毗邻新界东北发展区、计划兴建「大学科研城」的落马洲河套区，预计2020年落成运作。但《苹果》取得政府最新密件显示，港府原来与深圳就该区土地业权有争议，但项目的工程研究拨款、环评、甚至前期工程招标早已偷步完成。团体质疑深圳随时可向港方收回河套区，不可能当作香港土地发展。
落马洲河套区面积约88公顷，原位处深圳境内；1997年深圳河治理工程将河道拉直后，河套区便落入深圳河以南的香港境内。其后深圳市政府宣称拥有河套区业权，港府则指河套区属香港范围土地，应由港方管理。
至07年，时任特首曾荫权与深圳达成协议，由两地官员组成联合专责小组，以「共同开发、共享成果」原则合作发展河套区；又合资进行土地勘测及工程研究，港方出资3,370万元，由财委会拨款，最后决定将河套区发展成大学科研城。环境评估报告及前期工程招标也分别于去年尾及本年初完成，项目随时可上马。
深圳称拥业权 律政司质疑
不过，本报获得政府最新密件显示，两地就河套区的土地业权问题仍未解决。文件提到深圳市政府在去年11月19日联合专责小组会议上，就河套区业权问题提出「共识」，要求香港采纳。当中提到深圳同意将河套区土地交港府，按香港法律进行批租，却同时加入「港方尊重落马洲河套地区一直以来属于深圳的事实」等条文。文件指出，律政司认为有关说法未能确定香港拥有该区业权。
文件又引述，深圳政府在11月25日的深港合作会议中再修订「共识」用字，加入「河套地区发展的全部费用由香港特区政府承担」、「落马洲河套区历史上属于深圳」等条文，再要求港方接受。但律政司仍有保留，指至今未收到深圳的证明文件，确认对方拥有河套区业权；又向发展局「温馨提示」，指传媒及立法会会对该区业权问题「感兴趣」。
前基本法谘询委员会委员李永达指，文件显示港府在法律上无法处理河套区业权，香港的地域划分由《基本法》订明，早于1990年颁布；落马洲河套区却是深圳河在1997年拉直后多出来的土地，《基本法》未有包括在内，如要确认香港在河套区有业权，免被深圳抢夺，只能要求人大常委修改《基本法》条文。虽然国务院1997年7月颁布221号院令，指明香港地域界线以治理后的深圳河划分，希望填补「灰色地带」，但李指国务院令无法超越《基本法》，在港没法律依据。
商业机构或无法向银行借贷
公共专业联盟召集人黎广德批评，港府以「深圳」思维处理河套区发展，「以为两个政府讲咗就算数」。即使深圳答应将土地交予香港，背后也没法律效力；「佢随时收返，到时你去边度仲裁？香港法院都管辖唔到」。他称在土地业权不清下，获政府批租土地的商业机构可能无法向银行借贷，「唔会冒风险借钱畀你」。本土研究社成员陈剑青表示，翻查深圳市的长远规划文件，不难发现深圳企图开发香港边境的土地，「佢哋嗰啲规划文件都好积极讲香港边境要点样开发，河套附近已开发到尽」。发展局表示正就该区的土地用途拟定分区计划大纲图，但拒回应港府是否拥有业权、是否需修法。律政司则以法律专业保密权为由不回应。
