文革爆发不久，贺龙对文革中无限上纲的作法表示不满。1967年1月，毛泽东决定隔离贺龙，他和周恩来在中南海作了专门研究，要周亲自去落实。1月10日，贺龙在人身安全遭受威胁的情况下，经周安排，被转往西山，随即失去人身自由，被立案“审查”，受到严重迫害。叶剑英痛批贺龙与罗瑞卿：“他们是有个人野心的，贺（龙）、罗（瑞卿）经常排挤、打击聂（荣臻）副主席。贺（龙）、罗（瑞卿）专门打击聂老总，当然他们更打击毛主席、林副主席，对于我这方面，就不要讲了。”
中共开国元帅贺龙戎装照（图源：VCG）
以军委第二副主席的身份主持军委日常工作的贺龙也是毛泽东“文革”初期在军内打击的目标。
在高级领导人当中贺龙以不拘小节、说话放任著称。抗战时贺龙在山西，经常称毛为“毛大帅”，每当收到延安的指示，他就会说，“嘿，毛大帅又来了一条命令。”50年代初他任西南军区司令，邓小平是其政委。中央取消西南军区时，他很不满意，说道：“为什么要取消大军区啊？这是党中央和毛主席怕我们造反。”“杯酒释兵权。”贺龙家里，不管是客厅还是办公室，从没挂过一张毛泽东的像。全国掀起“学毛选”的热潮时，他却对自己的女儿说，“应该好好学习刘主席著作”。他担任国家体委主任期间，1962年毛泽东接见国家乒乓球队并观看球员表演，贺龙站在门口看了10分钟就走了。1964年毛泽东接见运动员，贺龙没露面。1964年毛泽东过生日举办家宴，席开3桌，罗瑞卿和彭真接受邀请并与毛同桌，贺龙却称身体不好推脱未去，而是与廖汉生（北京军区政委、国防部副部长，贺龙的外甥女婿[37]）在贺家边谈边打扑克。在1966年国际乒乓球邀请赛闭幕式上，当乐队奏《东方红》时，全场起立，贺龙却一个人起身走了。他的夫人薛明在家里从电视上看到这一场景，禁不住喊出声：“糟了。”
贺龙与罗瑞卿的关系甚好。1965年11月30日的军委机关会议认定“萧向荣的后台是罗瑞卿”，当时贺龙还叫会议主持人不要胡乱猜疑。12月2号，也就是毛泽东说罗瑞卿“是野心家”的那天，军委机关会议主持人告诉贺龙，会议简报将要写上“萧向荣的后台是罗瑞卿”。贺龙坚持说：“我可以担保罗瑞卿不是反革命，他绝不会反党。”
4天后贺龙接到去上海开会的通知。到了上海他才知道，会议竟然是“要解决罗瑞卿的问题。”会议第一天的晚上，刘少奇、王光美夫妇造访贺龙住处。刘少奇问贺龙：“事情真有些突然。贺老总，你是管军委日常工作的，这件事你事先知道吗？”贺龙说：“我也是刚知道。”在座的李井泉也说事先不知道。刘少奇沉默了一会，说：“这么说，咱们大家事先都不知道喽！”
贺龙是主持军委日常工作的副主席，军委秘书长、总参谋长突然被打倒，贺龙却被蒙在鼓里。直到此时贺龙才感觉到，罗瑞卿的案子有可能牵连到他，危险正在向他逼近。上海会议结束后不久，召开了中央军委常委会。会后，毛泽东不再让贺龙主持军委日常工作，贺龙被叶剑英取代了。随后贺龙与董必武等人一起到广州休息，毛泽东忽然交给他一个奇怪的任务，让贺龙到四川西部偏僻的攀枝花钢铁厂和正在施工的铁路隧道等地视察。就这样，毛泽东以“下去视察”为名把贺龙赶开，为叶剑英在北京主持解决罗瑞卿问题的会议打开方便之门。贺龙视察完毕4月9日才回到北京，而罗瑞卿则早在20天前就于绝望中跳楼了。
