁重庆”，而日军大本营基本同意了他的计划，此时已是1945年1月。(《大本营陆军部》)
但是重庆并没有攻打下来，而日本不得不为本土决战作准备，大本营因此将军事进攻转为对重庆与延安的政治工作。
在日本宣布无条件投降时，冈村宁次通过国民党陆军副总参谋长冷欣向蒋介石提出了一系列反共的建议，其中特别强调要将驻在中国的100多万装备齐全、建制完整的日军，趁尚未遣散之前，用来进攻共产党。此举深得蒋介石的“嘉许”。(《中日战争时期的通敌内幕1937-1945》)
