赵紫阳在逝世前的几个月，心中装著放不下的心思。2004年下半年，他委托老友宗凤鸣先生转告姚监复，请他调查“六四”到底是不是一场有计划的武装政变。姚监复因而写了一篇文章，叫“‘六四’是否武装政变需调查”，并提了十几个问题，其中一个问题是，邓小平之所以调动20多万大军，是否是因为担心杨尚昆与赵紫阳联手发动军事政变，逼使杨尚昆与赵紫阳划清界限、同意戒严，作为前线指挥镇压学生运动。
毫无疑问，在“六四”事件中，杨尚昆是一个关键人物。这不仅是因为他当时是国家主席，与军委主席邓小平和中共总书记赵紫阳三足鼎立，还因为他是军委副主席，手中握有枪杆子。此外，他在七十年代末在广东工作时与赵紫阳建立了不错的关系，而他与邓小平更从三十年代起就发展出生死与共的交情。更重要的是，在当时那些政治局高官中，杨尚昆是唯一一个可以直达邓小平家客厅的人。
出于这样的地位，“六四”前夕，当邓小平和赵紫阳对“4.26”社论和是否戒严等问题谈不拢的时候，他倾向谁，谁就会稳操胜券。这是毋庸置疑的。但是他倾向赵紫阳的可能性有多大呢？众所周知，杨尚昆对戒严的立场，先是反对后是赞成。这是赵紫阳对他最不满的地方。但是如果把赵紫阳的《改革历程》、张良的《中国“六四”真相》和吴稼祥的“蝉、螳螂、黄雀的故事──谈六四真相与天安门文件”联系起来看，就会发现，杨尚昆在“六四”中的真正作用，决不是出尔反尔、反复无常那么简单。
当赵紫阳与邓小平在5月17日因为一个主张戒严、一个反对戒严而分道扬镳的时候，杨尚昆毫不犹豫地站在赵紫阳的对立面上。在这之前，赵紫阳一直认为，杨是反对戒严的，是赞成赵的立场的。这可以从赵紫阳的《改革历程》一书中看出。赵在5月4日亚行讲话提出要在民主与法制的基础上解决学潮问题。之后，彭真、万里和杨尚昆都对他的讲话有正面反映，赵的感觉是，这几个人当时都是站在他那一边的。
关于戒严问题，赵紫阳写道：“在我回国前，北京曾在常委碰头会上提出过实行戒严的问题，当时受到杨尚昆的严厉批评，说首都戒严，如何向全世界交待？我感觉到在邓决定实行戒严以前，杨对学潮的态度是比较温和的”。但5月17日在邓小平家中开会时，杨的态度变了。赵写道，杨尚昆“说廖汉生主张戒严，是不是可以考虑戒严？本来尚昆一直是反对戒严的，这时他转述廖汉生的主张，实际上他改变了主意”。赵对杨很失望，认为他起了不好的作用。
奇怪的是，杨尚昆转述廖汉生的话，在《中国“六四”真相》5月17日在邓小平家召开的常委会议记录的详细综述中，完全没有踪影。杨尚昆的话显然是向在座的邓小平和其他常委的建议，可是在《真相》一书中，只有他对首都动荡局势担忧的长篇讲话，并没有关于戒严的任何的主张、建议和看法。
这当然不是赵紫阳记忆有错，因为赵紫阳不可能对杨尚昆对戒严前后不一致的态度记忆有误，也不可能对5月17日那一天他因不同意戒严而辞去总书记的会议而记忆有误。既然他的记忆无误，那就是《真相》有误！吴稼祥在纪念“六四”12周年提到《真相》这本书时说，他看到了此书在出版前的校样，最核心的那些文件后面都有一个注解：杨尚昆亲人友人提供。后来这本书出版以后，“杨尚昆亲人提供”的字样都被删掉了。但是黎安友（Andrew Nathan）在他撰写的由明镜出版社正式出版的《真相》前言中承认，“有些材料是杨的朋友之一提供的”。
这就是说，杨尚昆借廖汉生的口主张戒严的话，被杨尚昆亲人或友人删掉了。也就是说，《真相》试图掩盖一些真相！如果这个判断不错的话，那么《真相》试图掩盖什么真相呢？