此时贺龙被排除在军委领导层之外，却未向毛泽东靠拢、表忠心。“八届十一中全会”期间及会议后，中央政治局和书记处连续开会，批判刘少奇、邓小平的调子越来越高，可是贺龙一直保持沉默。毛泽东问他：“你发言了没有？”他回答说：“还没有发言。”毛泽东又问：“怎么不讲一讲？”贺龙把身体一挺，说：“报告主席，我上不了纲噢！”贺龙“靠边”以后，毛曾说过，要对贺龙“一批二保”。但毛的态度很快就改变了，于是贺龙的厄运降临了。
1966年9月6日林彪主持军委常委会，但未通知贺龙。林彪在会上宣布，受毛泽东委托就贺龙问题正式“打招呼”：贺龙有野心，军委各总部、各军兵种及某些大军区有人想乱中夺权，他们的总后台是贺龙。与会的叶剑英、陈毅、刘伯承、徐向前、聂荣臻纷纷表态拥护毛的决策和林彪讲话。后来，周恩来在1968年10月的“八届十二中全会”上表示：林彪在1966年9月6日军委会上的“打招呼”，表示“贺龙是中央已经点了名的坏人。”1966年9月25日周恩来对“首都大专学校红卫兵”负责人谈话时故意透露了一点玄机：“（1927年南昌起义）我和朱德同志、林彪同志、陈毅同志，我是主要负责人。”周恩来的这种讲法，故意抹去南昌起义的主要军事指挥者贺龙的名字，在起义的主要负责人当中加上了当时仅仅是个连长的林彪。这种对贺龙的贬低在那个政治上极度敏感的年代里就是一种关于贺龙要垮台的暗示。
尽管大难在即，贺龙仍然拒绝低头。一位被指为“叛徒”、“走资派”的干部写了一份检查，把稿子给贺龙看。贺龙看到检查稿提到要“炮打司令部”时问他：“你为什么要提炮打司令部？难道你承认你自己是资产阶级司令部吗？”贺龙不认同毛泽东指责刘少奇、邓小平是“资产阶级司令部”的指控，也拒绝指称他们是“走资本主义道路的当权派”。
不久毛泽东就公开在外宾面前点名批判贺龙。1967年2月毛接见阿尔巴尼亚共产党领导人时说：“我们的军队也不是没有问题的。象贺龙是政治局委员，罗瑞卿是书记处书记，总参谋长。”当时汪东兴奉毛的指令负责主持中央专案组，专案组在关于贺龙的审查报告中写道，贺龙、罗瑞卿办的国防体育俱乐部是“一支反革命地下军，一旦时机成熟，即成为反革命政变的急先锋。”中央为了给贺龙罗织罪名，还采用了逼供栽赃等种种手段。例如，1965年调任中共中央统战部副部长的原西藏军区第一政委张经武，因长期在贺龙手下任职，结果和夫人杨岗一起被关进秦城监狱。杨岗被斗得神经失常，专案组逼迫她写材料“揭发”张经武参与了贺龙的“二月兵变”，称“兵变”成功后，贺龙要当主席，张经武将当总理。张经武绝食抗议7天而死。
打倒贺龙，擢升叶剑英取而代之，由叶主持军委工作，是毛泽东在“文革”初期的部署之一。在打倒贺龙的过程中，叶不仅紧跟毛的步调，而且对贺龙落井下石。1967年夏天，叶剑英曾对国防工业一次会议的代表这样说过：“刘（少奇）、邓（小平）、彭（德怀）、黄（克诚）、贺（龙）、罗（瑞卿），他们是根本不执行毛主席的革命路线的。”“贺（龙）、罗（瑞卿）都是有个人野心的。他们都是搞秘密活动的。”“他们是有个人野心的，贺（龙）、罗（瑞卿）经常排挤、打击聂（荣臻）副主席。贺（龙）、罗（瑞卿）专门打击聂老总，当然他们更打击毛主席、林副主席，对于我这方面，就不要讲了。”
