第三次十字军东征发起了反击。德国王弗雷德里克一世（Frederick I Barbarossa）、法国王菲利普二世（Philip II Augustus）、和英国狮心王理查德一世（Richard I Lionheart）共同领导了这次东征。无论从哪面看，这都是一个庞大的军队（虽然没有基督徒所希望的那样浩大）。年事已高的弗雷德里克骑在马背上，在渡过一条河流时溺水身亡，因此他的军队在没有到达圣地之前就撤回了家。菲利普和理查德乘船渡过了河，但他们无休无止的争吵加剧了巴勒斯坦分裂的局势。重新夺取阿克里（Acre）之后，法国的这位君王就回家了，回国后忙于瓜分理查德在法国的势力。
至此，十字军东征的重任落到了理查德一人的身上。理查德是一位骁勇善战的勇士，极具领导力并且也是足智多谋的战略家，他带领的基督徒军队取得了一个接一个的胜利，最终重新占领了整个海岸地区。但耶路撒冷不在海岸线上，在两次控制圣城的补给线的努力夭折之后，理查德最后放弃了。理查德承诺有一天会带军队重来，他与萨拉丁达成了停战协定，协议规定确保该地区的和平，并允许非武装的朝圣者自由进出耶路撒冷。这在基督教世界是一个难以接受的结果。恢复基督徒对耶路撒冷的控制并夺回真十字架的愿望在整个欧洲都非常强烈。
十三世纪的十字军东征规模更大，资金更足，组织更好。但他们还是失败了。
第四次东征（1201至1204）因为卷入拜占庭的内部政治而半途搁浅了，十字军绕道前往君士坦丁堡支持一位拜占庭王位的争夺者。这个王位争夺者说自己是名正言顺的继承人但被阴谋家篡位，他还许诺给十字军部队巨大的回报并将支持他们夺回圣地。然而，在他登上王位后，这个前王位争夺者发现国库空虚，所以并不能履行他的承诺，迟迟无法提供十字军继续东征的所需，这在十字军看来是拜占庭盟友的背叛。
著名美国宗教研究学者罗德尼·斯塔克（Rodney Stark)在他的著作God's Battalions中提到，事实上，早在第一次十字军东征时，不信任的种子就在来自欧洲的十字军和拜占庭皇帝和贵族之间埋下。与热心收复耶路撒冷的十字军不同，当时求援的拜占庭皇帝阿莱克修斯（Alexios I Komnenos）并没有太强的意愿收复耶路撒冷，而是仅希望十字军能够替他化解君士坦丁堡的危局和收复一些在亚细亚的疆土。
十字军原本希望与东方的基督徒并肩向耶路撒冷开进，但发现在关键时刻拜占庭盟友屡屡退却，他们不得不孤军作战（因此第一次十字军东征竟然收复了耶路撒冷更显得不可思议）。更糟糕的是，拜占庭皇帝阿莱克修斯多次背着十字军与穆斯林私下谈判。因此在十字军看来，拜占庭的皇帝和贵族是一批靠不住的阴谋家；而在拜占庭看来，第一次十字军东征时，第一批欧洲人早于约定时间就到达君士坦丁堡，使得拜占庭措手不及，造成很大的供给压力，这一批批组织松散但热情高涨的十字军反而是对自己政局的不稳定因素。
所以在第四次十字军东征时，当又一个拜占庭的皇帝再次不能兑现自己的承诺时，这种负面的印象得到了进一步的强化；而在十字军扶上王位的拜占庭国王被他的部下废黜并杀死后，十字军与拜占庭的关系更是急转直下。在十字军看来，这位叛乱的部下是杀死国王的凶手，理当被惩罚；而在拜占庭当权者看来，十字军是一个滞留在国内的危险境外势力，因此局势最终升级为一场内斗。
虽然拜占庭部队有巨大的人数优势，但在背水一战的十字军面前竟然一触即溃。十字军在1204年攻打、占领并残忍洗劫了世界上最大的基督徒城市--君士坦丁堡。
第四次东征十字军攻占君士坦丁堡