一直以来，关于“六四”血案最流行的“真相”是，对北京实施戒严继而屠城，拍板的是邓小平，执行的是杨尚昆；杨尚昆对“六四”血案负有责任，但只是胁从责任。持这种看法的最权威人士，当属前新华社香港分社社长许家屯。许家屯在《许家屯回忆与随想录》中说，杨尚昆原本是支持赵紫阳的，最后是迫于邓小平的压力才参与镇压学运的。
在“六四”血案中犯了胁从罪，想必也是杨尚昆希望后人给他的历史定位。杨尚昆在1998年对蒋彦勇医生作如是说：“六四是中共犯下的最严重的错误”，“我本人当时虽然只好服从老爷子的意向行事，也负有责任”。
但如果只是胁从责任，何必要掩饰呢？借廖汉生的口主张戒严是一件严重的事，如果只是胁从，是说不出这种话的。杨尚昆亲人或友人或许意识到这一点，于是就干了一件貌似聪明实则愚蠢的事，将杨尚昆的这段话从《中国“六四”真相》一书中删掉了。当然，如果换作是邓小平或李鹏的人掌握了这批材料，他们在公布前，也会把不利于邓或李的证据湮灭掉。
但是他们湮灭不掉别人手中的证据。赵紫阳的《改革历程》便恢复了5月17日会议的真相，并露出了《真相》一书的马脚。此外，马克•佩里（Mark Perry）1992年出版的《遮天蔽日—中情局的最后日子》(Eclipse— The Last Days of the CIA)也披露了不利于杨尚昆的证据。该书说，根据“六四”期间隐藏在北京饭店，燕京饭店等地的美国中央情报局人员发现的证据，杨尚昆派出二十七军到北京巩固他在政治局的地位，残酷的屠杀是他个人刻意安排的结果。
还有，陈小雅的文章“赵紫阳与杨尚昆的‘默契’”也提供了为何杨尚昆从反对戒严转变到支持戒严的一个非常重要的证据。她说，一位自称是戒严部队领导的子弟曾透露，杨尚昆答应支持邓的戒严决定，是有三个条件的。第一，让他的弟弟杨白冰主持；第二，戒严部队从各军调人；第三，外围布置导弹部队。这三个条件，实际上是三大举动——主持、调人和布置都由他杨家将完成。这样的作用哪里只是胁从呢？
此外，吴稼祥的文章显示，杨尚昆不仅极富野心，而且极富谋略。想想看，借调动军队进城、指挥戒严和屠城并最终平息动乱，是任何一个政委出身的人在军内高层剪除职业军人异己、培植势力、巩固军权千载难逢的良机。以杨尚昆的野心和谋略，他不仅看到了这个机会，也身体力行抓住了这个机会。
但他的杀红了眼的士兵们完全失控了，屠城的结果极为惨烈。这可能是杨尚昆始料不及的。他更料不到的是，他最后竟然被邓小平抛弃了，他的凭籍“六四”发达起来的杨家势力，不过才三、四年的功夫，就灰飞烟灭了。杨尚昆显然不甘心就此消声、消亡。所以才先有了对蒋彦勇讲的忏悔的话，后有了《中国“六四”真相》的出版。通过这两大举措，杨尚昆可能想达到以下几个目的：
其一，把自己在“六四”中的作用定位于胁从，籍此减轻在“六四”血案中的责任。杨知道，屠城的责任是撇不清的，但把自己打扮成迫不得已执行邓小平命令的人，责任却可以减轻一些。这应当就是杨的人在《真相》中删掉一些对他们不利证据的动机。
其二，自保。从邓小平到李鹏，当年直接参与六四屠城决策的高层，近年来都不约而同地以各种方式推卸他们在“六四”中的作用。邓小平的女儿说，六四屠城是中央集体决策的结果，不应把所有的罪过都算在邓小平一人身上。而罪大恶极的李鹏也要出版日记为自己开脱责任，恨不能把他所有的罪过都推到邓小平身上。这说明，担心被清算是杨尚昆、李鹏还有邓小平的后人共同的恐惧。
其三，报复邓小平在“十四大”把杨家将连锅端的一箭之仇。你邓小平不仁在先，我杨尚昆不义在后。如果我杨尚昆的责任减轻了，你邓小平的责任自然就加重了。
