2004年11月21日，一架由内蒙古包头飞往上海的庞巴迪CRJ—200型B—3072号MU5210航班起飞后不久即坠入包头市南海公园湖中，发生爆炸起火。当时机上47名乘客、6名机组人员以及地面2人，共55人丧生。
东航2004年11月22日发公告称：“失事飞机是由公司的全资子公司——中国东方航空云南公司所拥有和运营。公司董事会相信这一事件不会对本公司的生产经营和财务状况展生影响。”东航澄清自身与东航云南的关系，并与此空难事件切割，失事飞机是“老云航”拥有和运营，并不会影响东方航空。
2005年5月26日，时任中国民航总局局长杨元元公布事故原因是人为错误：飞行机组起飞前未执行“除冰程序”，因机翼结冰导致飞机性能恶化，起飞后即失速坠落。
但此事故背后还有深层原因。为了确保东航上海基地的地位，东航在2004年发起了“上海保卫战”，调集了全国14家分公司的1500名机组成员云集上海。尽管当年上海的客运市场占有率从31%提升到了36%，但业界普遍的看法是：这一战役导致了东航内部各个分公司和总部的严重利益冲突。
原来只在云南省内部飞行的CR歼200被总部调往包头，但东航内部流传的说法却认为这是导致包头空难的重要原因之一。因常驻昆明的云南机组缺乏在北方冬季飞行的经验，因此或许并未预见到11月在包头过夜的飞机机翼上会有积冰，外加未执行飞行准备阶段的标准操作程序，才导致了这场不应发生的惨烈空难。
