1957年6月16日，毛泽东一篇讲话经过“整理”、“补充”后，在《人民日报》正式发表。其最主要的补充，是在原讲话宣布“急风暴雨式的群众阶级斗争已经基本结束”之后，加上了一笔“但是”，往后一大段话在此后许多年中脍炙人口，即强调阶级斗争“还是长时期的，曲折的，有时甚至是很激烈的”。章伯钧也是聆听过讲话的当事人，本指望能靠这篇讲话的内容保护一下自己，及至看到正式文本，不由得惊呼：“完了，完了，全变了！”
原交通部部长章伯钧（图源：VCG）
1957年6月8日的《人民日报》头版头条，发表了社论《这是为什么？》。同日，中共中央下达了党内指示——《组织力量反击右派分子的猖狂进攻》。“反右派”斗争就从这一天正式开始。
当其他人已在冥思苦想如何逃脱劫难的时候，章乃器却要作反批评。他在6月10日工商界座谈会的书面发言中说：“在帮助党进行整风的时候，只要是根据事实，是从团结的愿望出发，完全可以不提优点，只提缺点，这是正常的；和党共事日久，说话不从‘拥护一番’说起，而是老老实实‘开门见山’地说，更是正常的。这都说不上什么‘脱离社会主义’或者‘脱离领导’。”他批评少数人是乘机用贬低别人来抬高自己的方法，以求对自己有利，表现“惟我独忠”的姿态。他表示相信“整风运动是一定要进行到底的；共产党绝不做半途而废的事情。共产党代表了工人阶级忠诚老实的品质，是不会表面一套，里面一套的，不要怕扣帽子，更不要怕受打击，党是会明是非的，是非最后也一定会明的。”
在6月15日和17日民建、工商联常委联席会议上，他两度与人舌战，逐条反驳对他的批判。针对有人歪曲他的观点，他提出：“希望大家看看我的文章。批驳一个人的文章不要不看就来批判，不要认为是毒草就不看了，不要怕毒草，毒草也要先经过化验”。他强调：“我认为毛主席提出调动一切积极因素，提出党整风，是个很英明的号召。过去由于有‘墙’有‘沟’，许多力量在互相防范，互相摩擦，互相戒备中抵消浪费掉了……如果在整风运动中，把‘墙’拆掉，把‘沟’填平，过去互相抵消的力量变成互相协作，共同为社会主义事业努力，我想，把社会主义事业加快三分之一或者四分之一的时间，是完全可能的。”
在当时的形势之下，根本不可能有平心静气的说理。章乃器引经据典的辩词，淹没在“这是两条路线斗争”“你要搞资本主义”“否定党的领导”之类的口号声和帽子堆中。
也许是对这种无意义的对峙感到孤寂，也许是预感到被推上祭坛的命运已定，而有了“一切放下”的悟性，他在会上说了这样的话：“有人要求民主党派轮流执政，我是不赞成的。假如由民主党派轮流执政，我从民建某些同志的行为来看，我是会被陷害的。”“我这人不勉强争取做左派，但是为了革命利益也不怕别人给我戴右派的帽子。”
有了上述悟性，章乃器的态度显得更加洒脱，仍然手持被视为他的标志的烟斗，在各种场合应付各种批判。
6月15日《光明日报》社召开紧急社务会议，批判社长章伯钧、总编辑储安平。该报当时是民主党派共有的报纸，各党派都有领导人担任社务委员。黄炎培是社务委员，过去是常常主动出席的，这次却临时把开会通知书转给了章乃器。章乃器也是社务委员，出席会议是分内之事，他坦然与会。
这时的章伯钧、储安平，众人已是避之惟恐不远，批之惟恐不痛，更不用说为他们辩护了。章乃器自己也是众叛亲离，反倒有心替他们二人说话。他说：“储安平的言论（即《党天下》一文），从政治来看是不能说离开了社会主义的。他的动机还是为了国家好。”“并不是说对于毛主席和周总理，就不能提意见。毛主席和周总理他们本人是欢迎提意见的。但是可以写一封信或请派个人来谈一谈。”“公开发表可能伤害全党、党中央威信的言论，这一点，负责精神是不够的。应当很郑重。”