早先曾经将整个十字军逐出教会的教宗因诺森三世（Innocent III）强烈谴责十字军的这种行为，但他能做的仅此而已（译者：教皇并没有直接强制性权力来控制十字军）。1204年的这场悲剧在罗马天主教和希腊东正教之间关起了一道铁门，一道甚至连后来的教皇约翰保罗二世（John Paul II）都无法重新开启的铁门。非常无奈的是，十字军东征直接源于天主教希望拯救东正教信徒（免受穆斯林军队的征服），可是它却使双方的关系越走越远。
历史往往比我们想象得要更复杂，并且即便双方一开始都具有良好的意愿，最后也可能会酿成悲剧。但无论如何，进攻君士坦丁堡并没有改变十字军是抵御伊斯兰扩张的防御战争的基本性质，只是说明西方基督教可能需要向东方道歉，但并不需向穆斯林世界道歉。
岌岌可危的欧洲
因此，许多人说十字军反而加速了东方拜占庭帝国的灭亡；但是综合来看，突然降临的十字军至少一开始还是让他们的穆斯林对手措手不及，并且在阿拉伯军队与拜占庭之间制造了缓冲，分散了圣战部队的军力。因此很可能总体上还是延长了东方基督徒的拜占庭国的寿命。
君士坦丁堡的圣索菲亚大教堂建于公元后537年，是东方基督教的标志性建筑，曾在近1000年的历史当中为世界第一大教堂。1453年君士坦丁堡沦陷，被改造为清真寺。
十三世纪剩下的几次十字军东征情况稍微好一点点。第五次东征（1217至1221）甚至一度攻下了埃及的达米埃塔城（Damietta），但穆斯林最终还是击败了那里的军队并重新占领了该城。法国国王圣路易九世（Saint Louis IX）在他的一生中曾领导过两次十字军东征。第一次也占领过达米埃塔，但路易很快被埃及人的计谋所蒙骗，被迫放弃该城。虽然路易在圣地里生活了几年，大力支持构筑防御工事，但他从没能完成他最迫切的愿望：解放耶路撒冷。1270年的时候，路易年事已高，他又一次带领十字军向突尼斯进攻，在那里他死于肆虐军营的一种疾病。
达米埃塔（Damietta）战役
圣路易死后，惨无人道的穆斯林领导者Baybars和Kalavun在巴勒斯坦发动了一场针对基督徒的残暴圣战。到1291年为止，穆斯林军队已经成功杀戮或逐出了最后一批十字军。至此，他们将十字军的王国从地图上抹去了。尽管基督徒军队作出过无数次的努力和想尽了一切办法，但直到十九世纪之前，一直没再能够在该区域有立足之地。
我们可能会认为，三个世纪的败仗应该已经让欧洲人对十字军东征感到厌倦了，但是完全不是这样。在某种意义上，他们几乎没有什么别的选择。穆斯林王国在十四、十五、十六世纪变得越来越强盛，而不是越来越衰弱。奥斯曼土耳其帝国不但征服了他们的穆斯林同胞，进一步统一了伊斯兰，而且继续向西推进，占领了君士坦丁堡，并闯进欧洲本土。到了十五世纪的时候，十字军东征不再是支援远方教友的仁慈使命了，而是奋力捍卫基督教最后仅存国域的搏斗了。
欧洲人开始考虑伊斯兰是否真正有可能最终实现它占领整个基督教世界的目标，（译者：而从今天的视角来看，如果当时欧洲沦陷，就没有后来西方的美洲文明，那么全球伊斯兰化的势头将似乎不可逆转，只是时间问题了）。当时有一本最畅销的书，就是赛巴思汀·布郎特（Sebastian Brant）的名著《愚人船》（The Ship of Fools），在一章题为《信仰的陨落》中，里面吐露出这样的心境：
我们的信仰曾在东方屹立，它统治着整个亚细亚、摩尔人的土地和非洲。
但现在这些土地都离我们而去。最坚硬的石头都为之悲痛……
