李克强于港大出席百周年活动时，被安排坐上“校监椅”，加上访港期间的保安，引起连串风波。
李克强逝世，香港人对他“最深刻印象”，莫过于2011年以副总理身份访港，最后惹起连串风波。2019年香港爆发反修例运动，李克强接见时任特首林郑月娥时，强调“一如既往地坚定支持林郑月娥及港府依法施政”，岂料林郑月娥最终得不到“祝福”，未能连任。
本来不为港人熟悉的李克强，2011年一次为期三天的访港行程，令他的名字占尽报章版面。当时担任国务院副总理的李克强，于2011年8月16日至18日访港三天，重点活动是出席香港大学百周年校庆活动，不过就引起连番争议。校方将他安排坐上校监椅，但按照惯例，校监椅是安排让校监（港督/行政长官）、副校监、或校长使用；而同样获邀出席，且是李克强之外另一位发言嘉宾前港督卫奕信，则被安排在第二排坐位，因此被质疑港大校方甘愿向国家领导人称臣。而警方亦在港大校园内“执法”，将欲示威的学生禁锢在后楼梯，直至典礼结束才放行。
至于到访其他地方参观期间，香港警察亦起用大批警力，阻挡市民向李克强反映民意，有记者高声向李克强提问而遭警察强行带走；而李克强在丽港城家访时，有丽港城住户在大楼下穿上六四衣服，岂料又遭警察带走，警方更以手阻挡在场摄影记者的镜头。时任警务处场曾伟雄否认警方在该次行程中使用过份武力，更解释是警员的手刚好“卡在”摄影机之中。
到2019年香港爆发“反送中”运动，李克强在人民大会堂香港厅接见时任香港特首林郑月娥时说，中央政府将一如既往地坚定贯彻“一国两制”方针，一如既往地坚定支持林郑月娥及港府依法施政，坚定不移地维护香港长期繁荣稳定。他又说，香港还没有走出困境，希望港府继续努力依法止暴制乱、恢复秩序，并要抓紧研究香港经济社会发展当中一系列深层次矛盾问题，维护香港长期繁荣稳定。
在李克强今年3月发表任内最后一分《政府工作报告》，回顾过去5年港澳工作时表示，港澳工作取得新进展，依照宪法和基本法有效实施对特别行政区的全面管治权，制定实施香港维护国家安全法，落实“爱国者治港”、“爱国者治澳”原则，推动香港进入“由乱到治”走向“由治及兴”的新阶段。
在港澳政策方面则强调，要全面准确、坚定不移贯彻“一国两制”、“港人治港”、“澳人治澳”、高度自治的方针，落实“爱国者治港”、“爱国者治澳”原则。