6月16日的第二次社务会议上，章乃器批评章伯钧：“我的宗兄主要是官僚主义，宗派主义还不显著。我看他是粗枝大叶，兼职也太多，管得太多，身兼两个党派的主席、副主席，又是政协、人大、交通部。也许党务管得细。《光明日报》和国务院的事，该打屁股。”“安平向你请教，恐怕你说话是相当随便；坦白，是好的，这恐怕给安平错觉，助长他错误思想的发展……我的宗兄，你对国务会议很马虎，很少发言，很少研究，经常迟到早退，责任心不够。因此，你翻过来讲国务会议开得不好，不发扬民主、不深入细致，我不同意”。
章乃器在发言中谈了对整风的看法，他说：“我从前到外地视察，开座谈会，发现有几种人态度不正常。1。旧知识分子、旧人员；2。工商业者；3。没有民族关系的宗教界人士。这几种人，我常察言观色，情绪不正常。因此，我感到过去几次大运动，是必需的，但遗留下来的副作用，是严重的。这次整风中发现，有许多人已往看来庸庸碌碌，这次大鸣大放，发表的意见从理论到业务，头头是道，天才都发展出来了，我非常高兴。”
对于这次运动中的人际关系，他另有一番高论：“据我同医院接触，有两种病人特别多，一是神经衰弱，二是血压高。我想，在运动中，斗人者难免得这种病，被斗者更难免。所以我讲，现在阶级已经基本消灭，阶级特性也可以说已经基本消灭，大家是一致在向人类的共性过渡。不要没有人情味。人，不论党与非党、公方与私方，互信……我想，在自己的思想未通之前，应该心安理得，轻松愉快地考虑。因为问心无愧，何必惊惶？希望在整风中，批评者、被批评者都本着和风细雨的精神。”
章乃器呼唤和风细雨，迎接他的却是雷电冰雹。6月18日，即座谈会之后两天，民建中常会撤销了他的《光明日报》社务委员职务，19日民建、工商联又通过决议，停止他在两会的一切职务，一场围剿式的大批判铺天盖地而来。
6月20日，民建的两位处长奉命来家中与章乃器谈话，要他作检讨。章乃器回答说：现在要我检讨，我只有反批评。但他仍表示，粮食部的业务工作我还是继续干。我准备给国务院写报告，要求检查我的言论和行动，是否反对社会主义，如果反对，就解除我的粮食部长职务好了。人大、政协明年再提名选举时，不要再提我的名。两处长问：毛主席的文章发表了，你是否可以根据其中的精神作检查？他回答：我觉得，我的言行没有违背那六条标准。
两处长所说的毛主席文章，即指毛泽东2月27日在最高国务会议上，以“关于正确处理人民内部矛盾的问题”为题的讲话。在前一段的批判中，不断有人搬用讲话中的内容打“语录仗”。由于大家听的都是录音，记录上不尽相同，批判中常常为此争论不休。6月16日，这篇讲话经过“整理”、“补充”后，在《人民日报》正式发表。其最主要的补充，是在原讲话宣布“急风暴雨式的群众阶级斗争已经基本结束”之后，加上了一笔“但是”，往后一大段话在此后许多年中脍炙人口，即强调阶级斗争“还是长时期的，曲折的，有时甚至是很激烈的”。章伯钧也是聆听过讲话的当事人，本指望能靠这篇讲话的内容保护一下自己，及至看到正式文本，不由得惊呼：“完了，完了，全变了！”
当章乃器“走红”时，他的履历可以是投身抗日救亡和民主革命，一贯反帝反封建的爱国民主人士，到了墙倒众人推之际，便有了下列种种说法：“爱国是假的”、“他的抗日救国是为了创造向蒋卖身投靠的资本”、“勾结特务、反革命、右派分子进行阴谋活动”、“破坏土改”、“一贯违法乱纪的不法资本家”、“组织反党小集团”，等等，等等。翻开当年的报刊，这样的批判词比比皆是，大多出自与章乃器共事多年的一些老友之口。有不少是歪曲章乃器原意的批判：如章乃器原话是“定息不是剥削而是不劳而获的收入”，截去后半句就变成“定息不是剥削”，与原来的意思大不一样。更有甚者，章乃器的一位工商界老同事，过去有困难时曾屡屡受过章乃器的恩惠与保护，此时竟纠集一些人，乘机对章乃器提起诉讼，提出资产要求。