我们教会的四姊妹，都曾享有尊贵教权：君士坦丁堡，亚历山大，耶路撒冷，安提阿（Antiochia）。她们都沦陷了，被洗劫了。不久教会之首（罗马）将会受到攻击。
罗马虽然没有沦陷，但也一度岌岌可危。1480年，苏丹买买提二世（Mehmed II）占领了奥特郎托海峡（Otranto）作为他侵略意大利的跳板。罗马被疏散。然而，此后不久这位苏丹买买提就一命呜呼，他的计划也随他而破产。1529年，苏莱曼大帝（Suleiman the Magnificent）围攻维也纳。要不是一连串反常的暴风雨耽搁了他的进军并迫使他舍弃许多的大炮，土耳其人夺取该城势在必取。如果是那样，当时的德国也会岌岌可危。
公元后1500年-1520年伊斯兰的扩张范围每个红点为一次扩张的战争／战斗
然而就在这一切的危局中，欧洲正在酝酿着进入一个新的历史阶段，一个人类历史空前的文明高峰。古典希腊罗马价值观、基督信仰、对商业和企业家精神的尊重混合体推动了文艺复兴的产生，从而促使基督教人文主义、科学革命和全球探险等运动悄然诞生。即使还在为生存而争战时，欧洲已经准备着全球规模上的拓展（译者：许多大航海探险的动力就是希望重新打通到中国等东方国家的商业路线，因为陆上丝绸之路被穆斯林军队切断或者变得不再安全）。
文艺复兴标志性作品，西斯廷教堂壁画
基督教新教改革运动拒绝教皇的权威，从而使得十字军东征对许多欧洲人变得不可思议，所以战斗就留给了天主教徒。1571年，一支十字军联盟海军在雷班托海湾（Lepanto）击溃了奥斯曼土耳其的舰队。穆斯林的威胁在经济上被遏制了。
随着欧洲财富和势力的增长，曾经可怕和老练的土耳其人开始显得落后与可怜了--不再值得发动一次十字军东征了。“欧洲病夫（当时奥斯曼帝国的称号）”一瘸一拐地走到了二十世纪，当它最后断气的时候，留下了现代中东地区目前的混乱局面。
雷班托海湾战役，梵蒂冈地图馆
结语：
毫无疑问，十字军的攻势延缓了伊斯兰的脚步，十字军在中东建立的王国坚持了近200年的时间，加剧了穆斯林王国之间的分裂，阻止了一个统一的伊斯兰国的形成，即便是失败的和夭折的几次东征也都迫使穆斯林把资源从进攻调配到防守端。之后几次穆斯林军队向欧洲腹地的进犯都让欧洲一度岌岌可危。所以，从这些方面看，显然十字军至少为欧洲的发展和随后的繁荣赢得了宝贵的时间。
后来，西班牙的船只从美洲满载着黄金白银回到本土支援抗击奥斯曼帝国的军队，这是帮助欧洲实现实力反超的因素之一。有意思的是，最后拯救了欧洲的不是朝东收复失地，而是向西往美洲和东方的探险。
按照我们现代社会的各种标准，我们很容易鄙视当时十字军的所做所为，“有谁会为宗教参与战争呢？”我们质问道。但我们也应该注意到，我们现在以政治意识形态的名义进行的一些战争往往造成了更大的破坏，这样的战争同样会被我们中世纪的先祖们所唾弃。
然而，不管是中世纪的战士，还是现代的战士，根本上都是为他们各自的世界和他们所珍视的信仰而战。他们都愿意作出巨大的牺牲，只要是为他们所热爱的而且是比他们自己生命更重要的东西。
不管我们是否敬佩十字军东征，有一点是肯定的：如果没有他们的奋力抵抗，我们今天所认识的世界将不会存在。承认女性的尊严、两次废除奴隶制度（一次废除古罗马的奴隶制，一次废除殖民主义兴起后的奴隶制）的古老基督信仰，不但幸存了下来，而且兴盛于整个世界，成为真正意义上的全球宗教。而没有十字军东征的话，基督教很可能早已步琐罗亚斯德教（又称祆教，波斯的一神论信仰）以及在印度和西域等地佛教的后尘，被伊斯兰彻底摧毁。
